蔡军(JunCAI)
硕士生导师，研究员
E-Mail：juncai@big.ac.cn
研究领域：基因组学/生物信息学
导师简介：学习经历：
学习经历1995年9月-1999年7月清华大学自动化系学士1999年9月-2005年7月清华大学生物信息学博士
工作经历：
2006年-2008年美国伊利诺伊大学香槟分校生物工程系博士后
2009年-至今中国科学院北京基因组研究所研究员
学术兼职：
获奖及荣誉：
计算生物学和变异基因组学
近期主要学术成果：
1.CaihongZheng,XuexiaMiao,YanenLi,YingHuang,JueRuan,XiMa,LiWang,Chung-IWu,JunCai,Determinationofgenomiccopynumberalterationemphasizingarestriction-sitebasedstrategyofgenomere-sequencing,Bioinformatics,doi:10.1093/bioinformatics/btt481,2013.
2.LanJiang,JingZhang,Jing-JingWang,LuWang,LiZhang,GuoqiangLi,XiaodanYang,XinMa,XinSun,JunCai,JunZhang,XingxuHuang,MiaoYu,XuegengWang,FengLiu,Chung-IWu,ChuanHe,BoZhang,WeiminCi,JiangLiu.Sperm,butnotoocyte,DNAmethylomeisinheritedbyzebrafishearlyembryos,Cell,2013,153,773-84.
3.QiangGong,Yongtao,Jian-rongYang,JunCai,YunfeiYuan,etal.,Identificationofmedium-sizedgenomicdeletionswithlowcoverage,mate-pairedrestrictedtags,BMCGenomics,doi:10.1186/1471-2164-14-52,2013.
4.YongTao*,JueRuan*,Shiou-HweiYeh*,XuemeiLu*,YuWang*,WeiweiZhai*,JunCai*,etal.,Rapidgrowthofahepatocellularcarcinomaandthedrivingmutationsrevealedbycell-populationgeneticanalysisofwhole-genomedata,PNAS,doi:10.1073/pnas.1108715108,2011.(*contributeequally)
5.JunCai,DanXie,ZhewenFan,JohnMarden,WingH.Wong,ShengZhong.Modelingco-expressionacrossspeciesforcomplextraits:insightstothedifferenceofhumanandmouseembryonicstemcells.PLoSComputationalBiology,6(3),doi:10.1371/journal.pcbi.1000707,2010.
6.DanXie,JunCai,Na-YuChia,HuckH.NgandShengZhong.Cross-speciesdenovoidentificationofcis-regulatorymoduleswithGibbsModule:applicationtogeneregulationinembryonicstemcells.GenomeResearch,18:1325-1335,2008.
7.JianmingJiang,Yun-ShenChan*,Yuin-HanLoh*,JunCai*,Guo-QingTong,Ching-AengLim,PaulRobson,ShengZhongandHuck-HuiNg.AcoreKlfcircuitryregulatesself-renewalofembryonicstemcells.NatureCellBiology.10:353-360,2008.(*contributeequally)8.JunCai,YingHuang,FeiLiandYandaLi.Alterationofproteinsubcellularlocationanddomainformationbyalternativetranslationalinitiation.Proteins,62:793-799,2006.
9.JunCai,JingZhang,YingHuangandYandaLi.ATID:aweb-orienteddatabaseforcollectionofpubliclyavailablealternativetranslationalinitiationevents.Bioinformatics,21:4312-4314,2005.
1.国家自然科学基金委员会面上项目，31171265，“HeLa细胞中非整倍体基因组结构与肿瘤细胞适应性关系的研究”，2012.01-2015.12，在研，课题负责人;
2.国家重点基础研究发展计划项目，2012CB316505,基于新一代测序的生物信息学理论与方法,2012.01-2016.12，在研，主要学术骨干.
计算生物学和基因组学的发展为回答一些基本的生物学问题提供研究方法和思路，我们希望结合生物信息学模型和前沿的测序实验方法，来研究相关生物科学问题。
课题组目前侧重的工作研究方向为：
1、研究细胞从体内到体外新环境过程中的遗传变异，以试图评估在细胞移植等临床治疗策略中的安全性问题。
2、从单细胞水平来研究体细胞的基因组变异，包括正常体细胞到肿瘤细胞演化过程中的遗传变异积累，为探究癌细胞形成机理提供新思路。
招收生物信息学、生物学、计算机科学、数学等相关背景的学生
工作经历：
2006年-2008年美国伊利诺伊大学香槟分校生物工程系博士后
2009年-至今中国科学院北京基因组研究所研究员
主要研究领域：
计算生物学和变异基因组学
承担科研项目情况：
1.国家自然科学基金委员会面上项目，31171265，“HeLa细胞中非整倍体基因组结构与肿瘤细胞适应性关系的研究”，2012.01-2015.12，在研，课题负责人;
2.国家重点基础研究发展计划项目，2012CB316505,基于新一代测序的生物信息学理论与方法,2012.01-2016.12，在研，主要学术骨干.
代表论著：
1.CaihongZheng,XuexiaMiao,YanenLi,YingHuang,JueRuan,XiMa,LiWang,Chung-IWu,JunCai,Determinationofgenomiccopynumberalterationemphasizingarestriction-sitebasedstrategyofgenomere-sequencing,Bioinformatics,doi:10.1093/bioinformatics/btt481,2013.
2.LanJiang,JingZhang,Jing-JingWang,LuWang,LiZhang,GuoqiangLi,XiaodanYang,XinMa,XinSun,JunCai,JunZhang,XingxuHuang,MiaoYu,XuegengWang,FengLiu,Chung-IWu,ChuanHe,BoZhang,WeiminCi,JiangLiu.Sperm,butnotoocyte,DNAmethylomeisinheritedbyzebrafishearlyembryos,Cell,2013,153,773-84.
3.QiangGong,Yongtao,Jian-rongYang,JunCai,YunfeiYuan,etal.,Identificationofmedium-sizedgenomicdeletionswithlowcoverage,mate-pairedrestrictedtags,BMCGenomics,doi:10.1186/1471-2164-14-52,2013.
4.YongTao*,JueRuan*,Shiou-HweiYeh*,XuemeiLu*,YuWang*,WeiweiZhai*,JunCai*,etal.,Rapidgrowthofahepatocellularcarcinomaandthedrivingmutationsrevealedbycell-populationgeneticanalysisofwhole-genomedata,PNAS,doi:10.1073/pnas.1108715108,2011.(*contributeequally)
5.JunCai,DanXie,ZhewenFan,JohnMarden,WingH.Wong,ShengZhong.Modelingco-expressionacrossspeciesforcomplextraits:insightstothedifferenceofhumanandmouseembryonicstemcells.PLoSComputationalBiology,6(3),doi:10.1371/journal.pcbi.1000707,2010.
6.DanXie,JunCai,Na-YuChia,HuckH.NgandShengZhong.Cross-speciesdenovoidentificationofcis-regulatorymoduleswithGibbsModule:applicationtogeneregulationinembryonicstemcells.GenomeResearch,18:1325-1335,2008.
7.JianmingJiang,Yun-ShenChan*,Yuin-HanLoh*,JunCai*,Guo-QingTong,Ching-AengLim,PaulRobson,ShengZhongandHuck-HuiNg.AcoreKlfcircuitryregulatesself-renewalofembryonicstemcells.NatureCellBiology.10:353-360,2008.(*contributeequally)8.JunCai,YingHuang,FeiLiandYandaLi.Alterationofproteinsubcellularlocationanddomainformationbyalternativetranslationalinitiation.Proteins,62:793-799,2006.
9.JunCai,JingZhang,YingHuangandYandaLi.ATID:aweb-orienteddatabaseforcollectionofpubliclyavailablealternativetranslationalinitiationevents.Bioinformatics,21:4312-4314,2005.
社会任职：
获奖及荣誉：
