近年来，公共卫生学院围绕保障人群健康，控制重大疾病的目标和需求，在长期的科研与教学活动中，形成了“重大疾病的流行规律与控制”、“环境医学与卫生毒理学”、“人口健康与健康行为学”、“社区医学与卫生服务”、“卫生政策与管理”5个主要研究方向。
“重大疾病的流行规律与控制”研究方向在重大疾病和突发疾病的控制技术、恶性肿瘤等疾病的病因学研究、生物标记物在疾病防治中的作用、遗传因素在肝癌等肿瘤发生中的作用等研究领域达到国际前沿水平。如徐志一教授主持的“规范化甲肝减毒活疫苗保护效果及免疫策略研究”成果获2002年国家科技进步二等奖。同时，在新现和再现传染病的研究方面，新一代的研究人员开展了多项国际合作研究，在艾滋病和结核病的研究方面取得了瞩目的成果。
“环境医学与卫生毒理学”研究方向，近年在大气污染与健康关系危险度评定、水藻类毒素的毒性与污染控制、苯与白血病的关系、环境镉污染与健康关系、遗传背景与重要工业毒物对健康影响的交互作用等方面获得多渠道经费(如国家“863”、“973”、国际合作等)的支持，开展了深入的研究。俞顺章教授主持的“主要淡水藻类(蓝藻)毒素危害健康机理及预防对策研究”获2002年上海市科技进步一等奖。
“人口健康与健康行为学”研究方向紧密接轨国际健康问题的研究，主持和承担多项国际合作项目和国家妇幼卫生项目。例如：循证产时保健研究（DFID资助）、青少年生殖健康研究（WHO资助）、流动人口生殖健康研究（UNFPA资助）、妇幼卫生适宜技术评估（卫生部资助）、性行为、性网络以及性传染病研究（美国NIH资助）、亚洲国家孕产保健决策的比较研究（欧盟资助）等。在国内高校首次开设循证卫生保健导论、艾滋病健康社会科学和同性恋健康社会科学研究生课程，受到一致好评；青少年生殖健康相关研究成果已列为世界卫生组织出版物；循证妇幼保健相关研究成果已被国内外同行认可并多次引用。本学科的生殖健康培训项目今年又获美国NIH资助，计划发展成为国际培训项目。
“社区医学与卫生服务”研究方向在形成疾病预防控制体系、社区卫生服务等领域取得了比较好的研究成果。由美国中华医学基金资助项目“慢性病自我管理”被世界卫生组织采纳为良好疾病管理案例“example of best practices”向全球推广，主持研究的上海市医学重大课题“脑卒中社区防治优化方案”成果为上海市脑卒中社区防治提供了科学依据；在卫生服务研究方面，农村医疗保障、卫生服务公平性研究等成果已成为政府决策的重要依据。
“卫生管理与政策”研究方向在政策和管理理论体系及研究方法，社会重大卫生问题政策研究(包括医疗费用和成本控制、医药体制和药品市场规范、区域卫生规划、基本医疗等)，医疗保障制度，医疗卫生服务体系改革，卫生资源筹集、分配和利用，卫生机构、人员、设备和技术准入，社会医学，社区卫生服务，初级卫生保健等领域进行了长期而深入的研究，研究的深度和广度、研究成果被采纳的数量和程度，以及研究对国内重大卫生政策的影响等都处于国内领先地位。
进入21世纪，我院的学科的发展迈入了新的阶段。其中，社会医学与卫生事业管理为全国重点学科；流行病学与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学两个学科进入复旦大学“985工程”一期重点学科建设；在“十五”、“211工程”建设中，筹建了“教育部公共卫生安全重点实验室”，2003年11月被批准为教育部立项建设的重点实验室；2004年卫生部批准成立“卫生部卫生技术评估重点实验室”。2004年教育部高等学校与科研院所学位与研究生教育评估所对全国各学位授予单位的一级学科的整体水平进行排名，复旦大学名列全国公共卫生与预防医学一级学科的榜首，公共管理(含社会医学与卫生事业管理)列全国一级学科排名第二。公共卫生学院学科的综合实力和特色优势获得进一步发展。
以国家重大公共卫生问题作为研究重点，在农药的毒性、重金属对健康的影响、血吸虫病的控制、肝炎流行病学、肝癌的病因研究、结核病的流行病学研究、SARS与流感控制研究方面都取得了瞩目的成果，在国家和地区的疾病预防和控制过程中发挥了积极和重要的作用。如2002年2月本学科的李子华、居丽雯两位专家应卫生部邀请，参加在广东的“非典”调查。俞顺章、姜庆五作为上海市“非典”控制专家组的成员，为上海市的SARS控制做出了一定贡献，受到上海市政府的表彰。
科研实力不断提升，国际合作发展迅速。自2001年以后获得的科研经费共计4486.9万元，承担“973”课题l项，主持“863”子课题l项；共同主持自然科学基金重点课题1项，自然科学基金课题12项；主持上海市重大课题l项；国际合作课题29项，在核心期刊上发表论文157篇，SCI收录论文49篇，EI收录论文15篇，出版专著34本。综合预防医学各学科优势的教育部公共卫生安全重点实验室已经在2004年6月通过立项检查。