南方医科大学攻读博士学位研究生培养方案一、专业名称生物物理学（生物信息学）（Bioinformatics）二、培养目标1. 培养德智体全面发展，在生物信息学专业具有坚实的理论基础、系统的专业知识和专业技能，熟悉科学研究的基本环节，具有独立开展本学科教学、管理工作和创新性科研能力的复合型高素质专业人才。2. 具有严谨的科学态度和敬业精神；注重知识、能力和综合素质的培养。3. 掌握一门外语，有较强的听说读写能力并能熟练地阅读本专业的外文资料。4. 身心健康。
三、研究方向1. 基因组信息学2. 统计遗传学3. 计算生物学和计算基因组学4. 系统生物学5. 医学信号检测
四、招生对象1. 已获得硕士学位人员；2. 应届硕士毕业生（最迟须在入学前取得硕士学位）；3. 以同等学力报考应符合下列条件之一：1）获得学士学位（医学或工学相关专业）满6年、副高以上专业技术职务，且已参加了我校硕士学位课程班学习并获得结业证书者;2）获得学士学位（医学或工学相关专业）满6年、正高以上专业技术职务，且近三年公开发表不少于3篇核心期刊学术论文或作为第一负责人，至少拥有1项省（部）级以上在研课题；4. 报考国家计划内博士生的年龄不超过45周岁，报考委托培养或自筹经费的考生年龄不限。
五、学习年限实行弹性学制，一般为2-6年，基准学制为3年。
六、课程设置（必修课程、选修课程、教学实践）（一）必修课
| 1. | 英 语（English） | 129学时 |
| 2. | 现代科技革命与马克思主义（Revolution in Modern Science and Technology andMarxism） | 54 学时 |
（二）专业基础课
| 1. | 计算生物学（Computational Biology） | 100学时 |
| 2. | 生物统计学（Biostatistics） | 100学时 |
| 3. | 分子生物学（Molecular Biology） | 100学时 |
| 4. | 细胞生物学（Cell Biology） | 100学时 |
（三）专业课
| 1. | 生物信息学（Bioinformatics） | 200学时 |
（四）选修课
| 1. | SPSS统计软件应用（Application of SPSS Software） | 33 学时 |
| 2. | 细胞信息检测（Tests on Cell Information） | 36 学时 |
| 3. | 医学专题讲座（Lectures on Medical Subjects） | 33 学时 |
（五）教学实践带教生物信息学本科生专业实验课40学时。
七、培养方式1. 政治理论学习与经常性思想教育相结合，注重思想品德和学风的培养。研究生应认真学习好政治理论课程，积极参加政治学习，积极参加学校、学院和研究生学院组织的社团活动，不断提高政治思想水平和社会工作能力。2. 课程学习与实际研究工作相结合，注重提高素质，强化能力培养。研究生应认真学习好基础与专业基础，达到基础深厚、专业扎实，专业课和专业基础课程由导师根据学生的个人情况和课题需要选定，博士生至少二门专业基础课和一门专业课，自学为主，中期考核时考核。同时，要注重在实际研究工作中培养独立获取新知识的能力，培养独立工作与创新能力。3. 坚持理工医结合，培养学生具有理工医复合型知识结构。在授课与研究工作中都要坚持理工医结合，利用所学的多学科的理论、知识与方法，解决医学与生物学研究领域中的问题，注重培养学生具有理工医结合的复合型知识结构和技能，善于同多种学科的人员开展学术合作。4. 教师指导与学生自学相结合，逐步完成从单纯学习到独立工作的转变。教师在授课与指导过程中，既要注意提高学生的素质，又要注意培养学生的能力。研究生在学科课程与进行理论研究过程中，既要学好理论知识，又要注意提高自己独立获取知识与独立解决问题的工作能力，通过在教师指导下的学习与实际研究工作的锻炼，逐步完成从单纯学习到独立工作的转变。5. 博士学位论文选题论文选题应在认真做好文献综述的基础上确定。应鼓励研究生参与导师承担的科研项目，注意选择有重要应用价值的课题。研究生要求在第二学期末，最迟在第三学期的头一个月内完成选题及开题报告工作。6. 中期检查博士生实行中期检查制度，要求在第四学期完成。考核内容包括：思想表现、科研能力、论文的设计与准备及健康状况等。考核合格者进入博士论文研究与写作阶段；考核不合格者，按《南方医科大学研究生学籍管理实施细则》的有关规定处理。
八、考核方式1. 课程考核公共必修课、专业基础课和专业课均为考试科目。考试成绩和考试试卷在课程考核完成后一并交主管部门存档。2. 合格标准学位课(包括公共必修课、专业基础课和专业课)考试成绩70分为合格；其余课程考核成绩60分为及格。3. 补考1) 学位课程考试不合格，允许补考一次，但补考不得超过一门。选修课程必须参加考试或考核，不及格者不能补考，但可重修或补修其它课程，且须缴纳相应费用。2) 补考时间最迟安排在下一学年内进行，命题人员由相关教研室指定。补考成绩按实际分数记载，记入学分并注明补考字样。4．中期考核安排在第二学年第四学期初进行，重点考核研究生的业务水平、科研能力、教学能力及课题研究的进展与水平。考核方式采取研究生本人汇报与考核小组考核相结合、口试、笔试相结合、采取量化考评的方式进行。具体按“南方医科大学研究生中期考核规定”执行。
九、学位论文学位论文格式和要求按照《南方医科大学研究生学位论文格式规定》和《南方医科大学学位评定与授予实施细则》的相关规定执行。
十、论文答辩和学位授予论文答辩和学位授予的要求按照《南方医科大学学位评定与授予实施细则》的相关规定执行。
十一、参考书目1．《生物信息学》人民卫生出版社，李霞2. 《生物信息学序列与基因组分析》科学出版社，David W. Mount3. 《DNA芯片（B辑）数据和分析》科学出版社，Alan Kimmel4. 《基因表达谱数据挖掘方法研究》科学出版社，黄德双5. 《统计建模与R软件》清华大学出版社，薛毅陈立萍6. 《Perl语言入门》东南大学出版社，Schwartz, Phoenix, Foy, 盛春，蒋永清，王晖译7. 《Bioconductor Case Studies》, Springer8. 《An introduction to GENETIC ANALYSIS》by Anthony J.F. Griffiths9. 《PHYLOGENETICS—Theory and Practice of Phylogenetic Systematics》 WILEY-BLACKWELL, E. O. Wiley, Bruce S. Lieberman主要杂志类1. Bioinformatics OXFORD JOURNALS,2. BMC Bioinformatics,3. Nature4. Science5. PNAS6. BMC Evolution7. PLOS Genetics8. Genome Research
