复旦大学上海医学院免疫学系（原上海医科大学免疫学教研室）成立于1987年，由病理生理学和微生物学教研室的部分骨干教职人员组成。在免疫学前辈林飞卿教授、何球藻教授的带领下，全体教职人员经过十多年的辛勤耕耘，已形成一支具有丰富教学经验及创新科学研究的学术梯队。现任免疫学教研室主任为熊思东教授，有在职教师11名，其中正教授1名，副教授3名，讲师2名，专业技术及教辅人员5名，免疫学客座教授3名，已编写研究生、本科生、进修生教材8本。承担了学校各层次（博士生、硕士生、本科生、继续教育），各专业（基础医学、临床医学、药学、预防医学、护理、高职）的教学，每年授课学生数逾1000人次。在教学上形成了严谨、有序的特点，即以教学经验丰富、学识渊博的正副教授为理论课授课教师，教学中注意启发式教学；同时将实验课与理论课有机的融合在一起，给予学生更多的动手机会；开设以拓宽知识面、介绍免疫学最新进展为特色的本科生选修课及成人继续教育。在科研上的研究方向主要围绕着分子免疫学、肿瘤与移植免疫学、自身免疫病研究。有熊思东教授课题组新型疫苗的分子设计，趋化蛋白在某些重大疾病发病中的作用；何球藻教授课题组器官移植耐受的研究，HER2/neu原癌基因DNA疫苗的研究；吴厚生教授课题组系统性红斑狼疮的启动原研究。获国家自然科学基金面上项目10余项，重点项目2项，国家“863”项目1项，卫生部基金4项，上海市科委项目8项及其它基金资助10余项。曾荣获全国科技重大成果奖，卫生部科技成果甲等奖，卫生部和上海市科技进步三等奖。已培养博士生、硕士生42名，在读博士生7名，硕士生11名，每年计划招生博士生2－3名，硕士生4－5名。