原上海医科大学早在1958年就开始针灸原理研究，1964年起率先开展针刺麻醉机理研究，1975年起成立独立建制的针刺原理研究室。1985年正式命名为针刺原理研究所，设有神经生理、神经药理、神经形态、神经生化、临床生理、计算机技术等实验室，后来又增加神经免疫及分子生物学等实验室。该研究所是开展中西医结合基础（针刺原理研究）的专职单位，是我国第一批中西医结合基础学科硕士点和博士点（1981年起设立），1989年被评为国家重点学科。1994年起经人事部批准又设立中西医结合博士后流动站。该研究所还是世界卫生组织（WHO）与卫生部共同任命的WHO传统医学合作中心（1983年起设立），成为我国传统医学走向世界的一个有影响的窗口。1986年中国针灸学会针刺麻醉分会成立，上医大针刺原理研究所一直为该会的挂靠单位。
随着世界上神经科学这一新学科的兴起，上海医科大学早在1982年起在国内率先开设神经生物学课程，出版神经生物学讲义，为研究生和高年级本科生开课。1985年起在针刺原理研究所的基础上成立神经生物教研室，先后出版神经生物学教材（1990、1999），开设研究生课程（包括实验课）、本科生必修课和选修课。
实践证明，针刺原理研究的科研工作，不仅促进了中西医结合基础学科建设的蓬勃发展，也促进了我国神经生物学的科研和教学的发展。1992年上海医科大学在此基础上联合全校从事神经科学研究的力量，经国家计委、卫生部等批准，建立医学神经生物学国家重点实验室。该重点实验室以针刺原理研究作为主要研究方向之一，为针刺原理研究提供坚实的研究基地保证。针刺原理研究所、神经生物教研室则为该重点实验室提供坚强的研究力量。两者密切联系，共同为发展有鲜明中国特色的神经科学研究事业做出贡献。
2000年进入新世纪以后，复旦大学与上海医科大学合并，成立新的复旦大学，随后建立上海医学院。医学院成立后于2002年3月设立中西医结合系。中西医结合基础学科（针刺原理研究所）于2002年再次被评为国家重点学科。