桂花LTR类反转录转座子RT序列的克隆及分析
王庆竹1,2，李慧平2，文晓鹏2，范付华1,3,*1贵州大学林学院，贵阳 550025；2贵州大学贵州省农业生物工程重点实验室，贵阳 550025；3贵州大学贵州省森林资源与环境研究中心，贵阳 550025
出版日期:2018-02-25发布日期:2018-02-25基金资助:贵州省联合基金项目（黔科合LH字［2017］7258）；贵州大学2017年度学术新苗培养及创新探索专项（黔科合平台人才［2017］5788）；贵州大学研究生创新基金项目（研农2017016）Cloning and Analysis of Reverse Transcriptase of LTR Retrotransposons in Osmanthus fragrans
WANG Qingzhu1,2，LI Huiping2，WEN Xiaopeng2，and FAN Fuhua1,3,*1College of Forestry，Guizhou University，Guiyang 550025，China；2Guizhou Key Laboratory of Agricultural Bioengineering，Guizhou University，Guiyang 550025，China；3Institute for Forestry Resources & Environment of Guizhou，Guizhou University，Guiyang 550025，China
Online:2018-02-25Published:2018-02-25摘要/Abstract
摘要： 克隆获得桂花Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶（reverse transcriptase，RT）序列，并对其序列变化特点进行分析，以期为桂花基因组进化和多样性研究提供依据。根据Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子RT保守区设计简并引物，以桂花叶片基因组DNA为模板，通过PCR扩增，分别得到260和430 bp左右的目标条带，经回收、克隆、测序及相关生物信息学软件进行序列分析后，获得49条Ty1-copia类反转录转座子RT序列和20条Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列。通过核苷酸聚类，Ty1-copia类反转录转座子RT序列分为4类。这些序列长度为255 ~ 271 bp，序列相似性为32.0% ~ 96.9%。翻译成氨基酸后，有2条序列出现移码突变，16条序列出现终止密码子突变。Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列也分为4类。序列长度为408 ~ 449 bp，相似性为54.7% ~ 98.8%。有8条序列发生移码突变，10条序列发生终止密码子突变。经反转录转座子RT氨基酸序列比对，桂花与梅花、李、枣等可能有共同的起源。桂花Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子RT序列具有高度异质性；系统进化树分析表明，桂花与不同物种间可能存在反转录转座子的横向传递。
中图分类号:
S 685.13
引用本文
王庆竹1,2，李慧平2，文晓鹏2，范付华1,3,*. 桂花LTR类反转录转座子RT序列的克隆及分析[J]. 园艺学报, 2018, 45(2): 309-320.
WANG Qingzhu1,2，LI Huiping2，WEN Xiaopeng2，and FAN Fuhua1,3,*. Cloning and Analysis of Reverse Transcriptase of LTR Retrotransposons in Osmanthus fragrans[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2018, 45(2): 309-320.
PDF全文下载地址:
http://www.ahs.ac.cn/CN/article/downloadArticleFile.do?attachType=PDF&id=6213
