生物化学系的前身为复旦大学生物系生物化学专业，成立于1958年，是在原中科院生物化学研究所、复旦大学生物系和化学系的共同帮助下成立的。1986年复旦生命科学学院成立之际独立成生物化学系。目前该系有教授5人（博导4人），副教授7人，几乎全部为留学回国人员，现任系主任黄伟达教授。

生物化学是研究生命现象的语言，是现代生命科学所有分支的基础。生物化学系除了为全院学生讲授生物化学理论知识和训练实验操作技能外，其主要师资力量集中在科研工作上，承担了各类国家、省市、地方、企业和国际合作研究的研究课题。研究课题集中在动植物、微生物的基因表达，信号转导途径，糖生物化学，酶学与酶工程学，药物递送技术，天然药物分离纯化，疾病发生与治疗相关等方向，这些研究方向均与国民经济和社会发展密切相关。目前有硕、博研究生近五十人，是一个以年青人为主体的研究队伍。