生态与进化生物学系成立于2003年，是在原环境与资源生物学系的基础上经重新组合而形成的。该系注重于生态学、生物多样性和进化生物学的研究，从宏观和微观生物学角度探索生命现象和基本规律。该系设有植物学和生态学2个博士学位授予点，植物学、动物学和生态学3个硕士学位授予点，以及生物学博士后流动站。现有教学和科研人员20余人，其中教授6名（包括长江讲座教授1名）、副教授9名。现任系主任为卢宝荣教授。该系承担校、院的本科生和研究生各类基础学位课程近20门，如生物多样性科学导论、普通生物学、动物学、植物生物学、普通生态学、生物信息学和生命的进化等。

生态与进化生物学系的生态学是国家重点学科，申请的项目被列为“十五”“211工程”重点建设项目。该系拥有生物多样性和生态工程教育部重点实验室、生物多样性科学研究所和天然药物研究中心；设有基础生物学教学实验室、种群和进化生态学实验室、基因多样性和生物安全实验室、网络和地理信息系统实验室、生物信息学以及天然药物实验室。该系的研究领域偏重于宏观生物学和生物资源的保护及利用，并结合现代分子生物技术手段研究与生命进化和生态相关的科学命题。其主要研究方向包括：生物多样性科学的理论与方法；种群和进化生态学；基因多样性和生物安全；生物入侵与生态安全；城市生态与生态经济学；生物多样性信息学；资源生物学。结合研究生培养，该系以动物和植物为主要研究对象，开展生态学、遗传学、生理生化、种群生物学、生物安全、系统与进化生物学和生物信息学等多学科的研究，

近三年承担了国家自然科学基金、“863”、上海市多项重要项目、美国、加拿大、日本等多项国际合作项目，总经费达2000万元以上。在SCI收录刊物上发表了50余篇研究论文，处于国内先进水平。学科优势主要表现在：①主要研究方向均属国际生态学前沿；②研究队伍中，有一批学术思想活跃、研究成果卓著并具有很强的国际交流能力的优秀中青年学者。