,1,*Identification of 21 New Camellia Hybrid Varieties by Fluorescence-labelled Simple Sequence Repeat Markers
Naiqi Tao1, Bin Zhang2,3, Xinkai Liu4, Heda Zhou2, Naisheng Zhong4, Danfeng Yan4, Min Zhang1, Jiyin Gao4, Wenju Zhang,1,*通讯作者:
收稿日期:2018-01-18接受日期:2018-04-28网络出版日期:2019-01-30
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Received:2018-01-18Accepted:2018-04-28Online:2019-01-30
摘要
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Abstract
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引用本文
陶乃奇, 张斌, 刘信凯, 周和达, 钟乃盛, 严丹峰, 张敏, 高继银, 张文驹. 利用荧光标记SSR鉴别21个茶花新品种. 植物学报, 2019, 54(1): 37-45 doi:10.11983/CBB18019
Tao Naiqi, Zhang Bin, Liu Xinkai, Zhou Heda, Zhong Naisheng, Yan Danfeng, Zhang Min, Gao Jiyin, Zhang Wenju.
山茶属(Camellia)是山茶科(Theaceae)中种类较多的一个属, 该属包括许多世界闻名的观赏茶花种质资源, 历来备受世界花卉界关注和青睐(闵天禄, 2000)。随着杂交育种技术的快速发展与无性繁殖技术的不断进步, 茶花新品种大量涌现。目前, 世界茶花品种已达3万余种, 我国在国际登陆注册茶花新品种108个(李艳梅, 2016; 张亚利等, 2016)。此外, 山茶属被列入我国第一批林业新品种保护名录(中国国家林业局, 2000), 目前已获得品种权保护的茶花新品种有68个, 在所有林业植物新品种权申请获批名录中, 来自该属的品种数量位居第三。由此可见, 茶花品种的培育受到国家和育种者的高度重视。
茶花作为观赏花卉, 可为育种者和生产者带来可观的经济利益。故经常出现盗取或冒充茶花品种情况, 这严重侵犯了育种者和生产者的合法权益。因此, 能否有效鉴定和区分不同品种并对其进行品种权保护是维护育种者与生产者合法权益亟待解决的问题。鉴于茶花新品种数量很多, 且新品种是由少数几个山茶物种或栽培品种培育获得, 故部分品种间的性状差异较小, 遗传背景相似, 这使得茶花新品种的鉴定和区分较为困难。
现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(Bartholo- mew, 1980; Wendel and Parks, 1983; 张晓庆, 2008)和分子标记法(申屠文月等, 2006; 张景荣和刘军, 2006; Xu et al., 2009)。DUS鉴定法成本高、周期长且易受环境和人为因素影响, 故在品种鉴定中的使用受到较多限制(李汝玉等, 2007)。目前, 常用的为分子标记技术。在众多的分子标记中, 荧光标记SSR因能准确获得目标DNA片段的大小(精确至1 bp), 检测结果稳定、准确且高效, 并适用于大批量品种的检测分析, 被广泛应用于各类作物(如野生稻(Oryza rufipogon) (陈雨等, 2008)、百合属(Lilium) (徐雷锋等, 2014)、牡丹(Paeonia suffruticosa) (郭琪等, 2015)和芍药(P. lactiflora) (张嘉等, 2016)等)的遗传结构分析、品种鉴定、分子身份证构建及品种权保护等方面的研究。山茶属植物中, 关于SSR分子标记的研究主要集中于金花茶(C. nitidissima) (Xu et al., 2009)、茶(C. sinensis) (段云裳等, 2011)、华东山茶(C. japonica) (胡兴华等, 2013)、张氏红山茶(C. changii) (李琳琳等, 2014)和油茶(C. oleifera) (陈赢男等, 2014; 周文才等, 2017)等物种或品种的种质资源多样性、SSR指纹图谱构建和杂交品种鉴定等方面。观赏性茶花品种的研究中, SSR分子标记的开发和使用也变得越来越普遍(Chen et al., 2010; Liufu et al., 2014; 邵阳等, 2015; 张亚利等, 2016)。但利用荧光标记SSR对茶花品种鉴定及品种权保护仍缺乏相对统一的方法体系, 给茶花品种鉴定及保护带来困难。因此构建一套统一的鉴定体系来完成茶花品种鉴定与保护势在必行。基于此, 本研究以一批观赏性茶花杂交新品种为材料, 利用荧光标记SSR对其进行品种标定, 为每个品种构建唯一的分子身份证, 以为其品种权保护提供相关遗传信息。
1 材料与方法
1.1 样品材料
本研究所用的21个茶花新品种材料来自11个亲本品种(Var.A-Var.K)的10个杂交组合(ZH-01-ZH-10, 表1)。所有品种的亲本中都包含品种A。其中, 品种SJ-01-SJ-13均以品种A为父本, SJ-01-SJ-04来自杂交组合ZH-01, SJ-05-SJ-08来自杂交组合ZH-02, SJ-09-SJ-11来自杂交组合ZH-03; 品种SJ-14-SJ- 21均以品种A为母本, SJ-14-SJ-16来自杂交组合ZH- 06, SJ-17-S-18来自杂交组合ZH-07; 其余材料分别来自其它不同的杂交组合。所用材料采自广东棕榈生态城镇发展股份有限公司和上海茶花园, 由其亲本杂交形成新品种后, 再以嫁接方式进行快速繁殖, 详细方法参见高继银等(2016)的专著。所采集的研究材料均来自杂交形成的植株, 选取无病害植株的幼嫩叶片, 液氮速冻后于-80°C保存备用。Table 1
表1
表121个山茶杂交新品种信息
Table 1
| Cross combination No. | New variety No. | Parental types of cross combinations |
|---|---|---|
| ZH-01 | SJ-01 | Var. B (♀)×Var. A (♂) |
| SJ-02 | Var. B (♀)×Var. A (♂) | |
| SJ-03 | Var. B (♀)×Var. A (♂) | |
| SJ-04 | Var. B (♀)×Var. A (♂) | |
| ZH-02 | SJ-05 | Var. C (♀)×Var. A (♂) |
| SJ-06 | Var. C (♀)×Var. A (♂) | |
| SJ-07 | Var. C (♀)×Var. A (♂) | |
| SJ-08 | Var. C (♀)×Var. A (♂) | |
| ZH-03 | SJ-09 | Var. D (♀)×Var. A (♂) |
| SJ-10 | Var. D (♀)×Var. A (♂) | |
| SJ-11 | Var. D (♀)×Var. A (♂) | |
| ZH-04 | SJ-12 | Var. E (♀)×Var. A (♂) |
| ZH-05 | SJ-13 | Var. F (♀)×Var. A (♂) |
| ZH-06 | SJ-14 | Var. A (♀)×Var. G (♂) |
| SJ-15 | Var. A (♀)×Var. G (♂) | |
| SJ-16 | Var. A (♀)×Var. G (♂) | |
| ZH-07 | SJ-17 | Var. A (♀)×Var. H (♂) |
| SJ-18 | Var. A (♀)×Var. H (♂) | |
| ZH-08 | SJ-19 | Var. A (♀)×Var. I (♂) |
| ZH-09 | SJ-20 | Var. A (♀)×Var. J (♂) |
| ZH-10 | SJ-21 | Var. A (♀)×Var. K (♂) |
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1.2 DNA提取及引物筛选
所有样品均采用改良的CTAB法(Doyle and Doyle, 1987)提取总DNA, 并用1%的琼脂糖凝胶电泳检测DAN提取质量。之后, 使用NanoDrop ND-1000检测各样品总DNA浓度, 并全部稀释至10 ng·μL-1备用。SSR引物的获得方式有2种, 3对从前人的研究中获得(Kaundun and Matusmoto, 2002; Freeman, 2004; 刘振等, 2008); 9对从本实验室所用的杜鹃红山茶(Camellia azalea Wei)的转录组数据中开发获得(表2)。从每个杂交组合中各挑取1个杂交新品种进行引物筛选实验。初步挑选出60对引物, 由上海桑尼生物科技有限公司合成; 并用1%的琼脂糖凝胶电泳和8%的聚丙烯酰氨凝胶电泳进行筛选。PCR反应体系10 μL, 包括6.15 μL 3dH2O、1.0 μL 10×PCR Buffer (Mg2+ free)、0.8 μL Mg2+ (25 mmol·L-1)、0.6 μL dNTP (2.5 mmol·L-1)、正向和反向引物各0.4 μL、0.15 μL Taq酶(5 U·μL-1)和0.5 μL DNA模板。PCR反应程序为: 94°C预变性3分钟; 94°C变性30秒, 各引物退火温度退火30秒, 72°C延伸1分钟, 30个循环; 72°C延伸10分钟, 4°C保存。先用1%的琼脂糖凝胶电泳检测各引物的扩增效率, 然后用8%的聚丙烯酰氨凝胶电泳检测PCR产物多态性。各引物对扩增产物的上样量为1.5 μL, 分子量标准为50 bp DNA Ladder, 180 V电压下电泳2小时, 0.1% AgNO3染色15分钟, NaOH显色, 拍照保存以备分析。将挑出的60对引物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选, 获得12对条带清晰、多态性和稳定性高的引物, 用于后续荧光毛细管电泳(表2)。
Table 2
表2
表212对SSR引物信息
Table 2
| No. | Primer sequences (5′-3′) | Repeat motifs | Ta (°C) | References |
|---|---|---|---|---|
| 478 | F: CAACACCACCAACAAGA | (AAAGG)4 | 53 | Liu et al., 2008 |
| R: GATATGAGATCCGTCCC | ||||
| SSR2 | F: TATTGCCTACGACCATTTCCA | (GA)14 | 56 | Kaundun and Matsumoto, 2002 |
| R: TTTGAGTTCGTTGCCTTCTCT | ||||
| CamsinM11 | F: GCATCATTCCACCACTCACC | (CA)12 | 60 | Freeman et al., 2004 |
| R: GTCATCAAACCAGTGGCTCA | ||||
| CamSSR01 | F: CCAACAAGAATCAGGAAGAG | (AAT)6 | 54 | In this study |
| R: ATCCAACGGTGGTAGACGAG | ||||
| CamSSR02 | F: AGTTCCGCCTCCAGTTTGAC | (ACG)7 | 54 | In this study |
| R: GGACCGAGAGGTAACAGTGG | ||||
| CamSSR03 | F: GCCACTACCCTCTTTACACC | (CAC)7 | 55 | In this study |
| R: TTCTCTTCCTCTTTCTTCCC | ||||
| CamSSR04 | F: ATGTGTTGAGTAGCGAGCGT | (AT)10 | 56 | In this study |
| R: TTGTCCATCTTTATGTAGGG | ||||
| CamSSR05 | F: GCAAACACCAACTGATTACC | (TA)10 | 56 | In this study |
| R: TTCCATACAACTCAACCAAA | ||||
| CamSSR06 | F: GGTTTGGAAAAAGGACACGC | (GCC)7 | 58 | In this study |
| R: AATCTGCCTCTGGTAGTCCG | ||||
| CamSSR07 | F: TCTCATCCCCATCTTTATCC | (TCC)7 | 58 | In this study |
| R: GTTCCCTGCTGCTGTTGTTA | ||||
| CamSSR08 | F: TCACCAGTCACTTTCCCTCC | (AC)10 | 58 | In this study |
| R: CCACCAAAAGGCACAATACC | ||||
| CamSSR09 | F: CATCATCCATCAAACCGTCC | (AT)10 | 58 | In this study |
| R: GAAGGCACATTGGTTCTGGG |
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1.3 荧光标记SSR毛细管电泳
在筛选出的12对引物的正向引物的5′端加上M13接头序列(5′-CACGACGTTGTAAAACGAC-3′), 使其能与荧光标记M13结合, 反向引物不变。毛细管电泳的PCR扩增体系为10 μL: 6.15 μL 3dH2O、1.0 μL 10 × PCR Buffer (Mg2+ free)、0.6 μL Mg2+ (25 mmol·L-1)、0.8 μL dNTP (2.5 mmol·L-1)、0.04 μL带M13的正向引物(10 μmol·L-1)、0.36 μL M13荧光标记(10 μmol·L-1)、0.4 μL反向引物(10 μmol·L-1)、0.15 μL Taq酶(5 U·μL-1)和0.5 μL DNA模板。其中, 用于本研究的M13荧光标记有ROX (红色)、JOE (绿色)和FAM (蓝色) 3种。PCR反应程序为: 94°C预变性3分钟; 94°C变性30秒, 各退火温度退火30秒, 72°C延伸1分钟, 30个循环; 72°C延伸10分钟, 4°C保存。将获得的PCR产物交由上海迈普生物科技有限公司测序, 用Gene Marker 2.2.0软件读取数据。1.4 数据统计分析与分子身份证构建
将获取的数据输入Excel表格, 通过GenALEx 6.2进行数据格式转换。使用POPGENE v1.32软件(Yeh et al., 1999)计算等位基因数目(Na)和有效等位基因数(Ne)。多态性信息含量PIC值(Polymorphism information content)参考Nei (1973)的方法计算, 公式为PIC=1-ΣPi2 (Pi表示第i个等位位点出现的频率, 反映每个SSR位点的多态性水平)。本研究参考徐雷锋等(2014)的方法构建21个茶花新品种的分子身份证。即将获得的荧光SSR多态性数据转换为数字或字母编码来表示各品种的分子身份证。按照每对引物在某个品种扩增出的每种基因型给予1、2、3、……、9的赋值。为避免出现两位数字, 当基因型数大于9时, 分别用A、B和C代表第10、11和12种基因型, 以此类推。引物所在位点在分子身份证中的位置由引物扩增出的基因型数目从多到少顺序决定, 将各引物赋值后的数字或字母串联构成1个拥有12个数字或字母的字符串作为样品的分子身份证。另外, 由于各引物在不同品种间扩增出的基因型存在差异, 故对这21个新品种间的差异位点数进行统计, 以此来比较不同杂交组合后代形成的新品种间的差异。2 结果与讨论
2.1 引物筛选结果与多态性分析
利用筛选出的12对引物对21个茶花新品种的总DNA进行PCR扩增, 均获得很好的效果。经荧光毛细管电泳后, 每对引物在每个杂交新品种中均可获得精确的DNA片段大小(图1)。12对引物在21个样品中共扩增出59.00个等位基因, 平均每对引物扩增出4.92个。其中, 引物478扩增出的等位基因数目最多(7.00个); 引物CamSSR01扩增出的等位基因数目最少(3.00个)。多态性信息含量PIC值的变化范围为0.29-0.77, 平均为0.55。引物CamSSR03和CamSSR08的PIC 值最高为0.77; 引物CamSSR01的PIC值最低为0.29。12对引物中PIC值高于0.50的有7对, 属于高 多态性位点, 其余5对介于0.29-0.50之间, 属于中度多态性位点。各引物扩增结果及多态性信息如表3所示。图1
新窗口打开|下载原图ZIP|生成PPT图13个山茶杂交新品种中荧光引物CamSSR03的SSR检测结果
(A) SJ-02品种; (B) SJ-18品种; (C) SJ-21品种
Figure 1SSR peak map of 3 new Camellia hybrid varieties by the CamSSR03 primer
(A) Variety SJ-02; (B) Variety SJ-18; (C) Variety SJ-21
Table 3
表3
表312个SSR位点的等位基因数和多态性信息
Table 3
| Primers | Na | Ne | PIC |
|---|---|---|---|
| 478 | 7.00 | 4.12 | 0.72 |
| SSR2 | 6.00 | 2.63 | 0.58 |
| CamsinM11 | 4.00 | 1.85 | 0.43 |
| CamSSR01 | 3.00 | 1.48 | 0.29 |
| CamSSR02 | 4.00 | 2.97 | 0.62 |
| CamSSR03 | 6.00 | 4.96 | 0.77 |
| CamSSR04 | 6.00 | 2.99 | 0.62 |
| CamSSR05 | 4.00 | 2.82 | 0.58 |
| CamSSR06 | 4.00 | 1.76 | 0.41 |
| CamSSR07 | 4.00 | 1.58 | 0.35 |
| CamSSR08 | 6.00 | 4.96 | 0.77 |
| CamSSR09 | 5.00 | 2.32 | 0.49 |
| (mean) | 4.92 | 2.87 | 0.55 |
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2.2 山茶杂交新品种间的遗传差异性比较
12对引物在21个杂交新品种中扩增后获得的基因型种类及数目见表4。这12对引物所在位点在这些新品种中共获得71种基因型。每对引物扩增出的基因型数目变化范围为3-11种。其中, 引物CamSSR08获得的基因型数目最多(11种); 引物CamSSR05和Cam- SSR02获得的基因型数目最少(3种); 其余引物获得的基因型数目介于4-9种之间。以各引物在21个杂交新品种中获得的不同基因型为依据来区分这些茶花新品种。Table 4
表4
表412对引物所在位点的基因型赋值标准
Table 4
| Code of pattern | Cam- SSR08 | Cam- SSR04 | 478 | SSR2 | Cam- SSR03 | Cam- SSR09 | Cam- SSR06 | Cam- sinM11 | Cam- SSR01 | Cam- SSR07 | Cam- SSR05 | Cam- SSR02 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 125/131 | 165/167 | 113/115 | 217 | 278/313 | 209/215 | 176/185 | 171 | 188/200 | 206 | 234/240 | 271/274 |
| 2 | 125/135 | 165/171 | 113/129 | 217/219 | 278/321 | 211/217 | 179/182 | 173 | 195 | 206/212 | 234/242 | 271/277 |
| 3 | 127 | 167 | 115 | 217/225 | 278/322 | 213/215 | 179/185 | 177 | 195/200 | 206/215 | 236/240 | 271/283 |
| 4 | 127/131 | 167/171 | 115/129 | 217/227 | 278/323 | 215 | 182/185 | 181 | 200 | 206/221 | ||
| 5 | 129 | 167/173 | 117/129 | 217/231 | 307/321 | 215/217 | 185 | |||||
| 6 | 129/131 | 169/171 | 121/129 | 217/235 | 307/322 | 217 | ||||||
| 7 | 129/133 | 171 | 123/129 | 219/235 | 307/323 | |||||||
| 8 | 129/135 | 171/173 | 123/133 | |||||||||
| 9 | 131/133 | 171/175 | ||||||||||
| A | 133 | |||||||||||
| B | 133/135 |
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各位点在21个杂交新品种之间的差异统计结果如表5所示。在所有样品中, 差异位点数的变化范围为2-12。其中, 品种SJ-01和SJ-02, SJ-14和SJ-15的差异位点数最低(2个); 品种SJ-01和SJ-03, SJ-14和SJ-16, SJ-15和SJ-16的差异位点数次之(3个)。而品种SJ-01和SJ-18, SJ-02和SJ-18, SJ-04和SJ-18, SJ-12和SJ-18之间的12对引物所在位点各不相同, 差异位点数最大值达12。通过各品种间差异位点数的比较, 可以清晰地看出, 根据这12对引物所对应的位点可以将这21个杂交新品种鉴定区分开。
Table 5
Table 5Numbers of discrepant loci of 12 SSR loci among 21 new Camellia hybrid varieties
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2.3 山茶杂交新品种分子身份证的构建
先将12对引物扩增出的基因型赋值并排序(表4), 然后根据12对引物在21个新品种中具体扩增出的基因型获得这21个新品种的分子身份证(表6)。从表6可以看出, 每个品种都有自己独特的分子身份证编码, 可将不同品种有效区分; 在相同位置上, 编码相同表示该引物在样品上扩增得到的基因型相同。Table 6
表6
表621个山茶杂交新品种的分子身份证编码
Table 6
| No. | Molecular identity code | No. | Molecular identity code |
|---|---|---|---|
| SJ-01 | 192315514322 | SJ-12 | 393121414432 |
| SJ-02 | 291315514322 | SJ-13 | 485225334121 |
| SJ-03 | 122516514322 | SJ-14 | 546224111121 |
| SJ-04 | 897336114322 | SJ-15 | 545254111121 |
| SJ-05 | 975265414113 | SJ-16 | 646254114121 |
| SJ-06 | 913235513113 | SJ-17 | 353661513121 |
| SJ-07 | A73135522123 | SJ-18 | 445664323113 |
| SJ-08 | A35165424121 | SJ-19 | 934175513111 |
| SJ-09 | 973663214212 | SJ-20 | 563424544123 |
| SJ-10 | 972646514212 | SJ-21 | 748772514411 |
| SJ-11 | B61664544212 |
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2.4 讨论
已有研究表明, SSR分子标记技术的稳定性和准确性高(Rongwen et al., 1995; Powell et al., 1996a, 1996b; Gianfranceschi et al., 1998; Cipriani et al., 2002; Kalia et al., 2011)。加之以荧光标记分析技术检测SSR扩增产物的方法灵敏度高, 能获得较准确的扩增产物长度(徐雷锋等, 2014; 张嘉等, 2016)。此外, 将获得的SSR数据转化为数字或字母编码作为各品种的分子身份证, 可以简洁且清晰地将不同品种区分开, 使品种比对更加高效、方便和准确。本研究基于荧光标记SSR毛细管电泳检测方法构建了21个山茶杂交新品种的分子身份证, 所用的12对引物PCR扩增效率高, 毛细管电泳获得的目的片段大小精确(图1), 等位基因数目及多态性信息含量高。通过这12对引物可准确且可靠地将21个山茶杂交新品种区分开。荧光标记SSR在品种鉴定方面除了具备高稳定性和高准确性外, 还具有较高的有效性(李汝玉等, 2007; 陈赢男, 2014; 徐雷锋等, 2014; 张嘉等, 2016)。其不仅能将亲缘关系很远的品种鉴别开, 还能将亲缘关系很近甚至是同一杂交组合产生的不同新品种区分开(张冰清等, 2014; 陈赢男等, 2014)。本研究所鉴定的21个新品种来自11个亲本的10个杂交组合, 每个品种的亲本中都有1个品种A。其中, 品种SJ-01-SJ-04来自组合ZH-01, SJ-05-SJ-08来自组合ZH-02, SJ-09-SJ-11来自组合ZH-03, SJ-14-SJ- 16来自组合ZH-06, SJ-17-SJ-18来自组合ZH-07 (表1)。虽然每个杂交组合形成的不同品种间亲缘关系较近(有的杂交组合产生的品种间只存在2个差异位点)(表5), 但是通过12对荧光标记SSR引物所在的位点却能很好地将这21个杂交新品种标定出来, 并可根据每对引物所在的位点具体扩增出的基因型获得每个品种独特的分子身份证编码(表6)。可见, 本研究所用的12对荧光标记SSR引物对山茶新品种的鉴定较为有效。
与通过有性生殖进行繁殖的栽培品种不同, 茶花以扦插或嫁接的方式进行繁殖, 因此每个杂交新品种一旦形成后, 其无性繁殖产生的后代遗传物质将与亲本保持一致。故确定了1个品种基因型的独特性, 就能用该基因型标记1个品种, 这一特点使得用荧光标记SSR鉴定新品种更加方便、有效。本研究所用的11个亲本包括了茶花育种中最重要的4个山茶物种(C. japonica、C. reticulata、C. sasanqua和C. azalea), 说明本研究所用引物具有很高的通用性, 甚至在不同组的山茶物种内都能有效使用, 表明这些SSR位点可能还存在更多的等位基因。同时, 我们建立的识别体系具有较大的使用范围, 不仅限于本研究所涉及的21个茶花新品种。根据12对SSR引物所在位点现已获得的等位基因数目情况, 理论上引物478会产生28种基因型, 引物SSR2、CamSSR03、CamSSR04和CamSSR08均会产生21种基因型, 引物CamSSR09会产生15种基因型, 引物CamsinM11、CamSSR02、CamSSR05、CamSSR06以及CamSSR07均会产生10种基因型, 引物CamSSR01会产生6种基因型。如果这些位点分别位于不同的染色体上, 也能够自由组合, 理论上这些等位基因将产生4.90×1013种组合; 即使12个位点中有一半能自由组合, 产生的基因型数量也十分可观, 足以标记现存的所有茶花品种。这也充分体现了本研究所构建的SSR分子标记体系在山茶品种鉴定中的有效性。
尽管这12个位点上的等位基因能产生较多的基因型组合, 但出于节约成本和以最少的引物鉴定最多品种的原则考虑(邱杨等, 2014), 用较少的引物鉴定较多的茶花品种自然是最优选择。从表6可看出, 12位分子身份证编码中的前三位构成的字符串就能区别21个茶花品种, 这3个字符串从左至右分别来自引物CamSSR04、CamSSR08和引物478扩增获得的基因型, 表明只需上述3对引物就能将本研究涉及的21个茶花品种区别开来。尽管如此, 有些品种间差异很小, 如SJ-09和SJ-10以及SJ-14和SJ15, 仅靠上述3对引物区别成千上万的茶花品种就很困难, 因此需要增加鉴别引物的数量。基于本研究所用12对引物获得的等位基因数目和可能的基因型数目, 及出现连锁等原因, 若将现有的3万余种茶花品种区分开, 理论上至少需用4-5对引物(CamSSR08、CamSSR04、478、SSR2和CamSSR03)。可见, SSR分子标记在茶花品种鉴定方面具有较好的优势。
随着杂交育种的快速发展和无性繁殖技术的不断进步, 茶花新品种与日俱增, 品种鉴定、品种知识产权保护、育种者和生产者合法权益保护及种质资源管理等相关工作显得尤为重要。将荧光标记SSR技术和SSR分子身份证构建技术应用于茶花新品种的鉴定工作, 能精确、可靠和高效地鉴别出不同品种, 并为每个品种构建1个唯一的分子身份证, 可有效提高品种的鉴定效率, 节约鉴定新品种的时间和成本。因此, 该技术的应用对茶花品种的鉴定和品种权保护均具有重大意义。
致谢: 感谢复旦大学的程珊梅博士及实验室其他同学在实验过程中给予的指导和帮助。
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为发展可靠的油茶品种遗传真实性鉴定技术,以浙江红花山茶等油茶 品种为试材,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳对大量油茶SSR引物进行筛选,获得了电泳指纹清晰、基因型容易判定且多态性信息含量高的引物组合10对,提出了详细 的用于油茶品种鉴别的试验操作流程.通过针对性的试验实例,验证了所开发引物应用于油茶品种遗传鉴别的有效性.
DOI:10.3969/j.issn.1674-3466.2008.04.006URL [本文引用: 1]
利用32对SSR引物对来自全部7个自然居群的217份广东高州普通野生稻(简称"高野")材料进行遗传 结构、多样性和遗传聚类分析.结果表明,高野各居群因遗传结构存在差异而相对独立,但各居群之间由于存在基因渗透又具有一定的相似性.高野总体多样性指数 (Ht)为0.65,居群内的多样性(Hs=0.431)略大于居群间的多样性(Ds=0.392),二者差异并不显著.居群问的遗传分化系数(Gst) 为0.611,说明高野群体的遗传差异足由居群内和居群问的遗传分化共同作用的结果.其巾A、B、E居群间,D、F、G居群间遗传相似性较高,C居群与其 它居群之间存在较大差异.根据7个居群的遗传结构,结合其地理分布状况,认为遗传多样性最大的B和E居群以及遗传分化最小的C居群应作为重点对象进行保 护.
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Two tea cultivars, Tieguanyin and Huangdan, are used as main parents in oolong tea breeding. Fuding Dabaicha is considered as one of core parents in breeding of green and black tea plants. So far, Many quality tea cultivars have been bred based on these cultivars. Therefore, research on the genetic diversity and fingerprint map of these parents and their superior derived varieties are considerably important, which can contribute to the selection of breeding materials and the protection of plant variety right. In this study, the genetic diversity and relationship of 13 Oolong tea varieties and 21 green tea varieties were analyzed by 40 SSR markers. The average genetic diversity (H) and genetic distance of 34 samples were 0.54 and 0.58, respectively, which means that the genetic diversity of the accessions tested were relatively high with rich variation. Furthermore, 90% genetic diversity came from genetic differences of tested materials. These samples were divided into two groups according to its breeding source using UPGMA method. Moreover, the genetic structure of two sets of varieties is different. In consideration of good stability and high polymorphism, 5 out of 40 pairs of SSR primers were selected and combined to construct the fingerprinting maps of 34 materials.
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DOI:10.11983/CBB15016URL [本文引用: 1]
Simple sequence repeat (SSR) markers have the characteristics of simple operation, codominance and reliable reproduciblity in phylogenetic studies. This paper summarizes the techniques for developing peony SSR marker primers: bioinformatics technology, magnetic beads enrichment and next-generation sequencing. Furthermore, we summarize the current findings of the frequency and distribution of SSR loci in peony genome. We hope our summary on the application of SSR markers on tree peony will provide useful references to people who are working on the species.
DOI:10.3969/j.issn.1000-6850.2013.01.026URL [本文引用: 1]
Molecular fingerprints map is very important to the identification, breeding and intellectual property right protection of Camellia japonica cultivars. To screen applicable SSR primers and the corresponding optimizing reaction system for the construction of SSR-PCR fingerprints map, graded annealed temperature and orthogonal diagram experimental design were employed to evaluate the reaction conditions for 4 pairs of SSR primer. The results showed that: clear and unambiguous electrophoresis bands with designed size of amplified production presented only with primers MSCjaF25 and MSCjaF37 under the amplifying condition of annealing at 52.9, 1.2 mmol/L Mg2+, 0.2 mmol/L dNTPs, 0.5 U Taq DNA polymerase, 0.2 ?mol/L primers and 40 ng DNA template in 10 ?L reaction system and annealing at 58.2, 0.8 mmol/L Mg2+, 0.1 mmol/L dNTPs, 1.0 U Taq DNA polymerase, 0.3 ?mol/L primers and 40 ng DNA template in 10 ?L reaction system, respectively. Amplifying of 12 Camellia japonica cultivars using primers MSCjaF25 and MSCjaF37 made pure confirmation to the repeatability and stability of these optimized reaction conditions. Further analysis revealed that screening more SSR primers had been the facing challenge for molecular fingerprints map study on Camellia japonica cultivars.
DOI:10.3969/j.issn.1671-2641.2014.02.012URL [本文引用: 1]
张氏红山茶 Camellia changii 是新兴的山茶属珍稀种质资源，在茶花杂交育种方面具有极高的科研价值。为建立鉴定张氏红山茶杂交后代的方法，本研究采用 SSR 标记技术，对以张氏红山茶为亲本的杂交后代以及所有杂交组合的亲本进行了分子鉴定。研究结果显示：张氏红山茶和博白大果油茶杂交后代仅有母本特征带，推测其有可能是自交种；张氏红山茶和超级南天武士的杂交后代出现了父母本均没有的条带，显示可能有外来血缘；其余组合杂交 F1代均包含了父母本的特征带，从而表明杂交是成功的。从本研究结果看，应用 SSR 分子标记技术，可以方便地对杂交后代的真实性进行鉴定。
DOI:10.3969/j.issn.1001-4942.2007.06.004URL [本文引用: 2]
利用变性聚丙烯酰胺电泳结合银染技术,检测了8个SSR位点在71份中国育成小麦品种（系）中的多态性,确定了各SSR位点上等位基因的大小。在71份小麦品种（系）中,共检测到等位基因75个,每对引物检测到的等位基因个数最少为6个（gwm186）,最多为15个（gwm174）,平均9.4个。PIC值最高为0.8739（gwm174）,最低为0.6552（gwm186）,平均为0.7968。利用少数几对高PIC值的SSR引物,能够将全部71份品种（系）区分开来,供试材料间至少有一对等位基因存在差异。对SSR标记应用于小麦品种鉴定和品种保护的可行性进行了讨论。
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正云南大理素有"茶花之乡"、"兰花之乡"之称。2月21~26日,2016大理国际茶花大会、第十届中国(大理)茶花博览会、第二十六届中国(大理)兰花博览会以及第九届中国大理国际兰花茶花博览会在大理同期举行。本届大会以"宜居大理,四季花都"为主题,茶花主展区设在大理古城,兰花主展区设在大理全民健身中心。会展以茶花、兰花精品展出、展销、文化创意展示及相关学术交流活动为内容,展示大理独具特色的花卉及花卉文化,加强国内外花卉界的交流合作,推动大理花卉、旅游、文化产业融合发展。21日上午,2016大理国际茶花大
DOI:10.3969/j.issn.1672-416X.2008.01.016URL [本文引用: 1]
利用本实验室cDNA文库测序所获得的茶树EST序列为主自行开发的24对和他人7对共31对EST-SSR引物,对60份西南茶区茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明,西南茶区茶树资源的遗传多样性非常丰富。31对引物共检测到等位位点137个,每个引物为2￣8个之间,平均4.42个。遗传多态性信息含量(PIC)在0.09￣0.85之间,平均达0.63。观测杂合度(Ho)在0.07￣0.94之间,平均值为0.53。UPGMA聚类表明,按相似系数为0.39可将参试的60份种质资源分为五大类。聚类结果在分子水平上显示了我国西南茶区种质资源间的亲缘关系,为以后种质资源保存和新品种选育提供一定的启示。
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DOI:10.13430/j.cnki.jpgr.2014.03.029URL [本文引用: 1]
为了保护我国特有的优异萝卜资源,促进资源的有效区分和合理利用,保障我国萝卜产业发展,目前需积极开展萝卜种质资源的特异性鉴定和种质识别技术研究.本 研究基于SSR分子标记、信息处理和图像处理技术,筛选出22对SSR引物对75份来源和特征不同的代表性萝卜种质进行鉴定,共扩增出153条带,其中多 态性条带为87条,平均多态性位点百分率为55.49％,平均每对引物可扩增出6.95条带和3.95条多态性带,有效地显示出每份萝卜种质的特异性.基 于最少引物鉴定最多种质的原则,利用MATLAB程序筛选出8对SSR引物,依据8对引物的扩增数据,经过多态性谱带的有序编码转换,构建出75份萝卜种 质分子身份证.结果显示利用SSR标记构建萝卜种质分子身份证进行种质资源的鉴定和保护是可行的.
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本研究分析了崇左金花茶(Camellia chuongtsoensis)转录组水平的EST-SSR特征.从崇左金花茶转录组数据组装获得的35 410个Unigene中,共鉴定出2～7不同核苷酸重复类型的SSR位点7 754个,分别分布于6 394条序列中,其中1 121个Unigene具有两个以上的位点.在转录组中SSR位点出现频率为21.90％,分布密度为1/3.6 kb;在所有重复单元中,二碱基微卫星占主要优势,占SSR位点总数的61.3％.利用Primer 3.0设计引物,共计3 303条Unigene成功设计出引物.随机选择10对SSR引物,对一个崇左金花茶群体进行扩增多态性分析,8对引物能够扩增出符合预期大小的PCR片段,其中4对引物成功检测出多态.以上结果表明,转录组数据能够提供丰富的SSR位点,用于快速高效地开发SSR引物,所开发的引物可为崇左金花茶遗传多样性的研究以及种质资源的鉴定与保护等方面提供分子基础.
DOI:10.3969/j.issn.1001-5051.2006.03.017URL [本文引用: 1]
采用形态观察和描述方法,结合RAPD分子标记技术,对山茶花(Cam ellia japonicaL.)3个栽培变异新品种“华美红”、“花绯爪芙蓉”和“玉丹”的形态特征和遗传差异进行了分析,并与其相应的原品种“美国大红”、“绯爪芙蓉”和“粉丹”进行了比较.结果表明,3个山茶花变异品种在形态特征上,特别是在花型、花色上与原品种具有显著的差别,并且后代性状表现稳定.在RAPD扩增中,筛选出了3个有效引物,共扩增出29条带,其中15条具有多态性,特别是引物S1和S4,其多态性带对于每个品种都有差异,能较好地说明变异品种与原品种间的遗传关系.
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以96份百合种质资源为材料,使用SSR标记进行百合种质分子身份证构建试验.从172对百合SSR引物中筛选出20对多态性好的核心引物,采用四重荧光毛细管电泳技术检测扩增条带分子量的方法对百合资源进行标记分析,获得供试样品相应的扩增带型.采用个位数字和小写英文字母对不同带型进行编码,按照20对引物扩增带型数由少到多顺序串联排序的方式构建供试样品的分子身份证.结果显示:20对SSR引物共检测到69个SSR等位位点和170个带型,平均每对引物对品种扩增的等位位点3.45个,带型8.50个.对带型进行编码的结果表明:96份百合种质资源的SSR分子身份证互不相同,可以将材料完全区分开.
DOI:10.7505/j.issn.1007-9084.2014.06.006URL [本文引用: 1]
利用分布于油菜连锁群上的33对SSR核心引物,对12个育种品系和市场上的杂交油菜品种进行鉴定,探讨取样方案、检测方法和位点判读,将样品间SSR位点类型分为相同位点、疑似相同位点和差异位点3类。分析位点类型发现,12个油菜品种/系间的差异位点数为4~22,其中同父异母杂交种（3个）间差异位点数为4~16,同母异父杂交种（4个）间差异位点数为7~18,市场抽样的品种间差异位点数为12~20。同一品种不同样本间的差异位点数为0~2,据此,将区分品种间与品种内的差异位点阈值设定为2,即在利用33对引物对油菜杂交种与对照样品进行SSR分析时,当两样品间差异位点数〉2时,判定为不同品种;当差异位点数≤2时,判定为近似或极近似品种。盲样鉴定实验及其与田间鉴定方法的对比实验,均证明了本研究确定的SSR鉴定方法可行。
DOI:10.13332/j.1000--1522.20150349URL [本文引用: 3]
为了开发芍药品种分子鉴定方法,本研究采用SSR标记技术,在目前芍药SSR引物开发较少的情况下,采用文献相关引物84对,并结合自行设计的27对引物,将6%非变性聚丙烯酰胺凝胶与四重荧光毛细管电泳技术相结合,从111对引物中筛选出29对扩增稳定、多态性高的核心引物;共检测到223个SSR等位位点,平均每对引物为7.69个,有效等位基因数(Ne)为3.658±0.328,Shannon多样性指数(I)为1.371±0.104,观测杂合度(Ho)为0.532±0.045,期望杂合度(He)为0.645±0.036,多态性信息含量PIC值介于0.20~0.84,平均0.60。基于最少引物鉴定最多种质的原则,按照PIC值由高到低顺序串联排序的方式,最终筛选出4对SSR引物(Pmg153、Knu73、Pmg209、J38)。结果表明:筛选出的4对SSR引物组合可以有效鉴定66个芍药品种;采用个位数字和大写英文字母结合对不同带型进行编码,成功绘制了66个中国传统芍药品种的分子身份证。本研究为芍药品种鉴定提供了一种快速、准确与高效的分子检测方法,也有助于中国传统芍药品种的遗传改良与芍药新品种保护。
DOI:10.3321/j.issn:1000-4025.2006.04.006URL [本文引用: 1]
采用RAPD方法构建了国内外23个茶花品种的指纹图谱。从100个随机引物中筛选出的20个有效引物共产生136条DNA片段，遗传多态性带120条占总数88．2％。遗传相似性分析表明，各基因型间的Nei＇s相似系数分布在0．4386～0．8936之间，平均相似性系数为0．7668。通过非加权算术平均数聚类（UPGMA）法，绘制了它们的遗传关系树状图，23个品种可划分为3个类群。研究结果表明，RAPD技术可用于茶花品种的鉴别以及种质资源遗传多态性的研究。
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山茶花是世界名贵花木,也是我国传统十大名花之一,在我国具有悠久的栽培历史。作为园林应用日益广泛的茶花资源,由于品种间的地域差异,长期交流过程中品种记录不够全面,同名异物、同物异名现象普遍存在,影响了茶花的文化鉴赏、种质交流、研究推广、市场开发。本研究重点对我国现存茶花品种资源开展全面调查,根据比较形态学研究方法,结合数量分类方法探讨品种分类标准并建立分类系统。主要研究结果如下: 1.在整理前人研究成果的基础上,按照UPOV(国际植物新品种保护联盟)制定的有关观赏植物DUS(特异性、一致性、稳定性)测试指南相关法规,制定统一的茶花品种调查标准,共筛选出调查指标177。对我国华东、四川、广西、云南等栽植区内种植的茶花品种进行了详细的形态学调查,基本摸清了目前的茶花品种分布状况;实地调查结果,整理出华东茶花165个,四川茶花品种80个,云南茶花96个,茶梅品种50个。 2.在分析调查结果基础上,应用数量分类学方法对国内茶花品种进行分类研究。R型聚类分析基本揭示了各形态性状的相关性,将入选的48个形态性状划分为4大类:花型、花色、叶片特征及其它性状,将前三个作为茶花品种类群划分的综合指标。Q型聚类将参与数量分类的200个茶花品种聚为5大类群,即华东茶花品种群、四川茶花品种群、云南茶花品种群、华南茶花品种群、茶梅品种群。华东和四川茶花品种群内,依次以花型、花色、叶片大小为三级分类标准;云南茶花品种依次以花型、花色、叶形、叶片大小为四级标准;茶梅品种分类指标为花型、花色、叶片综合特征,将茶梅品种群划分为普通茶梅品种亚群、春茶梅亚群、冬茶梅亚群及冬茶梅杂交品种亚群。 3.建立中国茶花品种分类指标和分类系统。数量分类结果和实地调研结果相结合,根据品种起源和演化关系探讨品种分类系统,制定品种分类标准和分类原则。参照花卉品种‘二元分类’原则,将种系作为第一级分类标准,按照地理分布和品种来源,分为华东茶花品种群、四川茶花品种群、云南茶花品种群、茶梅品种群、华南茶花品种群和金花茶品种群共6大类群;以下依次以花型、花色作为二、三级分类标准,我国茶花品种分为6群6型5系,其中,华东茶花品种群为6型3系,四川茶花品种群为6型3系,茶梅品种群6型4系,云南茶花品种群为5型3系。 4.按照UPOV的要求,参照国内外已制定的观赏植物DUS测试指南,同时结合茶花品种群间形态特征,制定了适合我国茶花品种的测试指南,用于新品种鉴定和新品种保护权的申请。茶花DUS测试指南共包括51个性状、94个标准参照种或品种(其中,物种14个,国外品种35个,国内品种45个),并对性状表中23个单个性状进行了图文并茂的解释。 5.结合实地调查资料,根据《国际栽培植物命名法规》(ICNCP)有关规定和制定的测试指南,对文献记载和实地调查中的部分存疑品种进行核实和整理,对31个同名异物、同物异名品种进行了分析和纠正。 6.将文献资料和实地调查资料进行整理,利用电子表格软件Microsoft Office Excel,建立国内已知茶花品种种质资源数据库,分别记录了品种的分布区域、生物学特性、植物学特性等要素的字段177,记录925个,其中华东茶花415个,四川茶花123个,华南茶花品种1个,云南茶花品种246个,茶梅140个。为茶花研究者了解茶花品种资源现状、查询及利用提供了有效、快捷的辅助工具。 以上研究为我国茶花品种资源整理与保存、新品种选育、新品种登录与保护、品种推广、国际交流、科普宣传、茶花文化鉴赏提供了全面的、系统的研究成果。
DOI:10.11913/PSJ.2095-0837.2016.50755URL [本文引用: 2]
采用微卫星（SSR）分子标记的方法,利用20对SSR引物对33份山茶属资源（含种和品种）的DNA样品进行了PCR扩增,从中筛选出10对扩增效果较好的SSR引物,并对33份资源进行了遗传多样性分析。结果显示：10对引物在33个植物材料中共检测出123个等位基因,每个SSR位点的等位基因数为3~22个,SSR2引物检测到的等位基因数量最多,达22个,平均每对引物含有12.3个等位基因,平均多态性信息量为0.74,变化范围为0.06~0.96。利用遗传距离矩阵按UPGMA方法进行聚类,结果表明33份植物材料可分为9个分支,很好的区分了品种间的亲缘关系,可为杂交育种的组合选择提供理论基础。不同花型的山茶属植物在10个微卫星位点上共发现42个特异等位基因,可能与不同的花型性状有关。
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中华人民共和国农业部令第１４号根据《中华人民共和国植物新品种保护条例》规定,中华人民共和国农业植物新品种保护名录(第一批)经１９９９年４月２７日农业部第六次常务会议通过,现予发布施行。部长陈耀邦一九九九年六月十六日属或者种名学名１.水稻Ｏｒｙｚａｓａｔｉｖａ
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本研究首次利用从油茶DNA序列中开发的SSR标记及其近缘种通用性的SSR标记开展油茶栽培品种的分子甄别研究。7对通用性高、多态性好、扩增清晰的SSR标记构建了油茶43个栽培品种的DNA指纹图谱。遗传参数统计显示,43个油茶品种遗传多样性指数为0.347 1,Shannon指数为0.517 2;7对SSR引物扩增共得到位点36个,其中多态性位点35个,位点多态性达97.22%,其中利用4个标记CO_g SSR16、CO_gssr37、CO_e SSR4和CO_e SSR44两两组合可以完全鉴别出43个油茶栽培品种。聚类结果表明油茶品种的亲缘关系与地理来源存在一定的相关性,如来自江西的赣无系列品种大多能够成组聚类,而来自广西的品种（桂软11号,桂软24号,岑软2号,陆川大果）与来自越南的品种（和江2号,越南油茶,东孝2号）聚在一个类群;但也有一些品种地理来源不同而同样聚在同一类群,显示了油茶遗传背景的多样性与复杂性。本研究为油茶品种鉴定及遗传学研究等提供技术基础及理论依据。
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DOI:10.1007/s001220100685URLPMID:12582690 [本文引用: 1]
Abstract We have isolated and sequenced 52 microsatellites or simple sequence repeats (SSRs) from nearly 60 positive clones obtained from two 'Frantoio' olive genomic libraries enriched in (AC/GT) and (AG/CT) repeats, respectively. The repeat-containing fragments obtained from genomic DNA restricted with Tsp509I were separated using a biotinylated probe bound to streptavidin-coated paramagnetic beads. Fragments were then cloned into lambda ZAPII vector and sequenced. Thirty of the 36 primer pairs which gave correct re-amplification in the source genome were used to assay the polymorphism of 12 olive cultivars, namely four well-known cultivars ('Coratina', 'Frantoio', 'Leccino', 'Pendolino') and eight ancient cultivars grown locally near Lake Garda ('Casaliva', 'Favarol', 'Fort', 'Grignan', 'Less', 'Raza', 'Rossanel', 'Trep'). The local cultivars were each re- presented by two to four long-lived individuals. The analysis was carried out using (33)P-labelled primers and 6% polyacrylamide sequencing gels. All except two microsatellites showed polymorphism, the number of alleles varying from 1 to 5. The average genetic diversity ( H) was 0.55. The power of discrimination ( PD) was 0.60. All cultivars, including the local ones, were easily separated from each other. Variations in the SSR pattern were observed among individual plants of the same cultivar in four out of the eight local cultivars analysed. Several primer pairs (17%) amplified more than one locus.
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DOI:10.1111/j.1471-8286.2004.00682.xURL [本文引用: 1]
Relatively little is known about the diversity and origins of tea. The highest value tea products are sold on the basis of their region of origin but there are currently no methods available to verify the claims made on packages. We have developed 15 microsatellite loci for tea. These have been evaluated for polymorphism in a set of tea clones to determine their usefulness for authentication purposes. The majority of the microsatellites developed proved to be highly polymorphic both between and within different geographical origins and offer the potential to investigate the population genetics and genetic origins of tea.
DOI:10.1007/s001220050841URL [本文引用: 1]
The development of highly informative markers, such as simple sequence repeats, for tagging genes controlling agronomic characters is essential for apple breeding. Furthermore, the use of these markers is fundamental both for variety identificationand for the characterisation and management of genetic resources. Some 16 reliable simple sequence repeat (SSR) markers were developed that amplify all alleles from a panel of 19 Malus domestica [M. pumila] cultivars or breeding selections and from Malusfloribunda 821. Those markers show a high level of genetic polymorphism, with on average 8.2 alleles per locus and an average heterozygosity of 0.78. Due to this high level of polymorphism, it was possible using two selected SSRs to distinguish all cultivars except Starking and Red Delicious. Ten of the markers developed were mapped on a RAPD linkage map, proving their Mendelian segregation as well as their random distribution in the apple genome. The importance of using co-dominant markers in outbreeding species is discussed.
DOI:10.1007/s10681-010-0286-9URL [本文引用: 1]
In recent years, molecular markers have been utilized for a variety of applications including examination of genetic relationships between individuals, mapping of useful genes, construction of linkage maps, marker assisted selections and backcrosses, population genetics and phylogenetic studies. Among the available molecular markers, microsatellites or simple sequence repeats (SSRs) which are tandem repeats of one to six nucleotide long DNA motifs, have gained considerable importance in plant genetics and breeding owing to many desirable genetic attributes including hypervariability, multiallelic nature, codominant inheritance, reproducibility, relative abundance, extensive genome coverage including organellar genomes, chromosome specific location and amenability to automation and high throughput genotyping. High degree of allelic variation revealed by microsatellite markers results from variation in number of repeat-motifs at a locus caused by replication slippage and/or unequal crossing-over during meiosis. In spite of limited understanding of the functions of the SSR motifs within the plant genes, SSRs are being widely utilized in plant genome analysis. Microsatellites can be developed directly from genomic DNA libraries or from libraries enriched for specific microsatellites. Alternatively, microsatellites can also be found by searching public databases such as GenBank and EMBL or through cross-species transferability. At present, EST databases are an important source of candidate genes, as these can generate markers directly associated with a trait of interest and may be transferable in close relative genera. A large number of SSR based techniques have been developed and a quantum of literature has accumulated regarding the applicability of SSRs in plant genetics and genomics. In this review we discuss the recent developments (last 4-5 years) made in plant genetics using SSR markers.
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DOI:10.1139/g02-070URLPMID:12502248 [本文引用: 1]
Abstract The advantage of the cross transferability of heterologous chloroplast and nuclear microsatellite primers was taken to detect polymorphism among 24 tea (Camellia sinensis (L.) O. Kuntze) genotypes, including both the assamica and the sinensis varieties. Primer information was obtained from the closely related Camellia japonica species for four nuclear microsatellites, and from Nicotiana tabaccum for seven universal chloroplast microsatellites. All of the nuclear microsatellite loci tested generated an expected DNA fragment in tea, revealing between three and five alleles per locus. Four out of the seven chloroplast microsatellites primers amplified positively, and of these only one was polymorphic with three alleles, which is in agreement with the conserved nature of chloroplast microsatellites at the intraspecific level. A factorial correspondence analysis carried out on all genotypes and nuclear microsatellite alleles separated the assamica and sinensis genotypes into two groups, thus demonstrating the value of these markers in establishing the genetic relationship between tea varieties. Genetic diversity measured with nuclear microsatellites was higher than that measured with other types of molecular markers, offering prospects for their use in fingerprinting, mapping, and population genetic studies, whereas polymorphisms detected at a cpSSR locus will allow the determination of plastid inheritance in the species.
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DOI:10.1007/s12686-014-0270-0URL [本文引用: 1]
Camellia flavida is an endangered and valuable ornamental plant species with yellow flower. Here we isolated and characterized 38 polymorphic microsatellite loci for C. flavida using transcriptome sequencing. The markers were tested on one population of C. flavida and one population of closely related C. nitidissima. For C. fladviia, all of these loci showed polymorphism, and the number of alleles per locus ranged from 2 to 8. The observed and expected heterozygosities ranged from 0.250 to 0.900 and from 0.250 to 0.789, respectively. These markers will be useful in the research on the genetic diversity and population genetic structure of C. flavida. These loci can also be used for other related Camellia species.
DOI:10.1073/pnas.70.12.3321URLPMID:4519626
A method is presented by which the gene diversity (heterozygosity) of a subdivided population can be analyzed into its components, i.e., the gene diversities within and between subpopulations. This method is applicable to any population without regard to the number of alleles per locus, the pattern of evolutionary forces such as mutation, selection, and migration, and the reproductive method of the organism used. Measures of the absolute and relative magnitudes of gene differentiation among subpopulations are also proposed.
DOI:10.1016/1360-1385(96)86898-1URL [本文引用: 1]
Simple sequence repeats (SSRs) are a group of repetitive DNA sequences that represent a significant portion of higher eukaryote genomes. They can serve as highly informative genetic markers, and in conjunction with the use of polymerase chain reaction (PCR) technology enable the detection of length variation. This novel means of detecting polymorphism targets highly variable regions of the genome, and has revolutionized human and mammalian research. It is now poised to have a significant impact in plant science.
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DOI:10.1007/BF00220994URLPMID:24173782 [本文引用: 1]
Conventional morphological and pigementation traits, as well as disease resistance, have been used to distinguish the uniqueness of new soybean cultivars for purposes of plant variety protection. With increasing numbers of cultivars and a finite number of conventional characters, it has become apparent that such traits will not suffice to establish uniqueness. The objective of this work was to provide an initial evaluation of microsatellite or simple-sequence-repeat (SSR) DNA markers to develop unique DNA profiles of soybean genotypes. Microsatellites are DNA sequences such as (AT) n /(TA) n and (ATT) n /(TAA) n that are composed of tandemly repeated 2-5-basepair DNA core sequences. The DNA sequences flanking microsatellites are generally conserved allowing the selection of polymerase chain reaction (PCR) primers that will amplify the intervening SSR. Variation in the number of tandem repeats, "n", results in PCR product length differences. The SSR alleles present at three (AT) n /(TA) n and four (ATT) n /(TAA) n loci were determined in each of 96 diverse soybean genotypes. Between 11 and 26 alleles were found at each of the seven loci. Only two genotypes had identical SSR allelic profiles and these had very similar pedigrees. The gene diversity for the seven markers averaged 0.87 for all 96 genotypes and 0.74 for a subset of 26 North American cultivars. These are much higher than soybean gene diversity values obtained using RFLP markers, and are similar to the average values obtained for human microsatellite markers. SSR markers provide an excellent complement to the conventional markers that are currently used to characterize soybean genotypes.
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利用微卫星标记鉴别油茶品种
2
2014
... 现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(
... 荧光标记SSR在品种鉴定方面除了具备高稳定性和高准确性外, 还具有较高的有效性(
广东高州7个普通野生稻居群遗传结构的SSR分析
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2008
... 现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(
我国茶树主要骨干亲本及其衍生品种(系)的SSR分析
1
2011
... 现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(
1
2016
... 本研究所用的21个茶花新品种材料来自11个亲本品种(Var.A-Var.K)的10个杂交组合(ZH-01-ZH-10,
SSR分子标记在牡丹亲缘关系研究中的应用与研究进展
1
2015
... 现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(
茶花品种SSR指纹图谱分型技术反应体系优化
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2013
... 现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(
应用SSR分子标记技术鉴定张氏红山茶杂交F1代真实性的研究
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2014
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利用SSR标记进行小麦品种鉴定和新品种保护研究
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2007
... 现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(
... 荧光标记SSR在品种鉴定方面除了具备高稳定性和高准确性外, 还具有较高的有效性(
花开大理四会同办——2016大理国际茶花大会召开
1
2016
... 山茶属(Camellia)是山茶科(Theaceae)中种类较多的一个属, 该属包括许多世界闻名的观赏茶花种质资源, 历来备受世界花卉界关注和青睐(
基于EST-SSR的西南茶区茶树资源遗传多样性和亲缘关系分析
1
2008
... SSR引物的获得方式有2种, 3对从前人的研究中获得(
1
2000
... 山茶属(Camellia)是山茶科(Theaceae)中种类较多的一个属, 该属包括许多世界闻名的观赏茶花种质资源, 历来备受世界花卉界关注和青睐(
利用SSR标记构建萝卜种质资源分子身份证
1
2014
... 尽管这12个位点上的等位基因能产生较多的基因型组合, 但出于节约成本和以最少的引物鉴定最多品种的原则考虑(
基于RNA-seq的崇左金花茶EST-SSR标记开发
1
2015
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3个山茶花变异品种的形态鉴定和RAPD分析
1
2006
... 现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(
利用荧光标记SSR构建百合种质资源分子身份证
3
2014
... 现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(
... 已有研究表明, SSR分子标记技术的稳定性和准确性高(
... 荧光标记SSR在品种鉴定方面除了具备高稳定性和高准确性外, 还具有较高的有效性(
利用SSR标记进行杂交油菜品种鉴定
1
2014
... 荧光标记SSR在品种鉴定方面除了具备高稳定性和高准确性外, 还具有较高的有效性(
利用荧光标记SSR绘制中国芍药品种分子身份证
3
2016
... 现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(
... 已有研究表明, SSR分子标记技术的稳定性和准确性高(
... 荧光标记SSR在品种鉴定方面除了具备高稳定性和高准确性外, 还具有较高的有效性(
名贵茶花种质资源的RAPD分析
1
2006
... 现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(
中国茶花品种分类、测试指南及已知品种数据库构建
1
2008
... 现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(
SSR分子标记在山茶属观赏资源遗传多样性研究中的应用
2
2016
... 山茶属(Camellia)是山茶科(Theaceae)中种类较多的一个属, 该属包括许多世界闻名的观赏茶花种质资源, 历来备受世界花卉界关注和青睐(
... 现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(
中华人民共和国林业植物新品种保护名录(第一批)
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2000
... 山茶属(Camellia)是山茶科(Theaceae)中种类较多的一个属, 该属包括许多世界闻名的观赏茶花种质资源, 历来备受世界花卉界关注和青睐(
油茶栽培品种SSR指纹图谱构建及聚类分析
1
2017
... 现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(
Corrigenda to the origin and classification of the garden varieties of Camellia reticulata
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1980
... 现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(
Development and characterization of microsatellite markers for Camellia nitidissima
1
2010
... 现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(
Microsatellite markers isolated in olive ( Olea europaea L.) are suitable for individual fingerprinting and reveal polymorphism within ancient cultivars
1
2002
... 已有研究表明, SSR分子标记技术的稳定性和准确性高(
A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue
1
1987
... 所有样品均采用改良的CTAB法(
Isolation and characterization of highly polymorphic microsatellites in tea ( Camellia sinensis)
1
2004
... SSR引物的获得方式有2种, 3对从前人的研究中获得(
Simple sequence repeats for the ge- netic analysis of apple
1
1998
... 已有研究表明, SSR分子标记技术的稳定性和准确性高(
Microsatellite markers: an overview of the recent progress in plants
1
2011
... 已有研究表明, SSR分子标记技术的稳定性和准确性高(
Heterologous nuclear and chloroplast microsatellite amplification and variation in tea, Camellia sinensis
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2002
... SSR引物的获得方式有2种, 3对从前人的研究中获得(
De- velopment and characterization of 38 microsatellite markers for Camellia flavida based on transcriptome sequen-cing
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2014
... 现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(
Analysis of gene diversity in subdivided populations
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1973
a). Polymorphism revealed by simple sequence repeats
1
1996
... 已有研究表明, SSR分子标记技术的稳定性和准确性高(
b). The comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis
1
1996
... 已有研究表明, SSR分子标记技术的稳定性和准确性高(
The use of microsatellite DNA markers for soybean genotype identification
1
1995
... 已有研究表明, SSR分子标记技术的稳定性和准确性高(
Cultivar identification in Camellia japonica L
1
1983
... 现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(
Identifying hybrids of golden Camellia using SSR molecular markers
2
2009
... 现行的茶花品种分类及鉴定方法包括DUS (Distinctness, Uniformity, Stability)鉴定法(
... ) (
POPGENE, Version 1.32: the user friendly software for population genetic analysis
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1999
... 将获取的数据输入Excel表格, 通过GenALEx 6.2进行数据格式转换.使用POPGENE v1.32软件(
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