微生物学是一个正在飞速发展的学科，它与生命科学和现代生活的几乎每一个方面密切相关。微生物学和微生物工程系是生命科学学院五个系科之一，它于1986年生命科学学院成立时，由原来的微生物教研室和病毒学研究室合并而成。微生物学专业是国内建立最早、课程设置最完整的专业之一。1981年经国务院批准，有权授予微生物学和病毒学硕士学位，病毒学专业同时有博士学位授予权。根据1997年国务院学位委员会修订的学科目录，病毒学博士点被拓宽为微生物学博士点，修订后的专业主要包括以下研究方向：微生物分子遗传学及遗传工程、分子病毒学和分子免疫学。主要课程有分子病毒学、分子免疫学、遗传工程进展和现代微生物学专题等。

盛祖嘉、王鸣歧、李君瓔等教授对学科的创建和发展作出了极大的贡献。本系的教学和研究工作在复旦有悠久的传统，取得了很好的成绩。近年来，承担多项国家、省市部委的重大科研课题，从1978年以来，已发表380余篇论文，获22项国家、省市部委奖励，出版教材40余本。周德庆教授编写的微生物学教程获教育部优秀教材一等奖，微生物学课程获得国家级优秀教学成果二等奖、上海市优秀教学成果一等奖。于善谦教授等编写的免疫学导论获教育部优秀教材二等奖。本系现有教授3名，兼职教授4名，副教授6名。现任系主任为宋大新副教授，副系主任为徐德强副教授。闻玉梅院士为本系名誉系主任。

目前本系开展的研究工作，主要针对二十一世纪人类面临的工、农、医、环境、资源等领域中的微生物学问题，运用现代微生物学的新技术、新方法和新思路进行探索，力求在理论上和应用上取得突破。研究课题包括口蹄疫病毒疫苗的基因工程研制；结核分枝杆菌的蛋白组学、耐药机理及疫苗研制；病毒分子生物学及其在农业上和医学上的应用；乙肝病毒的免疫耐受性机制；氨基酸途径工程和全局调控机理；多肽类药物的基因工程研制等。在这些领域中正承担多项国家“863”“973”项目、自然科学基金面上项目以及上海市重点项目。