Nicolas Berthet 研究员 | 博士生导师

学科

课题组 病原发现及其分子特征研究组




电话 +86
邮箱 nberthet@ips.ac.cn
地址 上海市岳阳路320号生命科学实验楼B501

研究方向
利用新一代高通量测序技术发现及鉴定病原体





个人简介 2019 -至今 中国科学院上海巴斯德研究所 研究员
2019 法国巴黎第七大学 法国研究指导资格
2013-2017 加蓬弗兰斯维尔CIRMF 临床综合征与相关病毒研究组组长
2009-2013 法国巴斯德研究所致癌病毒流行病学与病理学研究组 CNRS工程师
2007-2009 法国巴斯德研究所致癌病毒流行病学与病理学研究组 博士后
2004-2007 法国巴黎第七大学 微生物学博士
2003 法国格勒诺布尔大学 分子与细胞生物学硕士


学术兼职

发表论文和专利 1.Simo Tchetgna H, Sem Ouilibona R, Nkili-Meyong AA, Caron M, Labouba I, Selekon B, Njouom R, Leroy EM, Nakoune E, Berthet N. Viral Exploration of Negative Acute Febrile Cases Observed during Chikungunya Outbreaks in Gabon. Intervirology. 2019 Jan 9:1-11. doi: 10.1159/.
2.Andriniaina Andy Nkili-Meyong*, Pamela Moussavou-Boundzanga*, Ingrid Labouba, Isma？l Hervé Koumakpayi, Emmanuelle Jeannot, Stéphane Descorps-Declère, Xavier Sastre-Garau, Eric M. Leroy, Ernest Belembaogo, Nicolas Berthet. Genome-wide profiling of human papillomavirus DNA integration in liquid-based cytology specimens from a Gabonese female population using HPV capture technology. Sci Report. 2019 Feb 6;9(1):1504. doi: 10.1038/s41598-018-37871-2.


科研进展和成果 1.通过实时测序方法（Ampliseq技术）对SARS-CoV2基因组进行测序并与传统二代测序方法比较。初步数据表明Ampliseq方法可扩增并对该病毒全基因组测序，但一些区域扩增效果不佳。我们仍在分析确定这些扩增效果不佳的区域是否伴随测序准确性的降低。尽管该方法相关性非常高并且可以在野外轻松实现，我们的研究初步表明，当CT值大于30，病毒载量过低会导致病毒基因扩增失败。目前，课题组正与王颂基研究员团队合作，将该方法应用于SARS-CoV2及来自广东地区蝙蝠样本的SARS样病毒研究。此外，我们正在研发适用于整个冠状病毒科的富集方法。该方法具有高灵敏度，能够探测到非常低病毒载量，发现并对基因多样性极大的各类冠状病毒进行测序。
2.评估HPV基因组整合到人类基因组可否用于作为宫颈癌预后标志物，预示肿瘤性病变发展至恶性肿瘤。首先，我们研发出用于第三代基因测序的HPV基因组富集方法。通过HeLa细胞的初步研究表明该富集方法非常有效。我们的研究数据证明HPV18基因组整合入8号染色体，同时E2基因表现出部分缺失以及E5与L2完全缺失。以上初步数据表明该结合富集与纳米孔技术的实验方法可鉴定出人类基因组内HPV基因整合位点。然而，这些数据也表明我们仍需改进目标序列捕获用时以及捕获特异性。


奖励荣誉 2009 法国国家医学科学院 Elisabeth TAUB Price

实验室介绍 本课题组主要研究方向是结合高通量测序技术与生物信息学技术，从分子层面对病原微生物进行分析鉴定。高通量测序技术一次可对多达几百万条DNA分子进行序列测定，我们通过使用多种测序技术对细菌的16S、18S及全基因测序展开宏转录组学及宏分类组学研究，特别是从肠道微生物菌群中分离出的厌氧菌，以及进一步鉴定肠道病毒。重点关注方面如下：
1.研究新型病毒及其宿主，如SARS-CoV2。
2.寻找宫颈癌预后标志物、建模预测该癌症中肿瘤性病变发展至恶性肿瘤的风险。
3.开发一套结合多种技术的方法进行病毒分子生物学鉴定，尤其是噬菌体，进一步理解结直肠癌产生过程中病毒、微生物菌群及其宿主的相互作用。


实验室成员(Lab member)
研究助理：田雅雯
特别研究助理：Alix Augusto ARMERO VILLANUEVA
博士后：MeriemFASSATOUI
联合培养博士后：Kathrina Mae BIENES（广州市妇幼保健院）
在读研究生：应佳栩（硕博生）、毛龄婧（硕博生）、Victor OMONDI（硕士）

毕业研究生(Graduate student)
暂无
招生信息(admission information)
欢迎具有病毒学、分子生物学等学科背景的优秀学生加入本团队攻读硕士和博士研究生。