复旦大学药学院的前身是成立于1936年的国立上海医学院药学专修科（简称上医药科）。同年开始招生,教室是由上海爱国实业家、五洲药房经理项松茂向上海新药业界人士等筹资建造的药学教育楼—— 松德堂（现枫林校区东7号楼）。朱恒璧、张昌绍和张毅曾先后任药科主任。抗战时期，药科随学校内迁去昆明，后又去了重庆歌乐山。1945年，抗战结束随学校回迁上海，医学院院长朱恒璧兼任药科主任至1949年9月。

1950年5月，中法大学药科并入上海医学院药科。1952年1月，为适应教学、科研工作的需要，药学专修科改名为药学院，是全国医学院中首先建立的药学院，张辅忠为首任药学院院长。9月，浙江大学理学院药学系并入上海医学院药学院。1955年，浙江医学院药学系部分师生并入上海第一医学院药学院。同年，根据教育部对学校设置规模须设有3个专业的规定，上海第一医学院药学院当时只设置一个药学专业，故改名为上海第一医学院药学系。

1986年3月10日，上海第一医学院药学系改名为上海医科大学药学院。2000年4月27日，上海医科大学与复旦大学合并，上海医科大学药学院更名为复旦大学药学院。