郝沛 研究员 | 博士生导师

学科 生物信息

课题组 公共技术服务平台-病原发现与大数据中心




电话 +86
邮箱 phao@ips.ac.cn
地址 上海市岳阳路320号生命科学实验楼B405

研究方向
病原大数据





个人简介 1993.9-1997.7 上海交通大学 本科 电子工程
2004.1-2008.12 复旦大学 博士 生物信息学
1997.7-2003.12中科院上海分院网络信息中心 软件工程师
2004.1-2012.1中科院上海生命科学院系统生物学重点实验室 副研究员
2012.2-至今 中国科学院上海巴斯德研究所 研究员


学术兼职

发表论文和专利 1.Xu X, Chen P, Wang J, Feng J, Zhou H, Li X, Zhong W, Hao P. Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission. Sci China Life Sci. 2020 Mar;63(3):457-460. doi: 10.1007/s11427-020-1637-5.
2.Zhang N, Jing X, Liu Y, Chen M, Zhu X, Jiang J, Wang H, Li X*, Hao P*. Interfering with retrotransposition by two types of CRISPR effectors: Cas12a and Cas13a. Cell Discov. 2020 May 19;6:30. doi: 10.1038/s41421-020-0164-0. eCollection 2020.PMID: **.
3.Yu Y, Zhou H, Kong Y, Pan B, Chen L, Wang H, Hao P*, Li X*.The Landscape of A-to-I RNA Editome Is Shaped by Both Positive and Purifying Selection. PLoS Genet. 2016 Jul 28;12(7):e**.
4.Kong Y, Zhou H, Yu Y, Chen L, Hao P*, Li X*. The evolutionary landscape of intergenic trans-splicing events in insects. Nat Commun. 2015 Nov 2;6:8734.
5.Zhao QY, Wang Y, Kong YM, Luo D, Li X*, Hao P*. Optimizing de novo transcriptome assembly from short-read RNA-Seq data: a comparative study. BMC Bioinformatics 2011;12 Suppl 14:S2.
6.Chinese SARS Molecular Epidemiology Consortium. Molecular evolution of the SARS coronavirus during the course of the SARS epidemic in China. Science 2004;303(5664):1666-9. (Co-first)
Feng Q*, Zhang Y*, Hao P*, etc al. Sequence and analysis of rice chromosome 4. Nature 2002; 420(6913):316-20. (*Co-first)


科研进展和成果 目前我们组研究重点是病原大数据。新冠疫情自2019年12月武汉首发以来，全球蔓延，严重威胁人类健康并对世界经济发展带来严峻考验。反思此次疫情，尽管病例初期症状隐蔽，但与人类息息相关的环境中早有行迹可循，比如污水、垃圾、农贸市场以及家禽和家畜的养殖场等。对这些环境进行定期取样监控，有利于及早发现病原并及时防控。希望通过聚焦城市人口高密度聚集的环境，构建城市环境基因组大数据平台，建立病毒鉴定、分析、预警大数据平台，对病毒潜在存在模式、对病原体感染、传染和致病机制等进行深入研究，构建潜在高风险病毒监测及预警大数据系统，争取对城市环境基因组进行同步监测，协助新发突发传染病和输入性传染病风险预警以及对重大慢性传染性病原进行风险评估。


奖励荣誉

实验室介绍 实验室主要研究方向是阐明天然免疫受体信号的转导与调节机制，特别是天然免疫信号调节免疫耐受和免疫激活，整合病原体信息和区域免疫特征介导T细胞亚群分化的机制。

实验室成员(Lab member)
助理研究员：宋诗阳
硕士研究生：李锐
博士研究生：刘凯
硕博连读研究生：欧亮，徐心恬，莫欧阳
毕业研究生(Graduate student)
序号
姓名
学位
毕业时间
专业
毕业去向


























































招生信息(admission information)
欢迎想从事病原大数据研究的优秀学生加入本团队攻读硕士和博士研究生。