大花君子兰叶绿体基因组及其特征

郑 祎1，张 卉1，王钦美1,*，高 悦1，张志宏2，孙玉新3

1沈阳农业大学林学院，辽宁省林木遗传育种与培育重点实验室，沈阳 110866；2沈阳农业大学园艺学院，沈阳 110866；3朝阳县林业和草原局，辽宁朝阳 122000

出版日期:2020-12-25发布日期:2021-01-06


基金资助:中国博士后科学基金项目（2015M571330）；国家自然科学基金项目（31600546）；林木遗传育种国家重点实验室开放基金项目（K2019202）

Complete Chloroplast Genome Sequence of Clivia miniata and Its Characteristics

ZHENG Yi1，ZHANG Hui1，WANG Qinmei1,*，GAO Yue1，ZHANG Zhihong2，and SUN Yuxin3

1Key Laboratory of Forest Tree Genetics，Breeding and Cultivation of Liaoning Province，College of Forestry，Shenyang Agricultural University，Shenyang 110866，China；2College of Horticulture，Shenyang Agricultural University，Shenyang 110866，China；3Chaoyang Forestry and Grassland Bureau，Chaoyang，Liaoning 122000，China

Online:2020-12-25Published:2021-01-06

摘要/Abstract

摘要： 采用Illumina MiSeq测序平台对大花君子兰（Clivia miniata）叶片总DNA进行测序，通过组装获得了其叶绿体基因组（cpDNA）全长序列（158 114 bp）。对其cpDNA注释得到135个基因，包含87个蛋白编码基因、40个tRNA基因和8个rRNA基因。采用生物信息学方法对获得的cpDNA进行简单序列重复（SSR）分析和密码子偏好性分析。结果显示：①大花君子兰cpDNA中共有61个SSR位点，其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复数分别为38、9、2、8、3和1个，多数SSR分布在基因间隔区；②大花君子兰cpDNA密码子偏爱以A或U（T）结尾，亮氨酸使用频率最高，半胱氨酸使用频率最低。基于24种植物的cpDNA全长和23种植物的叶绿体ycf2基因序列进行系统发育分析，结果显示大花君子兰与石蒜科植物在同一分支，显示最近的亲缘关系，支持大花君子兰属于石蒜科。基于叶绿体ycf2的系统发育分析结果与基于cpDNA全长的系统发育分析研究结果大部分相同，支持ycf2基因可以代替cpDNA全长用于植物系统发育分析。
中图分类号:
S 682.1+3

引用本文

郑 祎, 张 卉, 王钦美, 高 悦, 张志宏, 孙玉新. 大花君子兰叶绿体基因组及其特征[J]. 园艺学报, 2020, 47(12): 2439-2450.
ZHENG Yi, ZHANG Hui, WANG Qinmei, GAO Yue, ZHANG Zhihong, and SUN Yuxin. Complete Chloroplast Genome Sequence of Clivia miniata and Its Characteristics[J]. Acta Horticulturae Sinica, 2020, 47(12): 2439-2450.





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