韭菜全长转录组SSR信息分析及分子标记开发

李延龙，张华敏*，崔蕴刚，陈建华，吕爱芹，李纪军，李艺潇

平顶山市农业科学院，河南省韭菜工程技术研究中心，河南平顶山 467001

出版日期:2020-04-25发布日期:2020-04-25


基金资助:国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目（CARS-24-A-11）

Analysis on SSR Information in Full-length Transcriptome and Development of Molecular Markers in Allium tuberosum

LI Yanlong，ZHANG Huamin*，CUI Yungang，CHEN Jianhua，Lü Aiqin，LI Jijun，and LI Yixiao

Pingdingshan Academy of Agricultural Sciences，Henan Chinese Chive Engineering Technology Research Center，Pingdingshan，Henan 467001，China

Online:2020-04-25Published:2020-04-25

摘要/Abstract

摘要： 利用MISA软件筛选韭菜（Allium tuberosum）全长转录组测序获得的49 876条（大于500 bp）转录本序列（89.44 Mb），共检测出13 111个SSR位点，分布在10 332条转录本中，SSR出现频率为26.29%，平均分布距离为6.82 kb。在搜索的6种SSR位点类型中，1 ~ 3个核苷酸重复类型占主要地位，占总SSR位点数的98.74%，其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复类型分别为66.55%、12.52%、19.67%。发现重复序列的基序有103个，其中二核苷酸和三核苷酸重复类型中出现频率高的基序有AC/GT（2.54%）、CA/TG（2.29%）、GAA/TTC（1.85%）和AAG/CTT（1.60%）。重复序列的长度在10 ~ 289 bp之间，其中小于20 bp的有11 128个（84.88%），大于20 bp的有1 983个（15.12%）。根据这些SSR位点，共设计出3 311对SSR引物，在随机选取的208对引物中有164对（78.85%）能进行有效扩增，其中39对引物在24份韭菜种质资源中表现出多态性。利用多态性引物SSR41，鉴定出‘马蔺韭’ב791’后代中的6株有性生殖后代。以上结果表明，基于韭菜全长转录组测序开发的SSR标记可以为韭菜的遗传多样性分析、种质资源鉴定和有性生殖后代筛选提供充足可靠的标记来源。
中图分类号:
S 633.3

引用本文

李延龙，张华敏*，崔蕴刚，陈建华，吕爱芹，李纪军，李艺潇. 韭菜全长转录组SSR信息分析及分子标记开发[J]. 园艺学报, 2020, 47(4): 759-768.
LI Yanlong，ZHANG Huamin*，CUI Yungang，CHEN Jianhua，Lü Aiqin，LI Jijun，and LI Yixiao. Analysis on SSR Information in Full-length Transcriptome and Development of Molecular Markers in Allium tuberosum[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2020, 47(4): 759-768.





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