肖景发(JingfaXiao)
硕士生导师，研究员
E-Mail：xiaojingfa@big.ac.cn
研究领域：生物信息学
导师简介：学习经历：
1991年9月-1995年7月四川大学生物学专业本科1998年9月-2003年7月吉林大学理论化学计算国家重点实验室主要从事计算生物学和计算化学方面研究博士研究生
工作经历：
1995年7月-1998年8月沈阳第一制药厂科技有限公司助理工程师
2003年7月-2005年8月协和医科大学药物研究所药物分子设计与合成实验室主要从事抗计算机辅助药物设计博士后
2005年11月-2007年2月犹他大学化学系计算化学和计算生物学博士后主要进行同源模建和分子对接算法的发展及应用
2007年2月-2012年5月中国科学院北京基因组研究所副研究员主要从事比较基因组学和生物信息学方面的研究
2012年5月-至今中国科学院北京基因组研究所研究员
学术兼职：
FrontiersinPlantGeneticsandGenomics,PLoSOne,GPB学术编委
获奖及荣誉：
（1）重要经济作物和药用植物的比较基因组学和转录组学研究，揭示其高产和抗逆等重要生物性状的分子机制。
（2）原核生物的基因组动力学研究，针对泛基因组和元基因组开发比较基因组学分析软件和平台，应用分析原核生物基因组动力揭示其致病性、宿主特异性和耐药性机制,研究基因组结构和基因调控之间的内在机制。
（3）高通量数据的整合和挖掘，建立转录组注释和分析平台和虚拟基因组数据库。
（4）小蛋白的结构功能、进化以及调控机制等相关的生物信息学研究。
近期主要学术成果：
1.译著：基因组学核心实验方法(genomics:essentialmethods),科学出版社，2012年.
2.RuosiZhang,LiliHao,LingpingWang,MeiliChen,WenLi,RujiaoLi,JunYu,JingfaXiao*,JiayanWu,Geneexpressionanalysisofinducedpluripotentstemcellsfromaneuploidychromosomalsyndromes.BMCGenomics.Suppl6,S8(2013).
3.LinDai,MingTian,JiayanWu,JingfaXiao,XuminWang,Kei-HoiCheung,JeffreyP.Townsend,ZhangZhang.Increasingparticipationinbiologicalknowledgewikisthroughcontributionquantificationandexplicitauthorship.Bioinformatics.29,1837-1839(2013).
4.MeiliChen?,JingfaXiao?,ZhangZhang,JiayanWu,JunYu,IdentificationofHumanHKGenesandGeneExpressionRegulationStudyinCancerfromTrancsriptomicsDataAnalysis.PLoSone.8,e54082(2013).
5.YongbingZhao,JiayanWu,JunhuiYang,ShixiangSun,JingfaXiao*,JunYu,PGAP:Pan-genomesAnalysisPipeline.Bioinformatics.28,416-418(2012).
6.WeiliLiang,YongbingZhao,ChunxiaChen,XiaoyingCui,JunYu,JingfaXiao*,BiaoKan,Pan-genomeprovidesinsightsintogenomevariationandevolutioninSalmonellaParatyphiA.PLOSone.7,e45346(2012).
7.JiayanWu?,JingfaXiao?,JunYu,Latestnotableachievementsingenomics.ScienceinChina,55,645-648(2012).
8.DongyuZhao,JiayanWu,YuanyuanZhou,WeiGong,JingfaXiao*,JunYu.WikiCell:aunifiedresourceplatformforhumantranscriptomicsresearch.OMICS:AJournalofIntegrativeBiology16(6),357-362(2012).
9.QianZhao,JingfaXiao*,JunYu.AnIntegratedAnalysisofLineage-specificSmallProteinsacrossEightEukaryotesRevealsFunctionalandEvolutionarySignificance.ProgressinBiochemistryandBiophysics.39,359-367(2012).
10.AndingZhang,MingYang,PanHu,JiayanWu,BoChen,YafengHua,JunYu,HuanchunChen,JingfaXiao*,MeilinJin,ComparativegenomicanalysisofStreptococcussuisrevealssignificantgenomicdiversityamongdifferentserotypes.BMCGenomics.12,523(2011).
11.PanHu,MingYang,AndingZhang,JiayanWu,BoChen,YafengHua,JunYu,HuanchunChen,JingfaXiao*,MeilinJin,Comparativegenomicsstudyofmulti-drug-resistancemechanismsintheantibiotic-resistantStreptococcussuisR61strain.PLOSone.6,e24988(2011).
12.YanGe,JiayanWu,JingfaXiao*,JunYu.Explorationofthebindingmodeofα/β-typesmallacidsolubleproteins(SASPs)withDNA,J.Mol.Model.17,3183-3193(2011).
13.ZongjunDu,ZhewenZhang,TingtingMiao,JiayanWu,GuoqiangLü,JunYu,JingfaXiao*,andGuanjunChen,DraftGenomeSequenceofaNovelAgar-DigestingMarineBacteriumHQM9.JournalofBacteriology.193,4557-4558(2011).
14.PanHu,MingYang,AndingZhang,JiayanWu,BoChen,YafengHua,JunYu,HuanchunChen,JingfaXiao*,MeilinJin,CompleteGenomeSequenceofStreptococcussuisSerotype3StrainST3.JournalofBacteriology.193,3428-3429(2011).
15.MingYang,YanGe,JiayanWu,JingfaXiao*,JunYu.Coevolutionstudyofmitochondriarespiratorychainproteins:Towardtheunderstandingofprotein-proteininteraction.JournalofGeneticsandGenomics.38,201-207(2011).
16.PanHu,MingYang,AndingZhang,JiayanWu,BoChen,YafengHua,JunYu,JingfaXiao*,MeilinJin,CompleteGenomeSequenceofStreptococcussuisserotype14StrainJS14.JournalofBacteriology.193,2375-2376(2011).
17.JiayanWu?,JingfaXiao?,RuosiZhang,JunYu.DNAsequencingleadstogenomicsprogressinChina.ScienceinChina,54,290-292(2011).
18.YongbingZhao,JingfaXiao*.HomologyModelingandMolecularDynamicsSimulationStudiesofHumanType13?-HydroxysteroidDehydrogenase:TowardtheUnderstandingofCofactorSpecificity.J.Comp.Chem.32,33-42(2011).
19.FengyuWang,JingfaXiao*,LinlinPan,MingYang,GuoqianZhang,YunYu.ASystemicStudyofMini-proteinsinBacterialandArchaea.PLOSone.3,e4027(2008).
20.JingfaXiao,JunYu.AScenarioontheStepwiseEvolutionoftheGeneticCode.Genomics,Proteomics&Bioinformatics.5,1(2007).
1、自然科学基金面上项目，31071163，真核生物小蛋白进化机制和相互作用网络研究，2011.1-2013.12，在研，项目负责人；
2、自然科学基金面上项目，31271386，基于RNA-seq策略研究天然反义转录本的调控机制，2013.1-2016.12，在研，项目负责人；
3、科技部973项目，2010CB126604，重要热带作物木薯品种改良的基础研究，2010.1-2014.8，在研，课题负责人
生物信息学，计算机和生物学背景的学生
工作经历：
1995年7月-1998年8月沈阳第一制药厂科技有限公司助理工程师
2003年7月-2005年8月协和医科大学药物研究所药物分子设计与合成实验室主要从事抗计算机辅助药物设计博士后
2005年11月-2007年2月犹他大学化学系计算化学和计算生物学博士后主要进行同源模建和分子对接算法的发展及应用
2007年2月-2012年5月中国科学院北京基因组研究所副研究员主要从事比较基因组学和生物信息学方面的研究
2012年5月-至今中国科学院北京基因组研究所研究员
主要研究领域：
（1）重要经济作物和药用植物的比较基因组学和转录组学研究，揭示其高产和抗逆等重要生物性状的分子机制。
（2）原核生物的基因组动力学研究，针对泛基因组和元基因组开发比较基因组学分析软件和平台，应用分析原核生物基因组动力揭示其致病性、宿主特异性和耐药性机制,研究基因组结构和基因调控之间的内在机制。
（3）高通量数据的整合和挖掘，建立转录组注释和分析平台和虚拟基因组数据库。
（4）小蛋白的结构功能、进化以及调控机制等相关的生物信息学研究。
承担科研项目情况：
1、自然科学基金面上项目，31071163，真核生物小蛋白进化机制和相互作用网络研究，2011.1-2013.12，在研，项目负责人；
2、自然科学基金面上项目，31271386，基于RNA-seq策略研究天然反义转录本的调控机制，2013.1-2016.12，在研，项目负责人；
3、科技部973项目，2010CB126604，重要热带作物木薯品种改良的基础研究，2010.1-2014.8，在研，课题负责人
代表论著：
1.译著：基因组学核心实验方法(genomics:essentialmethods),科学出版社，2012年.
2.RuosiZhang,LiliHao,LingpingWang,MeiliChen,WenLi,RujiaoLi,JunYu,JingfaXiao*,JiayanWu,Geneexpressionanalysisofinducedpluripotentstemcellsfromaneuploidychromosomalsyndromes.BMCGenomics.Suppl6,S8(2013).
3.LinDai,MingTian,JiayanWu,JingfaXiao,XuminWang,Kei-HoiCheung,JeffreyP.Townsend,ZhangZhang.Increasingparticipationinbiologicalknowledgewikisthroughcontributionquantificationandexplicitauthorship.Bioinformatics.29,1837-1839(2013).
4.MeiliChen?,JingfaXiao?,ZhangZhang,JiayanWu,JunYu,IdentificationofHumanHKGenesandGeneExpressionRegulationStudyinCancerfromTrancsriptomicsDataAnalysis.PLoSone.8,e54082(2013).
5.YongbingZhao,JiayanWu,JunhuiYang,ShixiangSun,JingfaXiao*,JunYu,PGAP:Pan-genomesAnalysisPipeline.Bioinformatics.28,416-418(2012).
6.WeiliLiang,YongbingZhao,ChunxiaChen,XiaoyingCui,JunYu,JingfaXiao*,BiaoKan,Pan-genomeprovidesinsightsintogenomevariationandevolutioninSalmonellaParatyphiA.PLOSone.7,e45346(2012).
7.JiayanWu?,JingfaXiao?,JunYu,Latestnotableachievementsingenomics.ScienceinChina,55,645-648(2012).
8.DongyuZhao,JiayanWu,YuanyuanZhou,WeiGong,JingfaXiao*,JunYu.WikiCell:aunifiedresourceplatformforhumantranscriptomicsresearch.OMICS:AJournalofIntegrativeBiology16(6),357-362(2012).
9.QianZhao,JingfaXiao*,JunYu.AnIntegratedAnalysisofLineage-specificSmallProteinsacrossEightEukaryotesRevealsFunctionalandEvolutionarySignificance.ProgressinBiochemistryandBiophysics.39,359-367(2012).
10.AndingZhang,MingYang,PanHu,JiayanWu,BoChen,YafengHua,JunYu,HuanchunChen,JingfaXiao*,MeilinJin,ComparativegenomicanalysisofStreptococcussuisrevealssignificantgenomicdiversityamongdifferentserotypes.BMCGenomics.12,523(2011).
11.PanHu,MingYang,AndingZhang,JiayanWu,BoChen,YafengHua,JunYu,HuanchunChen,JingfaXiao*,MeilinJin,Comparativegenomicsstudyofmulti-drug-resistancemechanismsintheantibiotic-resistantStreptococcussuisR61strain.PLOSone.6,e24988(2011).
12.YanGe,JiayanWu,JingfaXiao*,JunYu.Explorationofthebindingmodeofα/β-typesmallacidsolubleproteins(SASPs)withDNA,J.Mol.Model.17,3183-3193(2011).
13.ZongjunDu,ZhewenZhang,TingtingMiao,JiayanWu,GuoqiangLü,JunYu,JingfaXiao*,andGuanjunChen,DraftGenomeSequenceofaNovelAgar-DigestingMarineBacteriumHQM9.JournalofBacteriology.193,4557-4558(2011).
14.PanHu,MingYang,AndingZhang,JiayanWu,BoChen,YafengHua,JunYu,HuanchunChen,JingfaXiao*,MeilinJin,CompleteGenomeSequenceofStreptococcussuisSerotype3StrainST3.JournalofBacteriology.193,3428-3429(2011).
15.MingYang,YanGe,JiayanWu,JingfaXiao*,JunYu.Coevolutionstudyofmitochondriarespiratorychainproteins:Towardtheunderstandingofprotein-proteininteraction.JournalofGeneticsandGenomics.38,201-207(2011).
16.PanHu,MingYang,AndingZhang,JiayanWu,BoChen,YafengHua,JunYu,JingfaXiao*,MeilinJin,CompleteGenomeSequenceofStreptococcussuisserotype14StrainJS14.JournalofBacteriology.193,2375-2376(2011).
17.JiayanWu?,JingfaXiao?,RuosiZhang,JunYu.DNAsequencingleadstogenomicsprogressinChina.ScienceinChina,54,290-292(2011).
18.YongbingZhao,JingfaXiao*.HomologyModelingandMolecularDynamicsSimulationStudiesofHumanType13?-HydroxysteroidDehydrogenase:TowardtheUnderstandingofCofactorSpecificity.J.Comp.Chem.32,33-42(2011).
19.FengyuWang,JingfaXiao*,LinlinPan,MingYang,GuoqianZhang,YunYu.ASystemicStudyofMini-proteinsinBacterialandArchaea.PLOSone.3,e4027(2008).
20.JingfaXiao,JunYu.AScenarioontheStepwiseEvolutionoftheGeneticCode.Genomics,Proteomics&Bioinformatics.5,1(2007).
社会任职：
FrontiersinPlantGeneticsandGenomics,PLoSOne,GPB学术编委
获奖及荣誉：
