苹果属植物种质多样性的SLAF-seq分析
高 源，王大江，王 昆*，丛佩华*，李连文，朴继成中国农业科学院果树研究所，农业部园艺作物种质资源利用重点实验室，辽宁兴城 125100
出版日期:2020-10-25发布日期:2020-11-10基金资助:国家自然科学基金项目（318018208）；中国农业科学院创新工程项目（CAAS-ASTIP-2018-RIP-02）Analysis of Genetic Diversity of Apple Germplasms of Malus Using SLAF-seq Technology
GAO Yuan，WANG Dajiang，WANG Kun*，CONG Peihua*，LI Lianwen，and PIAO JichengResearch Institute of Pomology，Chinese Academy of Agricultural Sciences，Key Laboratory of Biology and Genetic Improvement of Horticultural Crops Germplasm Resources Utilization，Ministry of Agriculture，Xingcheng，Liaoning 125100，China
Online:2020-10-25Published:2020-11-10摘要/Abstract
摘要： 利用简化基因组测序技术—特异性位点扩增片段测序技术（Specific-locus amplified fragment sequencing，SLAF-seq）对509份苹果属植物种质进行测序，获得586 454个SLAF标签，其中多态性SLAF标签463 612个；经过序列比对，根据完整度 > 0.94、次要等位基因频率（MAF）> 0.05，过滤筛选得到46 460个多态性单核苷酸（SNP）位点；基于这些SNP位点构建苹果属植物不同种的系统发生树并分析主成分。结果表明，通过SLAF-seq技术能够在全基因组范围内快速开发高通量的SNP标记，并直接用于苹果属植物种质资源遗传多样性研究中。34种509份苹果属植物的多样性水平较高（He = 0.318，I = 0.488，Ae = 1.520），在多于1份试材的种群中，变叶海棠的遗传多样性水平最高，中国苹果的遗传多样性水平最低。综合聚类分析和主成分分析结果表明，供试苹果属植物分为5个基本的类群，Ⅰ山荆子类群，Ⅱ苹果属植物野生种类群，Ⅲ苹果栽培品种类群，Ⅳ以中国苹果、八棱海棠、花红、楸子和海棠花为主的类群，Ⅴ新疆野苹果类群。野生种丽江山荆子、山楂海棠、陇东海棠、变叶海棠、花叶海棠、滇池海棠和沧江海棠聚类比较紧密，栽培种之间的亲缘关系相对较近，栽培品种与东方苹果和森林苹果等野生种聚在一起，新疆野苹果与中国原产苹果属栽培种的亲缘与起源演化关系有待于进一步考究。
中图分类号:
S 661.1
引用本文
高 源, 王大江, 王 昆, 丛佩华, 李连文, 朴继成. 苹果属植物种质多样性的SLAF-seq分析[J]. 园艺学报, 2020, 47(10): 1869-1882.
GAO Yuan, WANG Dajiang, WANG Kun, CONG Peihua, LI Lianwen, and PIAO Jicheng. Analysis of Genetic Diversity of Apple Germplasms of Malus Using SLAF-seq Technology[J]. Acta Horticulturae Sinica, 2020, 47(10): 1869-1882.
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