The Development of Genomics Technologies Drives New Progress in Horticultural Plant Research
Jiali Tang, Jie Qiu, Xuehui Huang,*Shanghai Key Laboratory of Plant Molecular Sciences, College of Life Sciences, Shanghai Normal University, Shanghai 200234, China通讯作者:
责任编辑: 孙冬花
收稿日期:2019-12-15接受日期:2019-12-17网络出版日期:2020-01-01
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Corresponding authors:
Received:2019-12-15Accepted:2019-12-17Online:2020-01-01
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唐嘉瓅, 邱杰, 黄学辉. 基因组学技术大发展助力园艺植物研究取得新进展. 植物学报, 2020, 55(1): 1-4 doi:10.11983/CBB19240
Tang Jiali, Qiu Jie, Huang Xuehui.
园艺植物是一类可供观赏或食用植物的统称, 通常具有较高的经济价值。广义上说, 园艺植物包括花卉、蔬菜、果树、部分瓜类(如西瓜(Citrullus lanatus)和甜瓜(Cucumis melo))和茶树(Camellia sinensis), 种类繁多, 资源非常丰富。目前, 全世界常见的观赏植物有8 000多种, 蔬菜1 000多种, 果树2 800多种。不同于主要粮食作物(如水稻(Oryza sativa)、玉米(Zea mays)、小麦(Triticum aestivum)、谷子(Setaria italica)和高粱(Sorghum bicolor))大多集中在禾本科, 园艺植物在植物分类上涉及大量物种。有的园艺植物在物种进化位置上非常特殊, 是探索不同类型植物起源以及特殊生理功能演化的重要切入点。例如, 基于葡萄(Vitis vinifera)基因组研究, 研究者发现了核心双子叶祖先六倍化事件(The French-Italian Public Consortium for Grapevine Genome Characterization, 2007)。此外, 园艺植物的遗传改良, 尤其是特色新品种(如特殊花型、花色和花期)的培育, 在生产上也具有重要的经济意义。
基因组学技术的飞速发展为园艺植物研究注入了新的活力。大约10年前, 第二代测序技术开始商业化普及, 在测序通量上大大超过传统的桑格测序方法, 成本也随之大幅下降, 使得包括园艺植物在内的大量物种全基因组参考序列的测定和遗传群体的大规模基因分型成为可能。很多园艺植物的基因组较大(多倍体或含有大量的重复序列), 而且不少园艺植物由于异花授粉使得全基因组杂合度较高, 通过二代测序技术很难获取高质量的基因组图谱。近几年, 第三代测序技术逐渐成熟, 实现了长片段测序, 单条读长可达几万甚至几十万个碱基对, 对于一些复杂园艺植物基因组组装帮助很大。与此相对应, 生物信息学分析方法也在不断地改进和升级, 新的研究思路不断涌现。DNA测序技术、研究设计方案及生物信息学软件功能的实用化和便捷化极大地推动了园艺植物的基因组学和遗传学研究及育种改良。目前, 已陆续完成了几十种重要园艺植物全基因组精细序列的图谱绘制。其中, 近日完成并公开发表的蓝星睡莲(Nymphaea colorata)基因组图谱及其进化分析就是一个典型代表。
睡莲是一种常见的水生观赏植物, 北京的颐和园、扬州的瘦西湖和上海的辰山植物园均有栽培。坐游船, 赏睡莲, 也已成为许多夏季公园的娱乐项目。因睡莲与双子叶植物荷花外观相似, 人们经常会混淆。其实, 睡莲与荷花(Nelumbo nucifera)是完全不同的植物(情况与蜡梅(Chimonanthus praecox)和梅花(Prunus mume)类似, 常常被误解, 其实它们分属于单双子叶过渡类群和典型双子叶植物纲), 亲缘关系很远。最近20年, 科学家运用新的分子生物学技术进行分类, 惊奇地发现睡莲与无油樟(Amborella trichopoda)植物一样具有非常特殊的进化地位, 在系统发育关系上处于被子植物的基部, 即睡莲既不是双子叶植物也不是单子叶植物(Chen et al., 2017)。作为被子植物起源的重要节点, 睡莲与无油樟和八角茴香(Illicium verum)等植物都属于早期开花植物类群(图1)。开花植物有近30万种, 起源于约2亿年前, 睡莲等早期开花植物的基因组学研究是了解被子植物起源和进化的关键一环, 因此备受植物和进化学家关注。由于无油樟目与睡莲目之间的确切关系至今尚不明了, 尽管已经完成了无油樟基因组测序工作, 但并未解决其系统位置上的分歧。鉴于睡莲的基因组学研究工作可为被子植物进化研究提供资源, 故显得尤为重要。
图1
新窗口打开|下载原图ZIP|生成PPT图1植物系统发育关系简图
在植物系统发育过程中, 睡莲是比较基础的原始被子植物, 而荷花(Nelumbo nucifera)位于高等的双子叶植物中。
Figure 1Plant phylogeny diagram
According to plant phylogeny, water lilies belong to primitive angiosperms, while lotuses belong to typical dicotyledons.
近日, 福建农林大学张亮生团队联合国内外多家单位, 基于三代测序技术率先完成了蓝星睡莲(N. colorata)基因组测序和组学分析(Zhang et al., 2019)。基于睡莲基因组和转录组信息, 阐明了睡莲的进化位置和相关的被子植物演化过程。该研究报道了蓝星睡莲的基因组序列, 通过系统发育组分析揭示了睡莲和无油樟属于早期被子植物类群, 并支持无油樟是最早的被子植物类群。通过基因组和转录组分析, 发现睡莲科甚至睡莲目祖先经历过一次基因组加倍事件。对鉴定到的睡莲中与花香和蓝色花瓣相关的次生代谢物的合成途径进行比较分析, 发现睡莲与核心被子植物平行进化出了花香合成等生物学功能。此外, 研究者通过对睡莲基因组中花发育相关的MADS-box基因进行分析, 提出了早期被子植物中花器官发育的ABCE模型。由于蓝星睡莲独特的系统发育位置, 该研究不仅解决了谁是现存最基部被子植物的问题, 也为被子植物的早期进化提供了重要线索, 对后续的植物进化分类及重要基因的功能研究均有一定的启示。
此外, 园艺植物的基因组学研究也有助于人们深入理解一些特殊的生理学功能(如光合作用)。景天酸代谢途径是生长在热带及亚热带干旱及半干旱地区的部分植物演化出的一种光合作用中固定二氧化碳的附加途径, 表现为叶片气孔白天关闭, 夜间开放, 因最早在景天科植物中发现而得名。凤梨科植物大多有景天酸代谢途径。福建农林大学明瑞光团队近年绘制并完善了高质量菠萝(Ananas comosus)基因组图谱(Ming et al., 2015; Chen et al., 2019)。凤梨科菠萝基因组的解析为光合作用中景天酸途径的研究提供了许多分子层面的线索。
基于这些园艺植物的高质量基因组序列, 未来研究者有望开展深入的分子遗传学研究, 并可将基础研究成果应用于园艺植物的育种改良。以睡莲为例, 该物种在自然界分布广泛, 甚至新疆的一些寒冷地区也有分布, 具有很强的适应性; 睡莲不同园艺品种间有着丰富的种内变异, 包括不同花型、花色及不同程度的花香。借助基因组学等工具平台和数量遗传学思路, 研究者很有可能鉴定出控制这些性状的功能基因及关键变异, 从而通过分子育种手段快速培育出具有预期性状的新品种, 并通过无性繁殖将这些理想基因型固定。近期, 中国农业科学院的研究工作者通过对葫芦科西瓜、甜瓜的重测序和全基因组关联分析, 找出若干控制果实含糖量、瓤色和形状等性状的基因位点(Zhao et al., 2019; Guo et al., 2019); 浙江大学张明方团队通过正向遗传学方法精确定位和鉴定了西瓜果皮耐裂基因(Liao et al., 2019)。这些园艺植物分子遗传学取得的成果将会加深我们对高等植物演化的理解, 为植物进化分类提供重要依据; 同时也有望揭开植物一些特殊生理功能背后的分子机制, 并进一步推动育种方法的革新和新品种创制。
参考文献 原文顺序
文献年度倒序
文中引用次数倒序
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Water lilies as emerging models for Darwin’s abominable mystery
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... 睡莲是一种常见的水生观赏植物, 北京的颐和园、扬州的瘦西湖和上海的辰山植物园均有栽培.坐游船, 赏睡莲, 也已成为许多夏季公园的娱乐项目.因睡莲与双子叶植物荷花外观相似, 人们经常会混淆.其实, 睡莲与荷花(Nelumbo nucifera)是完全不同的植物(情况与蜡梅(Chimonanthus praecox)和梅花(Prunus mume)类似, 常常被误解, 其实它们分属于单双子叶过渡类群和典型双子叶植物纲), 亲缘关系很远.最近20年, 科学家运用新的分子生物学技术进行分类, 惊奇地发现睡莲与无油樟(Amborella trichopoda)植物一样具有非常特殊的进化地位, 在系统发育关系上处于被子植物的基部, 即睡莲既不是双子叶植物也不是单子叶植物(
The bracteatus pineapple genome and domestication of clonally propagated crops
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... 此外, 园艺植物的基因组学研究也有助于人们深入理解一些特殊的生理学功能(如光合作用).景天酸代谢途径是生长在热带及亚热带干旱及半干旱地区的部分植物演化出的一种光合作用中固定二氧化碳的附加途径, 表现为叶片气孔白天关闭, 夜间开放, 因最早在景天科植物中发现而得名.凤梨科植物大多有景天酸代谢途径.福建农林大学明瑞光团队近年绘制并完善了高质量菠萝(Ananas comosus)基因组图谱(
Resequencing of 414 cultivated and wild watermelon accessions identifies selection for fruit quality traits
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2019
... 基于这些园艺植物的高质量基因组序列, 未来研究者有望开展深入的分子遗传学研究, 并可将基础研究成果应用于园艺植物的育种改良.以睡莲为例, 该物种在自然界分布广泛, 甚至新疆的一些寒冷地区也有分布, 具有很强的适应性; 睡莲不同园艺品种间有着丰富的种内变异, 包括不同花型、花色及不同程度的花香.借助基因组学等工具平台和数量遗传学思路, 研究者很有可能鉴定出控制这些性状的功能基因及关键变异, 从而通过分子育种手段快速培育出具有预期性状的新品种, 并通过无性繁殖将这些理想基因型固定.近期, 中国农业科学院的研究工作者通过对葫芦科西瓜、甜瓜的重测序和全基因组关联分析, 找出若干控制果实含糖量、瓤色和形状等性状的基因位点(
Ethylene-responsive factor 4 is associated with the desirable rind hardness trait conferring cracking resistance in fresh fruits of watermelon
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... 基于这些园艺植物的高质量基因组序列, 未来研究者有望开展深入的分子遗传学研究, 并可将基础研究成果应用于园艺植物的育种改良.以睡莲为例, 该物种在自然界分布广泛, 甚至新疆的一些寒冷地区也有分布, 具有很强的适应性; 睡莲不同园艺品种间有着丰富的种内变异, 包括不同花型、花色及不同程度的花香.借助基因组学等工具平台和数量遗传学思路, 研究者很有可能鉴定出控制这些性状的功能基因及关键变异, 从而通过分子育种手段快速培育出具有预期性状的新品种, 并通过无性繁殖将这些理想基因型固定.近期, 中国农业科学院的研究工作者通过对葫芦科西瓜、甜瓜的重测序和全基因组关联分析, 找出若干控制果实含糖量、瓤色和形状等性状的基因位点(
The pineapple genome and the evolution of CAM photosynthesis
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2015
... 此外, 园艺植物的基因组学研究也有助于人们深入理解一些特殊的生理学功能(如光合作用).景天酸代谢途径是生长在热带及亚热带干旱及半干旱地区的部分植物演化出的一种光合作用中固定二氧化碳的附加途径, 表现为叶片气孔白天关闭, 夜间开放, 因最早在景天科植物中发现而得名.凤梨科植物大多有景天酸代谢途径.福建农林大学明瑞光团队近年绘制并完善了高质量菠萝(Ananas comosus)基因组图谱(
The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla
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2007
... 园艺植物是一类可供观赏或食用植物的统称, 通常具有较高的经济价值.广义上说, 园艺植物包括花卉、蔬菜、果树、部分瓜类(如西瓜(Citrullus lanatus)和甜瓜(Cucumis melo))和茶树(Camellia sinensis), 种类繁多, 资源非常丰富.目前, 全世界常见的观赏植物有8 000多种, 蔬菜1 000多种, 果树2 800多种.不同于主要粮食作物(如水稻(Oryza sativa)、玉米(Zea mays)、小麦(Triticum aestivum)、谷子(Setaria italica)和高粱(Sorghum bicolor))大多集中在禾本科, 园艺植物在植物分类上涉及大量物种.有的园艺植物在物种进化位置上非常特殊, 是探索不同类型植物起源以及特殊生理功能演化的重要切入点.例如, 基于葡萄(Vitis vinifera)基因组研究, 研究者发现了核心双子叶祖先六倍化事件(
The water lily genome and the early evolution of flowering plants
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2019
... 近日, 福建农林大学张亮生团队联合国内外多家单位, 基于三代测序技术率先完成了蓝星睡莲(N. colorata)基因组测序和组学分析(
A comprehensive genome variation map of melon identifies multiple domestication events and loci influencing agronomic traits
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2019
... 基于这些园艺植物的高质量基因组序列, 未来研究者有望开展深入的分子遗传学研究, 并可将基础研究成果应用于园艺植物的育种改良.以睡莲为例, 该物种在自然界分布广泛, 甚至新疆的一些寒冷地区也有分布, 具有很强的适应性; 睡莲不同园艺品种间有着丰富的种内变异, 包括不同花型、花色及不同程度的花香.借助基因组学等工具平台和数量遗传学思路, 研究者很有可能鉴定出控制这些性状的功能基因及关键变异, 从而通过分子育种手段快速培育出具有预期性状的新品种, 并通过无性繁殖将这些理想基因型固定.近期, 中国农业科学院的研究工作者通过对葫芦科西瓜、甜瓜的重测序和全基因组关联分析, 找出若干控制果实含糖量、瓤色和形状等性状的基因位点(
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