吕雪梅(XuemeiLv)
博士生导师，研究员
E-Mail：luxm(AT)big.ac.cn
研究领域：遗传和进化基因组学
导师简介：学习经历：
工作经历：
.TRS_EditorP{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorDIV{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorTD{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorTH{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorSPAN{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorFONT{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorUL{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorLI{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorA{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt} 2009,6～今中国科学院北京基因组研究所，研究员，任基因组所基因组和生物信息平台科研部主管。
2005年～2009年副教授，由中山大学生命科学院“百人计划”引进从事分子遗传和进化领域的研究工作。期间，组建并负责中山大学生命科学院“基因组测序和分析实验中心”。
2003年～2005年美国芝加哥大学生态和进化系从事博士后研究工作，主要研究内容包括物种形成的分子机制、复杂性状的基因表达分析和群体遗传学等。
2002年～2003年研究助理，美国圣地亚哥野生动物协会濒危动物保护研究中心进行分子进化和保护遗传学方面的合作研究。
2000年～2001，10助理研究员，中国科学院昆明动物所细胞与分子进化重点实验室，研究方向为分子进化和群体遗传学
1997年～2000年博士研究生，中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化重点实验室，研究方向获分子遗传和分子进化。
1994年～1997年硕士研究生，华南农业大学，研究方向动物遗传育种。
学术兼职：
获奖及荣誉：
遗传和进化基因组学
近期主要学术成果：
XLu,JShapiro,C-TTing,YLi,AJ.G,S-HLi,C-IWu.2010.Genome-widemisexpressionofX-linkedvs.autosomalgenesassociatedwithhybridmalesterility.GenomeResearch.(已接收)
HBao,YXiong,HGuo,RZhou,XLu,ZYang,YZhong,*SShi2009MapNext:asoftwaretoolforsplicedandunsplicedalignmentsandSNPdetectionofshortsequencereads.BMCGenomics10(Suppl3):S13-1-6
HBao,Hguo,RZhou,XLu,andSShi.2009MapView:visualizationofshortreadsalignmentondesktopcomputer.Bioinformatics.25(12):1554-1555
H-YWang,YFu,MMcPeek,XLu,SNuzhdin,AXu,JLu,M-LWu,andC-IWu.2008.ComplexgeneticinteractionsunderlyingexpressiondifferencesbetweenDrosophilaraces-Analysisofchromosomesubstitutions.PNAS25（17）:6362-6367
SLee,JBao,GZhou,JShapiro,JXu,RShi,XLu,etal.2005.Detectingnovellow-abundanttranscriptsinDrosophila.RNA11:939–946
LuX,Y-XFuandY-PZhang.2002.EvolutionaryPatternofMitochondrialCytochromebPseudogeneinGenusNycticebus.MolecularBiologyandEvolution.19:2337-2341
JQuan,XLu,ZZhuang,JDai,JDengandY-PZhang.2002.LowGeneticVariationofPenaeuschinensisasRevealedbyMitochondrialCOIand16SrRNAGeneSequences.BiochemicalGenetics.39(7):279-284.
HLuo,XLu,etal.2002.LengthPolymorphismofThymidylateSynthaseRegulatoryRegioninChinesePopulationsandEvolutionoftheNovelAlleles.BiochemicalGenetics.40(1/2):41-51
ShiP,XLu,etal.2001.Melanocortin-1ReceptorVariantsinFourChineseEthnicPopulations.CellResearch.11（1）:81-84
吕雪梅、王应祥、张亚平（2001）蜂候线粒体细胞色素b基因变异特点及系统发育分析。动物学研究22（2）：93-98。.
YaoY-G,XLu,etal.2000GeneadmixtureintheSilkRoadregionofChina:evidencefrommtDNAandmelanocortin1receptorpolymorphism.GenesGenet.Syst.75:173-178(YaoY-GandLüX-Msharingthefirstauthor)
LuX,ShiP,etal.2000.Melanocortin-1receptorgenemutationsandpolymorphisminChineseethnicpopulations.Am.J.ofHum.Genet.67(4):216
.TRS_EditorP{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorDIV{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorTD{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorTH{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorSPAN{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorFONT{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorUL{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorLI{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorA{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt} 1）肿瘤基因组学：个体的一生积累了众多的基因组变异，这是一个动态过程，并且具有个体或组织的特异性。我们将肿瘤或正常组织视为一个群体，单一细胞视为个体，在群体遗传学的理论构架上，以全新的微观思维来比较肿瘤与正常组织的起源与进化。从而在全基因组分析的层面上，揭示从体细胞突变的产生，到突变在细胞群体中的扩散和分化、并最终导致重要疾病如肿瘤发生的遗传机制和进化特点。为最终解释体细胞突变和肿瘤发生的分子机理，鉴别肿瘤发生的关键突变，和开发肿瘤基因治疗的新途径提供理论依据。
2）家养动物复杂形状和人工选择的基因组分析：相对于自然选择，人工选择是一种极强的选择压力，可以相当短的时间内，改变一种或几种具体可观察的表型。但是由于人工选择的性状往往是复杂性状，虽然人们已经了解了许多自然选择的遗传机制，但对人工选择在基因和基因组上的作用机制和规律仍然知之甚少。我们通过比较家养动物品种之间的基因组多态性、家养品种与其野生祖先基因组变异，应用基因组学和群体遗传学的分析方法，揭示人工选择的遗传机制。同时，找出大量与经济性状相关的基因，实现对家养动物重要经济性状相关基因的规模化挖掘，以应用于品种选育工作中。
另外，对于复杂性状，传统的QTLMapping方法不仅时间和人工消耗大，而且由于分辨率较低无法将测序范围缩小到包含直接关联基因或SNP的范围。我们正在发展一个全新的实验方案和动物模型（DrosophilaMelanogaster），结合人工诱变和全基因组测序技术，在全基因组的水平上对实验或自然种群的复杂性状实现基因定位。这种“正向遗传学”的方法，可以在全基因组水平上扫描具有弱效和上位表型效应的突变，然后快速而有效地鉴定致变遗传变异，从而揭示复杂性状的遗传结构。另一方面此模型可以扩展和应用于非模式生物或驯养动物的复杂性状遗传基础研究，和经济性状或品种的遗传改良。
3）物种形成的分子机制：相对于常染色体，X连锁基因在精子生成期间表达很少，而且表达量的调整具有时间性，使X与常染色体间达到一种平衡。种间杂交后，X与常染色体之间基因表达平衡的破坏（Haldane1922；Muller1942）可能是造成种间杂交雄性不育的原因。我们比较了果蝇两个物种杂交雄性可育和雄性不育系的全基因组基因表达差异。这两个品系仅在X连锁Odysseus(Ods)位点（已被报道是物种形成基因；Ting等1998，Sun等2004）上有差异，因此可以排除其他基因表达的影响，针对于物种生殖隔离基因揭示其造成杂交不育的基因表达调控水平的遗传机理。对于物种形成经典理论—Haldane的杂种雄性不育理论（Haldane’srule；Haldane1922），通过全基因组表达谱分析，从分子水平上阐明了杂种雄性不育是精子发生中X和常染色体相互不平衡作用的结果。在此基础上，我们将通过CHIP-seq和系统生物学的方法，在Drosophila几个物种中分析Odysseus的调控机理及其在不同物种中的差异，阐明物种形成基因进化的分子机制。
曾经或正在承担课题：
2000.10～2004.10中国科学院知识创新工程项目,子课题负责人，课题名称：“动物的种群遗传及其与生态适应的关系—特定环境下生态适应的对策及其遗传机制”；
2005,12～2008,12中山大学“百人计划”启动基金；
2007,01～2009,12国家自然科学基金青年项目，项目负责人，项目名称：“ZW性别决定系统的计量补偿：基因组序列及基因表达分析”；
2007,07～2011,08国家重点基础研究发展计划（973计划），项目名称：“人工选择与基因组进化”；子课题名称：“家犬的形态变异与基因组进化”；
2009,01～2010,12农业部转基因生物新品种培育重大专项，课题编号：2009ZX08009-149B，项目名称：“家猪经济性状基因的规模化发掘”，负责子任务二“基因组单核苷酸多态、基因组结构变异的扫描与分析”；
2009,6～2011，6中国科学院知识创新工程重大项目“癌症重大科学问题及防治新策略的研究”，参加子课题“癌症基因组和蛋白质组研究”；
2010，1～2010，12国家自然科学基金委主任基金“适应性进化的基因组学——通过第二代测序技术检测基因组变异”，课题第二负责人。
工作经历：
.TRS_EditorP{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorDIV{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorTD{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorTH{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorSPAN{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorFONT{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorUL{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorLI{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorA{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt} 2009,6～今中国科学院北京基因组研究所，研究员，任基因组所基因组和生物信息平台科研部主管。
2005年～2009年副教授，由中山大学生命科学院“百人计划”引进从事分子遗传和进化领域的研究工作。期间，组建并负责中山大学生命科学院“基因组测序和分析实验中心”。
2003年～2005年美国芝加哥大学生态和进化系从事博士后研究工作，主要研究内容包括物种形成的分子机制、复杂性状的基因表达分析和群体遗传学等。
2002年～2003年研究助理，美国圣地亚哥野生动物协会濒危动物保护研究中心进行分子进化和保护遗传学方面的合作研究。
2000年～2001，10助理研究员，中国科学院昆明动物所细胞与分子进化重点实验室，研究方向为分子进化和群体遗传学
1997年～2000年博士研究生，中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化重点实验室，研究方向获分子遗传和分子进化。
1994年～1997年硕士研究生，华南农业大学，研究方向动物遗传育种。
主要研究领域：
遗传和进化基因组学
承担科研项目情况：
.TRS_EditorP{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorDIV{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorTD{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorTH{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorSPAN{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorFONT{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorUL{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorLI{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt}.TRS_EditorA{LINE-HEIGHT:1.8;MARGIN-TOP:0px;FONT-FAMILY:宋体;MARGIN-BOTTOM:12px;FONT-SIZE:10.5pt} 1）肿瘤基因组学：个体的一生积累了众多的基因组变异，这是一个动态过程，并且具有个体或组织的特异性。我们将肿瘤或正常组织视为一个群体，单一细胞视为个体，在群体遗传学的理论构架上，以全新的微观思维来比较肿瘤与正常组织的起源与进化。从而在全基因组分析的层面上，揭示从体细胞突变的产生，到突变在细胞群体中的扩散和分化、并最终导致重要疾病如肿瘤发生的遗传机制和进化特点。为最终解释体细胞突变和肿瘤发生的分子机理，鉴别肿瘤发生的关键突变，和开发肿瘤基因治疗的新途径提供理论依据。
2）家养动物复杂形状和人工选择的基因组分析：相对于自然选择，人工选择是一种极强的选择压力，可以相当短的时间内，改变一种或几种具体可观察的表型。但是由于人工选择的性状往往是复杂性状，虽然人们已经了解了许多自然选择的遗传机制，但对人工选择在基因和基因组上的作用机制和规律仍然知之甚少。我们通过比较家养动物品种之间的基因组多态性、家养品种与其野生祖先基因组变异，应用基因组学和群体遗传学的分析方法，揭示人工选择的遗传机制。同时，找出大量与经济性状相关的基因，实现对家养动物重要经济性状相关基因的规模化挖掘，以应用于品种选育工作中。
另外，对于复杂性状，传统的QTLMapping方法不仅时间和人工消耗大，而且由于分辨率较低无法将测序范围缩小到包含直接关联基因或SNP的范围。我们正在发展一个全新的实验方案和动物模型（DrosophilaMelanogaster），结合人工诱变和全基因组测序技术，在全基因组的水平上对实验或自然种群的复杂性状实现基因定位。这种“正向遗传学”的方法，可以在全基因组水平上扫描具有弱效和上位表型效应的突变，然后快速而有效地鉴定致变遗传变异，从而揭示复杂性状的遗传结构。另一方面此模型可以扩展和应用于非模式生物或驯养动物的复杂性状遗传基础研究，和经济性状或品种的遗传改良。
3）物种形成的分子机制：相对于常染色体，X连锁基因在精子生成期间表达很少，而且表达量的调整具有时间性，使X与常染色体间达到一种平衡。种间杂交后，X与常染色体之间基因表达平衡的破坏（Haldane1922；Muller1942）可能是造成种间杂交雄性不育的原因。我们比较了果蝇两个物种杂交雄性可育和雄性不育系的全基因组基因表达差异。这两个品系仅在X连锁Odysseus(Ods)位点（已被报道是物种形成基因；Ting等1998，Sun等2004）上有差异，因此可以排除其他基因表达的影响，针对于物种生殖隔离基因揭示其造成杂交不育的基因表达调控水平的遗传机理。对于物种形成经典理论—Haldane的杂种雄性不育理论（Haldane’srule；Haldane1922），通过全基因组表达谱分析，从分子水平上阐明了杂种雄性不育是精子发生中X和常染色体相互不平衡作用的结果。在此基础上，我们将通过CHIP-seq和系统生物学的方法，在Drosophila几个物种中分析Odysseus的调控机理及其在不同物种中的差异，阐明物种形成基因进化的分子机制。
曾经或正在承担课题：
2000.10～2004.10中国科学院知识创新工程项目,子课题负责人，课题名称：“动物的种群遗传及其与生态适应的关系—特定环境下生态适应的对策及其遗传机制”；
2005,12～2008,12中山大学“百人计划”启动基金；
2007,01～2009,12国家自然科学基金青年项目，项目负责人，项目名称：“ZW性别决定系统的计量补偿：基因组序列及基因表达分析”；
2007,07～2011,08国家重点基础研究发展计划（973计划），项目名称：“人工选择与基因组进化”；子课题名称：“家犬的形态变异与基因组进化”；
2009,01～2010,12农业部转基因生物新品种培育重大专项，课题编号：2009ZX08009-149B，项目名称：“家猪经济性状基因的规模化发掘”，负责子任务二“基因组单核苷酸多态、基因组结构变异的扫描与分析”；
2009,6～2011，6中国科学院知识创新工程重大项目“癌症重大科学问题及防治新策略的研究”，参加子课题“癌症基因组和蛋白质组研究”；
2010，1～2010，12国家自然科学基金委主任基金“适应性进化的基因组学——通过第二代测序技术检测基因组变异”，课题第二负责人。
代表论著：
XLu,JShapiro,C-TTing,YLi,AJ.G,S-HLi,C-IWu.2010.Genome-widemisexpressionofX-linkedvs.autosomalgenesassociatedwithhybridmalesterility.GenomeResearch.(已接收)
HBao,YXiong,HGuo,RZhou,XLu,ZYang,YZhong,*SShi2009MapNext:asoftwaretoolforsplicedandunsplicedalignmentsandSNPdetectionofshortsequencereads.BMCGenomics10(Suppl3):S13-1-6
HBao,Hguo,RZhou,XLu,andSShi.2009MapView:visualizationofshortreadsalignmentondesktopcomputer.Bioinformatics.25(12):1554-1555
H-YWang,YFu,MMcPeek,XLu,SNuzhdin,AXu,JLu,M-LWu,andC-IWu.2008.ComplexgeneticinteractionsunderlyingexpressiondifferencesbetweenDrosophilaraces-Analysisofchromosomesubstitutions.PNAS25（17）:6362-6367
SLee,JBao,GZhou,JShapiro,JXu,RShi,XLu,etal.2005.Detectingnovellow-abundanttranscriptsinDrosophila.RNA11:939–946
LuX,Y-XFuandY-PZhang.2002.EvolutionaryPatternofMitochondrialCytochromebPseudogeneinGenusNycticebus.MolecularBiologyandEvolution.19:2337-2341
JQuan,XLu,ZZhuang,JDai,JDengandY-PZhang.2002.LowGeneticVariationofPenaeuschinensisasRevealedbyMitochondrialCOIand16SrRNAGeneSequences.BiochemicalGenetics.39(7):279-284.
HLuo,XLu,etal.2002.LengthPolymorphismofThymidylateSynthaseRegulatoryRegioninChinesePopulationsandEvolutionoftheNovelAlleles.BiochemicalGenetics.40(1/2):41-51
ShiP,XLu,etal.2001.Melanocortin-1ReceptorVariantsinFourChineseEthnicPopulations.CellResearch.11（1）:81-84
吕雪梅、王应祥、张亚平（2001）蜂候线粒体细胞色素b基因变异特点及系统发育分析。动物学研究22（2）：93-98。.
YaoY-G,XLu,etal.2000GeneadmixtureintheSilkRoadregionofChina:evidencefrommtDNAandmelanocortin1receptorpolymorphism.GenesGenet.Syst.75:173-178(YaoY-GandLüX-Msharingthefirstauthor)
LuX,ShiP,etal.2000.Melanocortin-1receptorgenemutationsandpolymorphisminChineseethnicpopulations.Am.J.ofHum.Genet.67(4):216
社会任职：
获奖及荣誉：
