基于ITS序列的中国樱桃、欧洲甜樱桃和毛樱桃种内遗传多样性及种间关系分析
王 浩?1,黄智林1,陈 涛2,张 静2,王 燕2,陈 清1,汤浩茹1,2,王小蓉1,2,*1四川农业大学园艺学院,成都 611130;2四川农业大学果蔬研究所,成都 611130
出版日期:
2018-01-25发布日期:
2018-01-25Genetic Diversity and Relationship Analysis Among Cerasus pseudocerasus,C. avium,and C. tomentosa Based on Internal Transcribed Spacer(ITS)Sequences
WANG Hao1,HUANG Zhilin1,CHEN Tao2,ZHANG Jing2,WANG Yan2,CHEN Qing1,TANG Haoru1,2,and WANG Xiaorong1,2,*1College of Horticulture,Sichuan Agricultural University,Chengdu 611130,China;2Institute of Pomology and Olericulture,Sichuan Agricultural University,Chengdu 611130,China
Online:
2018-01-25Published:
2018-01-25摘要/Abstract
摘要: 对中国樱桃[Cerasus pseudocerasus(Lindl.)G. Don](地方种质35份,野生资源35份),欧洲甜樱桃[C. avium(L.)Moench](18份)和毛樱桃[C. tomentosa(Thunb.)Wall.](7份)共95份材料的核糖体内转录间隔区(ITS,internal transcribed spacer)序列进行了测定和分析,以期从ITS的DNA序列变异角度揭示种内遗传多样性及种间遗传关系。结果表明:(1)96条ITS序列比对后长度为712 bp,G + C含量为58.1%,检测到71个变异位点(9.97%),共定义了37个单倍型;中国樱桃、欧洲甜樱桃和毛樱桃的单倍型多样性和核酸多样性分别为0.840和0.00466、0.928和0.00396、0.905和0.00564,中国樱桃中栽培种质遗传多样性明显低于其野生资源;(2)种间遗传关系显示,中国樱桃与欧洲甜樱桃之间的遗传距离较近(0.019),而与毛樱桃遗传距离较远(0.048);(3)邻接聚类和单倍型网络分析显示3个种分别聚为3个分支,种间具有较大的遗传分化。同时,选择3个种的代表单倍型进行其ITS序列的二级结构预测分析,3个种之间ITS1区、ITS2区的二级结构差异较大,最小自由能差异显著,进一步揭示了3个种间的遗传关系较远。综合分析认为,3个樱桃种内均具有较高的遗传多样性,种间具有较大的遗传分化,遗传关系较远,其中毛樱桃与中国樱桃和欧洲甜樱桃的遗传关系均较远。
引用本文
王 浩?1,黄智林1,陈 涛2,张 静2,王 燕2,陈 清1,汤浩茹1,2,王小蓉1,2,*. 基于ITS序列的中国樱桃、欧洲甜樱桃和毛樱桃种内遗传多样性及种间关系分析[J]. 园艺学报, 2018, 45(1): 126-138.
WANG Hao1,HUANG Zhilin1,CHEN Tao2,ZHANG Jing2,WANG Yan2,CHEN Qing1,TANG Haoru1,2,and WANG Xiaorong1,2,*. Genetic Diversity and Relationship Analysis Among Cerasus pseudocerasus,C. avium,and C. tomentosa Based on Internal Transcribed Spacer(ITS)Sequences[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2018, 45(1): 126-138.
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