张治华(ZhihuaZhang)
博士生导师，“百人计划”研究员
E-Mail：zhangzhihua@big.ac.cn
研究领域：生物信息学
导师简介：学习经历：
2002–2006中国科学院生物物理研究所计算生物学博士
工作经历：
2006–2009密西更大学系统生物学博士后
2009–2011纽约冷泉港实验室和德克萨斯大学达拉斯分校系统生物学博士后
2011–至今中国科学院北京基因组研究所研究员
学术兼职：
2011-至今Genomics,Proteomics&Bioinformatics编委
获奖及荣誉：
基因调控网络的结构，功能和演化。
近期主要学术成果：
1.ChengqiWang,MichaelQZhang,ZhihuaZhang#(2013)Computationalidentificationofactiveenhancersinmodelorganisms.Genomics,Proteomics&Bioinformatics.11(3):142-50.
2.LeiSun,ZhihuaZhang,TimothyL.Bailey,AndrewC.Perkins,MichaelR.Tallack,ZhaoXuandHuiLiu(2012)Predictionofnovellongnon-codingRNAsbasedonRNA-SeqdataofmouseKlf1knockoutstudy.BMCBioinformatics.13:331.
3.ZhihuaZhang,XiaotuMa,MichaelQZhang(2012)Bivalent-LikeChromatinMarkersArePredictiveforTranscriptionStartSiteDistributioninHuman.PLoSONE7(6):e38112
4.XiaotuMa,AshwinikumarKulkarni,ZhihuaZhang,ZhenyuXuanandMichaelZhang(2012)AhighlyefficientandeffectivemotifdiscoverymethodforChIPseq/ChIP-chipdatausingpositionalinformation.NucleicAcidsRes.40(7):e50.
5.ZhihuaZhang.,MichaelQZhang(2011).Histonemodificationprofilesarepredictiveforbothprotein-codingandmicroRNAgene’stissue/cell-typespecificexpression.BMCBioinfomatics12:155.
6.ZhihuaZhang.,WenfengQianandJianzhiZhang(2009).Positiveselectionforelevatedgeneexpressionnoiseinyeast.MolecularSystemsBiology.5:299.
7.ZhihuaZhangandJianzhiZhang(2009).ABigWorldInsideSmall-WorldNetworks.PLoSONE.4:e5686.
8.ZhihuaZhangandJianzhiZhang(2008).Accuracyandapplicationofthemotifexpressiondecompositionmethodindissectingtranscriptionalregulation.NucleicAcidsResearch.36(10):3185-3193.
9.ZhihuaZhang.,ChangningLiu.,GeirSkogerbo.,XiaopengZhu.,HongchaoLu.,LanChen.,BaochenShi.,YongZhang.,TaoWu.,JieWangandRunshengChen(2006).DynamicChangesinSubgraphPreferenceProfilesofCrucialTranscriptionFactors.PLoSComputationalBiology.2(5):e47.
10.ZhihuaZhang.,SunHong.,YongZhang.,YiZhao.,BaochenShi.,ShiweiSun.,HongchaoLu.,DongboBu.,LunjiangLingandRunshengChen(2006).GenomewideAnalysisofMammalianDNASegmentFusion/Fission.JournalofTheoreticalBiolology.240(2):200-208.
11.HoushengHe.,LunCai.,GeirSkogerbo.,WeiDeng.,TaoLiu.,XiaopengZhu.,YudongWang.,DongJia.,ZhihuaZhang.,YongTao.,HaipanZeng.,MuhammadNaumanAftab.,YanCui.,GuozhenLiuandRunshengChen(2006).ProfilingCaenorhabditiselegansnon-codingRNAExpressionWithaCombinedMicroarray.NucleicAcidsResearch.34(10):2976–2983.
12.TaoWu.,JieWang.,ChangningLiu.,YongZhang.,BaochenShi.,XiaopengZhu.,ZhihuaZhang.,GeirSkogerbo.,LanChen.,HongchaoLu.,YiZhaoandRunshengChen(2006).NPInter:theNoncodingRNAsandProteinrelatedbiomacromoleculesInteractiondatabase.NucleicAcidsResearch.34:D150-D152.
13.ZhangZhihua.,ZhangYong.,ShiBaochen.,DengWei.,ZhaoYiandChenRunsheng(2004).DetectingChimeric5'/3'UTRswithCrossChromosomalSplicingbyBioinformatics.ChineseScienceBulletin.Vol.49:1051-1054.
14.ZhangYong.,ZhangZhihua.,LingLunjiang.,ShiBaochenandChenRunsheng(2004).ConservationanalysisofsmallRNAgenesinEscherichiacoli.Bioinformatics20:599-603.
15.WeiDeng.,BaochenShi.,XiaoliHe.,ZhihuaZhang.,JunXu.,BiaoLi.,JianYang.,LunjiangLing.,ChengpingDai.,BoqinQiang.,YanShenandRunshengChen(2004).EvolutionandmigrationhistoryofChinesepopulationinferredfromChineseY-Chromosomeevidence.JournalofHumanGenetic.49:339-348.
1、2012.1-2014.12,中国国家自然科学基金,重大研究计划培育项目，基因表达随机波动对肿瘤异质性形成的微进化过程的研究(#91131012).主持人，在研。
2、2013.1-2016.12,中国国家自然科学基金,面上项目，基于整合海量多“组学”数据的方法研究基因转录和剪接的协同作用，(#31271398).主持人，在研。
3、2011.10-2013.9,中国科学院，“百人计划”启动基金，主持人，结题。
4、2013.10-2015.12,中国科学院，“百人计划”择优支持，主持人，在研。
张治华组的研究兴趣是基因调控网络的结构，功能和演化。具体研究内容是基因调控网络的结构，功能和演化。
具体研究内容是
1.基因调控网络的演化。我们关注在肿瘤的发生，肿瘤异质性形成和发展，肿瘤的转移等过程中，细胞基因调控网络的拓扑和网络动力学是如何在突变的作用下发生变化的，这些变化又是如何进一步影响肿瘤在体内的演化的。我们期望从网络动力学演化的角度，开发出新的计算方法鉴别在上述过程中起关键作用的遗传或者表观遗传学变异。
2.基因调控元件的远程相互作用。真核生物的基因转录受到启动子，增强子，抑制子等等一系列调控元件的调节。这些调控原件以及他们之间的相互作用构成了基因调控网络的基本元素。在基因组上相距甚远的调控原件之间可以或者直接的通过物理接触，或者间接的通过媒介分子，比如非编码RNA，远程的调控基因的时空表达。
我们关注的问题包括，
a)在这个复杂的相互作用网络中，如何预测一个特定的调控元件的特异性目标基因;
b)如何通过这个调控网络的特征来预测基因的时空表达模式;
c)如何理解染色质纤维在细胞核内的空间结构的形成以及它在基因调控网络功能之间的关系。
3.基因调控远程相互作用网络中的非编码RNA(ncRNA)。我们重点关注增强子关联的长非编码RNA,他们的形成，调控和演化模式。我们期望开发新的计算方法去预测特定增强子的关联长非编码RNA表达和他的目标基因。
我们实验室关注具有挑战性的前沿课题，提供自由的学术讨论氛围，给予严格的学术训练。我们欢迎那些真正着迷于从系统层面理解生命问题的学生，尤其欢迎那些在物理，计算机，数学，统计，和生物学等领域有特别专长的的考生报考。作为交叉学科的学生，请分享你所在领域的知识和经验，也请做好艰苦的学习其他领域知识的准备。
工作经历：
2006–2009密西更大学系统生物学博士后
2009–2011纽约冷泉港实验室和德克萨斯大学达拉斯分校系统生物学博士后
2011–至今中国科学院北京基因组研究所研究员
主要研究领域：
基因调控网络的结构，功能和演化。
承担科研项目情况：
1、2012.1-2014.12,中国国家自然科学基金,重大研究计划培育项目，基因表达随机波动对肿瘤异质性形成的微进化过程的研究(#91131012).主持人，在研。
2、2013.1-2016.12,中国国家自然科学基金,面上项目，基于整合海量多“组学”数据的方法研究基因转录和剪接的协同作用，(#31271398).主持人，在研。
3、2011.10-2013.9,中国科学院，“百人计划”启动基金，主持人，结题。
4、2013.10-2015.12,中国科学院，“百人计划”择优支持，主持人，在研。
代表论著：
1.ChengqiWang,MichaelQZhang,ZhihuaZhang#(2013)Computationalidentificationofactiveenhancersinmodelorganisms.Genomics,Proteomics&Bioinformatics.11(3):142-50.
2.LeiSun,ZhihuaZhang,TimothyL.Bailey,AndrewC.Perkins,MichaelR.Tallack,ZhaoXuandHuiLiu(2012)Predictionofnovellongnon-codingRNAsbasedonRNA-SeqdataofmouseKlf1knockoutstudy.BMCBioinformatics.13:331.
3.ZhihuaZhang,XiaotuMa,MichaelQZhang(2012)Bivalent-LikeChromatinMarkersArePredictiveforTranscriptionStartSiteDistributioninHuman.PLoSONE7(6):e38112
4.XiaotuMa,AshwinikumarKulkarni,ZhihuaZhang,ZhenyuXuanandMichaelZhang(2012)AhighlyefficientandeffectivemotifdiscoverymethodforChIPseq/ChIP-chipdatausingpositionalinformation.NucleicAcidsRes.40(7):e50.
5.ZhihuaZhang.,MichaelQZhang(2011).Histonemodificationprofilesarepredictiveforbothprotein-codingandmicroRNAgene’stissue/cell-typespecificexpression.BMCBioinfomatics12:155.
6.ZhihuaZhang.,WenfengQianandJianzhiZhang(2009).Positiveselectionforelevatedgeneexpressionnoiseinyeast.MolecularSystemsBiology.5:299.
7.ZhihuaZhangandJianzhiZhang(2009).ABigWorldInsideSmall-WorldNetworks.PLoSONE.4:e5686.
8.ZhihuaZhangandJianzhiZhang(2008).Accuracyandapplicationofthemotifexpressiondecompositionmethodindissectingtranscriptionalregulation.NucleicAcidsResearch.36(10):3185-3193.
9.ZhihuaZhang.,ChangningLiu.,GeirSkogerbo.,XiaopengZhu.,HongchaoLu.,LanChen.,BaochenShi.,YongZhang.,TaoWu.,JieWangandRunshengChen(2006).DynamicChangesinSubgraphPreferenceProfilesofCrucialTranscriptionFactors.PLoSComputationalBiology.2(5):e47.
10.ZhihuaZhang.,SunHong.,YongZhang.,YiZhao.,BaochenShi.,ShiweiSun.,HongchaoLu.,DongboBu.,LunjiangLingandRunshengChen(2006).GenomewideAnalysisofMammalianDNASegmentFusion/Fission.JournalofTheoreticalBiolology.240(2):200-208.
11.HoushengHe.,LunCai.,GeirSkogerbo.,WeiDeng.,TaoLiu.,XiaopengZhu.,YudongWang.,DongJia.,ZhihuaZhang.,YongTao.,HaipanZeng.,MuhammadNaumanAftab.,YanCui.,GuozhenLiuandRunshengChen(2006).ProfilingCaenorhabditiselegansnon-codingRNAExpressionWithaCombinedMicroarray.NucleicAcidsResearch.34(10):2976–2983.
12.TaoWu.,JieWang.,ChangningLiu.,YongZhang.,BaochenShi.,XiaopengZhu.,ZhihuaZhang.,GeirSkogerbo.,LanChen.,HongchaoLu.,YiZhaoandRunshengChen(2006).NPInter:theNoncodingRNAsandProteinrelatedbiomacromoleculesInteractiondatabase.NucleicAcidsResearch.34:D150-D152.
13.ZhangZhihua.,ZhangYong.,ShiBaochen.,DengWei.,ZhaoYiandChenRunsheng(2004).DetectingChimeric5'/3'UTRswithCrossChromosomalSplicingbyBioinformatics.ChineseScienceBulletin.Vol.49:1051-1054.
14.ZhangYong.,ZhangZhihua.,LingLunjiang.,ShiBaochenandChenRunsheng(2004).ConservationanalysisofsmallRNAgenesinEscherichiacoli.Bioinformatics20:599-603.
15.WeiDeng.,BaochenShi.,XiaoliHe.,ZhihuaZhang.,JunXu.,BiaoLi.,JianYang.,LunjiangLing.,ChengpingDai.,BoqinQiang.,YanShenandRunshengChen(2004).EvolutionandmigrationhistoryofChinesepopulationinferredfromChineseY-Chromosomeevidence.JournalofHumanGenetic.49:339-348.
社会任职：
2011-至今Genomics,Proteomics&Bioinformatics编委
获奖及荣誉：
