复旦大学上海医学院法医学系是全国具有较强教学、科研、鉴定实力的单位之一，前身为上海医科大学法医学教研室。根据两部两院颁发的关于加强法医学高等教育文件的精神，我校自1984年9月起招收法医学专业本科生和研究生，培养法医学专业人才。2002年组建法医学系，下设法医病理学、临床法医学、法医物证学、法医毒物分析、法医毒理学等教学组。现有教职员工16人，其中教授1人，副教授3人，讲师2人，助教2人，副主任技师2人，主管技师3人。现任系主任为赵子琴教授。经过多年的发展，我系已成为国内法医学教学、科研、鉴定中心之一。
法医学系除承担法医学专业的各项专业课程和法医学硕士的教学任务外，还承担临床医学专业（五年制和七年制）的法医学课程，并开设了各类法医学选修课。多年来培养了大批法医学本科生、硕士生。教师的科学研究方向主要有损伤与死亡时间推断、过敏性休克、猝死综合征、脑损伤的研究、毛发中毒品的检测等。
法医学系下属有法医学鉴定中心(上海市司法局登记注册)，同时又是上海市公安局道路交通事故鉴定中心之一，每年承接大量的尸体检验、活体损伤鉴定、伤残程度评定、亲子鉴定和毒物检测，为社会主义法制建设和维护社会稳定作出了较大的贡献。
法医学系目前正大力推进法医学学科的建设，巩固和扩大现有的研究成果，充实和完善学科研究手段，努力形成法医病理、法医临床、法医物证和法医毒化基础理论研究和实际应用研究的学术特色。同时与国内外相关单位进行交流合作，扩大影响。