辣椒属GRF基因家族全基因组鉴定和表达分析

赵慧霞1，李凤霞2，郭 瑞1，陈禅友1,*

1江汉大学生命科学院，武汉 430056；2中国农业科学院烟草研究所，山东青岛 266000

出版日期:2020-11-25发布日期:2020-12-07


基金资助:湖北省技术创新专项重大项目（2017ABA147）；江汉大学学科特色方向协同创新团队项目

Genome-wide Characterization and Expression Analysis of GRF Gene Family in Capsicum

ZHAO Huixia1，LI Fengxia2，GUO Rui1，and CHEN Chanyou1,*

1School of Life Science，Jianghan University，Wuhan 430056，China；2Tobacco Research Institute，Chinese Academy of Agricultural Sciences，Qingdao，Shandong 266000，China

Online:2020-11-25Published:2020-12-07

摘要/Abstract

摘要： 生长调节因子（Growth-regulating factor，GRF）是一类植物特异的转录因子，其作用涉及植物的生长发育、胁迫和激素信号响应等各个方面。目前还没有关于辣椒GRF的相关报道。利用BLASTP和隐马科夫模型（HMM）在辣椒属（Capsicum）5个参考基因组数据库鉴定了52个GRF家族成员。通过分析发现辣椒GRF转录因子长度为200 ~ 745 aa，分子量23 ~ 81 kD，理论等电点5.9 ~ 9.5。保守结构域和基序分析发现，大多数辣椒GRF N端具有QLQ和WRC保守结构域，C端至少具有FFD、TQL和GGPL结构域之一；少数GRF N端仅具有WRC结构域，C端缺乏保守序列。系统进化分析发现，辣椒GRF转录因子分为5个群，位于同一群的GRF保守结构域位置、基序组成、基因结构相似，辣椒GRF与番茄GRF具有一一对应的进化关系。转录组数据分析表明，CaGRF8在辣椒果实发育早中期表达量高，CaGRF4在果实发育后期表达量较高；低温、干旱、盐和赤霉素处理后辣椒幼苗CaGRF表达量发生明显变化，CaGRF8受到赤霉素诱导表达量升高，而CaGRF4的表达被赤霉素抑制。
中图分类号:
S 641.3

引用本文

赵慧霞, 李凤霞, 郭 瑞, 陈禅友, . 辣椒属GRF基因家族全基因组鉴定和表达分析[J]. 园艺学报, 2020, 47(11): 2145-2160.
ZHAO Huixia, LI Fengxia, GUO Rui, and CHEN Chanyou, . Genome-wide Characterization and Expression Analysis of GRF Gene Family in Capsicum[J]. Acta Horticulturae Sinica, 2020, 47(11): 2145-2160.





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