陈非(ChenFei)
博士生导师，“百人计划”研究员
E-Mail：chenfei@big.ac.cn
研究领域：生物化学与分子生物学基因组学
导师简介：学习经历：
1992年9月-1996年6月四川大学微生物学专业学士1997年9月-2000年6月吉林大学高分子化学专业硕士2000年9月-2003年12月吉林大学生物化学与分子生物学专业博士
工作经历：
2001年7月-2003年12月吉林大学生命科学院分子酶学工程教育部重点实验室助教
2003年12月-2005年7月吉林大学生命科学院分子酶学工程教育部重点实验室讲师
2005年7月-2006年6月美国佛罗里达大学化学系生物化学分部博士后
2006年6月-2012年4月美国应用分子进化基金研究会(FfAME)研究员、高级研究员
2011年11月-至今中国科学院北京基因组研究所研究员
学术兼职：
获奖及荣誉：
核酸生物化学、化学合成生物学
近期主要学术成果：
1.DaiL,XuC,TianM,SangJ,ZouD,LiA,LiuG,ChenF,WuJ,XiaoJ,WangX,YuJ,ZhangZ.Communityintelligenceinknowledgecuration:anapplicationtomanagingscientificnomenclature.(2013)PLoSOne.8(2):e56961.
2.ChenF,DongM,GeM,ZhuL,RenL,LiuG,MuR.Thehistoryandadvancesofreversibleterminatorsusedinnewgenerationsofsequencingtechnology.(2013)GenomicsProteomicsBioinformatics.11(1):34-40.
3.YangZY,DuranteM,Glushakova1LG,Sharma1N,LealLA,BradleyKM,ChenF,BennerSA.ANovelConversionStrategyusinganExpandedGeneticAlphabettoAssayNucleicAcids.(2013)AnalChem.Inpress.
4.KimHJ,ChenF,BennerSA.Synthesisandpropertiesof5-cyano-substitutednucleosideanalogwithadonor-donor-acceptorhydrogen-bondingpattern.(2012)JOrgChem.77(7):3664-9.
5.Yang,ZY.,Chen,F.*,Brian,JA.,Benner,SA.Amplification,Mutation,andSequencingofaSix-LetterSyntheticGeneticSystem.(2011)JAmChemSoc.133(38),15105-12.(*Co-FirstAuthor).
6.Chen,F.,YangZY,YanMC,BrianJA,WangGG,BennerSA.Recognitionofanexpandedgeneticalphabetbytype-IIrestrictionendonucleasesandtheirapplicationtoanalyzepolymerasefidelity.(2011)NucleicAcidRes.39(9),3949-61.
7.Chen,F.,Gaucher,E.A.,Leal,N.A.,Hutter,D.,Havemann,S.A.,Govindarajan,S.,Ortlund,E.A.,Benner,S.A.(2010)ReconstructedevolutionaryadaptivepathsgivepolymerasesacceptingreversibleterminatorsforsequencingandSNPdetection.Proc.Natl.Acad.Sci.USA.107,1948-1953.
8.Yang,Z.,Chen,F.,Chamberlin,S.G.,Benner,S.A.(2010)Expandedgeneticalphabetsinthepolymerasechainreaction.Angew.Chem.Int.Edit49,177-180.(IF=12.730,2010)(“Facultyof1000Biology”Selection).
9.Hoshika,S.,Chen,F.,Leal,N.,Benner,S.A.(2010)Artificialgeneticsystems.Self-avoidingDNAinPCRandmultiplexedPCR.Angew.Chem.Int.Edit49,5554-5557(IF=12.730,2010)(“Hotpaper”Selection).
10.Benner,S.A.,Chen,F.,Yang,Z.Y.(2011)SyntheticBiology,TinkeringBiology,andArtificialBiology:APerspectivefromChemistry.pp.69-106.InLuisi,P.L.,ed.ChemicalSyntheticBiology,CambridgeUniversitypp.69-106.
11.Hutter,D.,Kim,M.J.,Karalkar,N.,Leal,N.,Chen,F.,Guggenheim,E.,Visalakski,V.,Olejnik,J.,Gordon,S.,Benner,S.A.(2010)Labelednucleosidetriphosphateswithreversiblyterminatingaminoalkoxylgroups.Nucleos.Nucleot.Nucl.Acids29,879-895.
12.Benner,S.A.,Yang,Z.,Chen,F.Syntheticbiology,tinkeringbiology,andartificialbiology.Whatarewelearning.(2010)ComptesRendus14,372-387.
13.Hoshika,S.,Chen,F.,Leal,NA.,Benner,SA.Self-AvoidingMolecularRecognitionSystems(SAMRS).(2008)NucleicAcidsSympSer(Oxf).52,129-30.
14.Benner,S.A.,Hoshika,S.,Sukeda,M.,Hutter,S.,Leal,N.,Yang,Z.Y.,Chen,F.(2008)Syntheticbiologyforimprovedpersonalizedmedicine.NucleicAcidsSymp.Ser.52,243-244.
15.Chen,F.,Li,Z.,Yang,S.,Wang,RJ.,Liu,B.,Song,YM.,Sun,YH.,Hao,DY.andWang,XP.InhibitionofAmpicillin-resistanceinbacteriabymodifiedDNAzymes.(2008)ChemRes.ChineseU.24(4),491-5.
16.Chen,F.,Wang,R.,Li,Z,Liu,B.,Wang,XP.,Sun,YH.,Hao,DY.,andZhang,J.AnovelreplicatingcircularDNAzyme.(2004)NucleicAcidRes,32(8),2336-2341.
17.StevenABenner,DanielHutter,NicoleALeal,FeiChen.Reagentsforreversiblyterminatingprimerextension.USPatent:20110275124(2011.11.10).
18.StevenABenner,ShuichiHoshika,FeiChen.Self-avoidingmolecularrecognitionsystemsinDNAamplification.PCT/USPatent:WO/2010/021702(2010.02.25).19.StevenABenner,FeiChen,ZunyiYang.PolymeraseIncorporationofNon-StandardNucleotides.PCT/USPatent:WO/2009/154733(2009.12.23).
1、国家自然科学基金委员会，一种可完全去疤的具有可逆末端终止测序功能的核苷酸类似物的研究，2013.01-2016.12，在研，项目负责人；
2、科技部传染病重大专项，基于二代测序技术和生物信息学的病原微生物综合分析平台，2013.01-2015.12，在研，子课题负责人；
3、中国科学院生命科学与生物技术领域重点部署项目，基于修饰核苷酸的耐药结核杆菌检测新技术研究，2013.01-2015.12，在研，项目负责人；
4、国家重点基础研究发展计划，细胞命运维持与转化的表观遗传调控作用与机制研究，2014.01-2018.08，在研，课题负责人；
5、北京大学天然药物及仿生药物国家重点实验室开放基金，新型抗HSV-2核苷类药物的合成及药理活性研究，2014.01-2015.12，在研，项目负责人；6、中科院科技创新“交叉与合作团队”，基于硅基光子集成芯片的生物靶标识别鉴定交叉研究团队，2013.01-2015.12，在研，学术骨干。
1、测序技术的研发：DNA测序技术是生命科学研究的最核心技术之一，其飞速发展，特别是二代高通量测序技术的出现及发展，使得基因组数据和生物学信息以爆炸性的速度井喷式的增长，这为科学研究提供了大量宝贵的原始数据，并正在生物学领域革命性的改变着我们的研究思想和方法论。二代高通量测序技术是现在主流的基因组测序技术，目前国内拥有数百台二代测序仪，测序试剂全部依赖进口，每年耗资数十亿元。陈非研究员具有多年二代测序试剂的研发经历，目前正在进行二代高通量测序仪illuminaSolexa以及Roch-454测序国产化替代试剂盒的研发。
2、基于新型功能核苷酸类似物的快速灵敏的疾病诊断及法医鉴定检验试剂盒的研发：核酸检测与传统检测方法相比，具有快速、准确率高、需要样品量少等优点。本研究运用SAMRS和AEGIS，两种经实验证实在进行多重PCR时表现优异的修饰核苷酸技术，并辅以由简到繁的三级基因扩增产物检测手段，通过多重PCR达成同时检测多个致病靶标基因的目的。由简到繁的三级检测方法，既可以满足对多重PCR扩增产物的快速、灵敏、准确检测，又可以根据需求逐级应用和推广，以满足不同的临床应用需求。这里尤需指出，将AEGIS引入巢式PCR的引物，不仅可以进行多重PCR，而且可以极大地提高基因扩增的灵敏性和特异性，减少脱靶现象的出现。我们目前正在进行的研发项目有：HIV耐药性基因型检测分析系统（与中国药品生物制品检定所合作），各种呼吸系统致病菌及其耐药基因检测试剂盒（与北京大学人民医院呼吸科、北京胸部肿瘤结核病医院合作），癌症早期筛查及术后复发监控分子诊断试剂盒（与利普康公司联合开发）。
3、新型核苷类抗病毒药物的研发。核苷类药物是临床上经常使用的一类抗病毒药物，它们一般是一种3’端被封闭的核苷酸类似物。其一旦在病毒DNA合成过程中被掺入，病毒DNA的合成随即终止，从而对病毒的生长起到竞争性地抑制作用。本课题组目前正在研发两类核苷类抗病毒药物：第一类是采用传统的设计理念，在核苷戊糖的3’端引人适当的封闭基团，达成竞争性的抑制病毒DNA的合成的目的；第二类则采用AEGIS的设计理念，在碱基上引人适当的修饰基团，达成竞争性的抑制病毒RNA的合成的目的。目前，本课题组已设计合成了十余种新型核苷类抗病毒药物，正在进行其抗HIV，HSV的研发（与吉林大学艾滋病疫苗国家工程实验室合成研发）。
4、基于RNA修饰的表观基因组学研究：目前已知的RNA修饰超过100种，除了研究比较多的甲基化和羟甲基化外，绝大多数RNA修饰的生物学功能尚不是很清楚。（大量的文献报道表明，在生物体的生命周期中，绝大多数基因组DNA（可高达80-90%）会被转录为前体RNA（其中包含大量的非编码RNA），而最终只有极少数经编辑剪切后成为mRNA（<10%）。本课题组将从核酸化学的角度，以探索测序新技术为着力点，力图在全基因组、转录组、代谢组的水平上来研究这些RNA修饰对生命现象的影响。
生物学与化学相关专业
工作经历：
2001年7月-2003年12月吉林大学生命科学院分子酶学工程教育部重点实验室助教
2003年12月-2005年7月吉林大学生命科学院分子酶学工程教育部重点实验室讲师
2005年7月-2006年6月美国佛罗里达大学化学系生物化学分部博士后
2006年6月-2012年4月美国应用分子进化基金研究会(FfAME)研究员、高级研究员
2011年11月-至今中国科学院北京基因组研究所研究员
主要研究领域：
核酸生物化学、化学合成生物学
承担科研项目情况：
1、国家自然科学基金委员会，一种可完全去疤的具有可逆末端终止测序功能的核苷酸类似物的研究，2013.01-2016.12，在研，项目负责人；
2、科技部传染病重大专项，基于二代测序技术和生物信息学的病原微生物综合分析平台，2013.01-2015.12，在研，子课题负责人；
3、中国科学院生命科学与生物技术领域重点部署项目，基于修饰核苷酸的耐药结核杆菌检测新技术研究，2013.01-2015.12，在研，项目负责人；
4、国家重点基础研究发展计划，细胞命运维持与转化的表观遗传调控作用与机制研究，2014.01-2018.08，在研，课题负责人；
5、北京大学天然药物及仿生药物国家重点实验室开放基金，新型抗HSV-2核苷类药物的合成及药理活性研究，2014.01-2015.12，在研，项目负责人；6、中科院科技创新“交叉与合作团队”，基于硅基光子集成芯片的生物靶标识别鉴定交叉研究团队，2013.01-2015.12，在研，学术骨干。
代表论著：
1.DaiL,XuC,TianM,SangJ,ZouD,LiA,LiuG,ChenF,WuJ,XiaoJ,WangX,YuJ,ZhangZ.Communityintelligenceinknowledgecuration:anapplicationtomanagingscientificnomenclature.(2013)PLoSOne.8(2):e56961.
2.ChenF,DongM,GeM,ZhuL,RenL,LiuG,MuR.Thehistoryandadvancesofreversibleterminatorsusedinnewgenerationsofsequencingtechnology.(2013)GenomicsProteomicsBioinformatics.11(1):34-40.
3.YangZY,DuranteM,Glushakova1LG,Sharma1N,LealLA,BradleyKM,ChenF,BennerSA.ANovelConversionStrategyusinganExpandedGeneticAlphabettoAssayNucleicAcids.(2013)AnalChem.Inpress.
4.KimHJ,ChenF,BennerSA.Synthesisandpropertiesof5-cyano-substitutednucleosideanalogwithadonor-donor-acceptorhydrogen-bondingpattern.(2012)JOrgChem.77(7):3664-9.
5.Yang,ZY.,Chen,F.*,Brian,JA.,Benner,SA.Amplification,Mutation,andSequencingofaSix-LetterSyntheticGeneticSystem.(2011)JAmChemSoc.133(38),15105-12.(*Co-FirstAuthor).
6.Chen,F.,YangZY,YanMC,BrianJA,WangGG,BennerSA.Recognitionofanexpandedgeneticalphabetbytype-IIrestrictionendonucleasesandtheirapplicationtoanalyzepolymerasefidelity.(2011)NucleicAcidRes.39(9),3949-61.
7.Chen,F.,Gaucher,E.A.,Leal,N.A.,Hutter,D.,Havemann,S.A.,Govindarajan,S.,Ortlund,E.A.,Benner,S.A.(2010)ReconstructedevolutionaryadaptivepathsgivepolymerasesacceptingreversibleterminatorsforsequencingandSNPdetection.Proc.Natl.Acad.Sci.USA.107,1948-1953.
8.Yang,Z.,Chen,F.,Chamberlin,S.G.,Benner,S.A.(2010)Expandedgeneticalphabetsinthepolymerasechainreaction.Angew.Chem.Int.Edit49,177-180.(IF=12.730,2010)(“Facultyof1000Biology”Selection).
9.Hoshika,S.,Chen,F.,Leal,N.,Benner,S.A.(2010)Artificialgeneticsystems.Self-avoidingDNAinPCRandmultiplexedPCR.Angew.Chem.Int.Edit49,5554-5557(IF=12.730,2010)(“Hotpaper”Selection).
10.Benner,S.A.,Chen,F.,Yang,Z.Y.(2011)SyntheticBiology,TinkeringBiology,andArtificialBiology:APerspectivefromChemistry.pp.69-106.InLuisi,P.L.,ed.ChemicalSyntheticBiology,CambridgeUniversitypp.69-106.
11.Hutter,D.,Kim,M.J.,Karalkar,N.,Leal,N.,Chen,F.,Guggenheim,E.,Visalakski,V.,Olejnik,J.,Gordon,S.,Benner,S.A.(2010)Labelednucleosidetriphosphateswithreversiblyterminatingaminoalkoxylgroups.Nucleos.Nucleot.Nucl.Acids29,879-895.
12.Benner,S.A.,Yang,Z.,Chen,F.Syntheticbiology,tinkeringbiology,andartificialbiology.Whatarewelearning.(2010)ComptesRendus14,372-387.
13.Hoshika,S.,Chen,F.,Leal,NA.,Benner,SA.Self-AvoidingMolecularRecognitionSystems(SAMRS).(2008)NucleicAcidsSympSer(Oxf).52,129-30.
14.Benner,S.A.,Hoshika,S.,Sukeda,M.,Hutter,S.,Leal,N.,Yang,Z.Y.,Chen,F.(2008)Syntheticbiologyforimprovedpersonalizedmedicine.NucleicAcidsSymp.Ser.52,243-244.
15.Chen,F.,Li,Z.,Yang,S.,Wang,RJ.,Liu,B.,Song,YM.,Sun,YH.,Hao,DY.andWang,XP.InhibitionofAmpicillin-resistanceinbacteriabymodifiedDNAzymes.(2008)ChemRes.ChineseU.24(4),491-5.
16.Chen,F.,Wang,R.,Li,Z,Liu,B.,Wang,XP.,Sun,YH.,Hao,DY.,andZhang,J.AnovelreplicatingcircularDNAzyme.(2004)NucleicAcidRes,32(8),2336-2341.
17.StevenABenner,DanielHutter,NicoleALeal,FeiChen.Reagentsforreversiblyterminatingprimerextension.USPatent:20110275124(2011.11.10).
18.StevenABenner,ShuichiHoshika,FeiChen.Self-avoidingmolecularrecognitionsystemsinDNAamplification.PCT/USPatent:WO/2010/021702(2010.02.25).19.StevenABenner,FeiChen,ZunyiYang.PolymeraseIncorporationofNon-StandardNucleotides.PCT/USPatent:WO/2009/154733(2009.12.23).
社会任职：
获奖及荣誉：
