生理与病理生理学系是在复旦大学上海医学院建立后，由原来的生理教研室和病理生理学教研室合并组建的。最近再次入选国家重点学科，是国家最早的博士点之一。现含生理学和病理生理学两个专业。根据学科的发展和培养人才的需要，目前开设的主要课程有：生理学、人体解剖生理学、高级生理学、病理生理学和临床病理生理学。现有教职工33人，其中教授5人（含博导4人，硕导1人）、副教授6人（含硕导2人）、副主任技师1人，并有教育部跨世纪优秀人才培养计划入选者1人，复旦大学世纪之星入选者1人。目前在读博士生、硕士生共有三十余人。
近二年来主编卫生部规划教材生理学、七年制生理学、人体解剖生理学、病理生理学和临床病理生理学，以及人体生理学、全国自学考生理学等教材和著作近10部。
目前在研项目经费近200余万元。研究已取得一系列创新性成果，2000年获中国高校科学技术进步奖二等奖1项，2001年申请发明专利3项，通过成果鉴定一项，近5年内发表研究论文150余篇。
研究方向有心肌重构机制的研究、天然植物有效成分对心血管系统的作用机制、心血管活动的中枢调节机制、血管新生的调控与疾病等。研究领域瞄准前沿科技动态，涉及到至今尚未解决的一系列基础理论问题，且着眼于重大疾病的基础研究，与目前危害我国人民健康的一些重大疾病密切相关。
我系在211工程2期中，与临床（心内科、肾内科）合作申请的“心、肾重大疾病的发病机制和干预途径”，已获得1,800万资助。