0 引言
【研究意义】中国是世界宽皮柑橘的起源中心,宽皮柑橘种类丰富多样,至今仍有野生宽皮柑橘的分布[1],这为研究宽皮柑橘的起源和演化提供了重要材料。现有的研究表明宽皮柑橘是柑橘属下的基本种之一,但由于宽皮柑橘与柑橘属下的其他种易发生种间杂交,导致其种类繁多,不仅增加了鉴定难度,其亚种或类群的划分一直以来也存在较大的争议[2]。通过基因分型对宽皮柑橘种质进行甄别和鉴定不仅是资源收集、保存、评价和利用的基本要求,也为宽皮柑橘品种类群的划分、起源演化的研究、柑橘植物新品种权的保护和认定提供更加科学、充分的依据。在长期的栽培、驯化历史过程中,来源于不同地域的宽皮柑橘可能保留了明显的具有地域特征的遗传差异。因此,对不同地理来源的宽皮柑橘进行遗传多样性研究,有助于了解这些材料的遗传背景,从而为宽皮柑橘的育种提供可利用的基因资源。【前人研究进展】目前对宽皮柑橘种质的鉴定除利用植物形态学特征进行分辨外,也采用分子标记技术[3-4]和基因测序技术[5]。储春荣等[3]利用SSR、Indel等分子标记证实了苏州地区的黄皮橘、朱红橘是两类重要且较为古老的橘类资源,长江上游流域的红橘是与朱红橘不同的另一古老橘类品种;高恒锦等[4]利用类似的方法证实了起源于中国南岭山脉的野生宽皮柑橘是一类独特的原始野生宽皮柑橘类型,表明原始野生柑橘可能是宽皮柑橘中的初生种。WU等[5]通过对柑橘全基因组进行比较分析后,发现克里曼丁的基因组中有柚类基因的渗入,而来自中国的1份野生宽皮柑橘与其他宽皮柑橘存在明显的遗传差异。近来随着高通量测序技术的发展,基因分型的成本持续降低,GBS技术作为第二代深度测序基础上发展起来的简化基因组测序技术,通过采用酶切加标签的方法,使多样本高通量平行测序得以实现[6-7]。这不仅大大降低了基因测序的成本,也使对大样本全基因组的基因分型成为可能,对深入了解种质资源的遗传背景和系统演化具有重要意义[8-10]。同时GBS获得的短读序列可通过有参或无参基因组的形式进行拼接组装,进而获得高密度的SNP标记,利用这些SNP标记或者开发的bin标记可进行遗传图谱构建[11-12]、遗传图谱加密[13-15]、全基因组关联分析（GWAS）[16-18]及基因组的辅助组装等研究。目前GBS技术作为基因分型的重要手段,已经在遗传图谱构建[11-12,19-20]、遗传选择[10]、基因多样性研究[21-23]、种质鉴定[24-25]及品种识别[26-27]等领域得到广泛的应用。【本研究切入点】宽皮柑橘中的古老地方品种、野生资源在中国极其丰富,但国外对这些资源的研究很少涉及,因此,中国的野生和地方宽皮柑橘品种的遗传多样性值得深入研究。基于GBS技术的低成本、高通量和不依赖参考基因组等特点[28],将其用于宽皮柑橘种质资源的基因分型是可行的。【拟解决的关键问题】利用GBS技术对240份宽皮柑橘的野生资源、地方品种以及国内外培育的杂种材料进行基因分型,通过系统演化和遗传多样性分析,以阐明这些宽皮柑橘的遗传背景及起源和演化。1 材料与方法
试验于2016年在中国农业科学院柑橘研究所进行。1.1 试验材料
本研究采用的240份宽皮柑橘材料均采自国家果树种质重庆柑橘资源圃,这些宽皮柑橘种质来自于不同时期、不同地区的资源收集活动,包括起源于中国南方地区的野生宽皮柑橘15份,地方品种77份,选育品种140份,遗传材料8份。在选育品种中包括有清见杂种材料11份,爱媛30号及爱媛28号杂种材料19份。这240份宽皮柑橘材料中来源于日本的温州蜜柑有40份,来源于欧美的宽皮柑橘材料32份,尼泊尔材料5份,其余为国内材料,具体材料名单见电子版附表1。Table 1
附表1
附表1240份宽皮柑橘资源
Table 1240 accessions of mandarin germplasm used in this study
| 编号 Code | 材料名称 Common name | 种名 Specific name | 原产地 Material source | 类型 Type | 进化树类群划分 Group in the phylogenetic tree |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 八月橘 Bayue ju | Citrus reticulata Blanco | 湖南洪江 Hongjiang, Hunan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 2 | 曼谷橘 Mangu ju | Citrus reticulata Blanco | 尼泊尔 Nepal | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 3 | 砂糖橘 Shatang ju | Citrus reticulata Blanco | 广东四会 Sihui, Guangdong | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 4 | 橘橙22-53 Tangor 22-53 | Citrus tangor | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 遗传材料 Genetic material | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 5 | 帕森特 Parson's special mandarin | Citrus reticulata Blanco | 墨西哥 Mexico | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 6 | 默科特橘橙 Murcott tangor | Citrus tangor | 美国 America | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅴ Group Ⅴ |
| 7 | 阿匹热诺 Apireno | Citrus deliciosa Ten. | 意大利 Italy | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 8 | 岩崎早生温州 Iwasaki wase | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 9 | 东华蜜橘 Donghua miju | Citrus kinokuni hort.ex Tanaka | 江西南丰 Nanfeng, Jiangxi | 地方品种 Landrace | 类群Ⅲ Group Ⅲ |
| 10 | 弗来蒙特橘 Fremont | Citrus reticulata Blanco | 美国 America | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 11 | 无核本地早 Seedless bendizao | Citrus succosa Hort.ex Tanaka | 陕西城固 Chenggu, Shanxi | 遗传材料 Genetic material | 类群Ⅳ Group Ⅳ |
| 12 | 城固冰糖橘 Chenggu bingtang ju | Citrus reticulata Blanco | 陕西城固 Chenggu, Shanxi | 地方品种 Landrace | 类群Ⅳ Group Ⅳ |
| 13 | 大头料红 Datou liaohong | Citrus reticulata Blanco | 江苏 Jiangsu | 地方品种 Landrace | 类群Ⅲ Group Ⅲ |
| 14 | 早香 Hayaka | Citrus reticulata Blanco | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 15 | 蜜可露 Miho-Core | Citrus tangor | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 16 | 印度酸橘 Cleopatra mandarin | Citrus reshni Hort. Ex Tan. | 印度 India | 野生资源 Wild germplasm | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 17 | 晚蜜2号 Wanmi No.2 | Citrus sinensis (L.) Osb. / Citrus unshiu Macf. | 重庆北碚歇马 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 18 | 莽山橘 Mangshang ju | Citrus daoxianensis S.W.He | 湖南郴州宜章县莽山 Mangshan, Hunan | 野生资源 Wild germplasm | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 19 | 早橘 Zaoju 79-6 | Citrus reticulata Blanco | 浙江黄岩 Huangyan, Zhejiang | 地方品种 Landrace | 类群Ⅲ Group Ⅲ |
| 20 | 六月黄温州 Liuyuehuang | Citrus unshiu Macf. | 湖南桂阳 Guiyang, Hunan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 21 | 韦尔金橘 Wilking mandarin | Citrus reticulata Blanco | 美国加州 California, America | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅴ Group Ⅴ |
| 22 | 白驹福橘 Baiju fuju | Citrus reticulata Blanco | 江苏白驹 Baiju, Jiangsu | 地方品种 Landrace | 类群Ⅲ Group Ⅲ |
| 23 | 朱红 Zhuhong | Citrus erythrosa Hort.ex Tan. | 浙江黄岩 Huangyan, Zhejiang | 地方品种 Landrace | 类群Ⅲ Group Ⅲ |
| 24 | 久贺早生 Kuka wase | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 25 | 清见杂种3 Hybrid of kiyomi No.3 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅺ Group Ⅺ |
| 26 | 华农本地早 Huanong bendizao | Citrus succosa Hort.ex Tanaka | 湖北武汉 Wuhan, Hubei | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 27 | 贡柑 Gonggan | Citrus reticulata Blanco | 广东德庆 Deqing, Guangdong | 地方品种 Landrace | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 28 | 本地广橘 Bendi guangju | Citrus nobilis Loureiro | 浙江黄岩 Huangyan, Zhejiang | 地方品种 Landrace | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 29 | 和平92号红橘 Heping No.92 hongju | Citrus tangerina hort.ex Tanaka | 四川巴县 Baxian, Sichuan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 30 | 418红橘 Hongju No.418 | Citrus tangerina hort.ex Tanaka | 重庆北碚歇马 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 31 | 南橘 Nanju | Citrus reticulata Blanco | 湖南沅江组莲乡株尖山村 Yuanjiang, Hunan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅲ Group Ⅲ |
| 32 | 沙柑 Shagan | Citrus nobilis Loureiro | 广西桂林 Guilin, Guangxi | 地方品种 Landrace | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 33 | 黄果柑 Huangguo gan | Citrus tangor | 四川汉源桂贤乡 Hanyuan, Sichuan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅵ Group Ⅵ |
| 34 | 冰糖香柑 Bingtang xianggan | Citrus reticulata Blanco | 重庆江津下湾 Jiangjin, Chongqing | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 35 | 粗皮狗屎柑 Cupi goushi gan | Citrus reticulata Blanco | 重庆合川 Hechuan, Chongqing | 野生资源 Wild germplasm | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 36 | 细皮狗屎柑 Xipi goushi gan | Citrus reticulata Blanco | 重庆合川 Hechuan, Chongqing | 野生资源 Wild germplasm | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 37 | 旺苍皱皮柑 Wangcang zhoupi gan | Citrus reticulata Blanco | 四川旺苍 Wangcang, Sichuan | 野生资源 Wild germplasm | 类群Ⅳ Group Ⅳ |
| 38 | 江津酸橘 Jiangjin suanju | Citrus sunki(Hayata)hort.ex Tanaka | 重庆江津 Jiangjin, Chongqing | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 39 | 凭祥红皮橘 Pingxiang hongpi ju | Citrus reticulata Blanco | 广西凭祥 Pingxiang, Guangxi | 地方品种 Landrace | 类群Ⅲ Group Ⅲ |
| 40 | 古蔺金钱橘 Gulin jinqian ju | Citrus reticulata Blanco | 四川古蔺 Gulin, Sichuan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 41 | 汉源黄果柑 Hanyuan huangguo gan | Citrus tangor | 四川汉源桂贤乡 Hanyuan, Sichuan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅵ Group Ⅵ |
| 42 | 克里曼丁×本地早（9147） Clementina ×Bendizao (9147) | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 遗传材料 Genetic material | 类群Ⅳ Group Ⅳ |
| 43 | 兴义大红袍 Xingyi dahongpao | Citrus reticulata Blanco | 贵州兴义 Xingyi, Guizhou | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 44 | 桂平朱砂橘 Guiping zhusha ju | Citrus reticulata Blanco | 广西桂平 Guiping, Guangxi | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 45 | 沅江南橘 Yuanjiang nanju | Citrus reticulata Blanco | 湖南沅江 Yuanjiang, Hunan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅲ Group Ⅲ |
| 46 | 乌干达橘 Uganda ju | Citrus reticulata Blanco | 乌干达 Uganda | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 47 | 秤砣红橘 Chengtuo hongju | Citrus tangerina hort.ex Tanaka | 重庆江津 Jiangjin, Chongqing | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 48 | 少核朱红橘 Shaohe zhuhong ju | Citrus reticulata Blanco | 陕西城固 Chenggu, Shanxi | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅲ Group Ⅲ |
| 49 | 永顺蜜橘 Yongshun miju | Citrus reticulata Blanco | 湖南湘西 Xiangxi, Hunan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 50 | 滑皮橘 Huapi ju | Citrus reticulata Blanco | 湖南道县 Daoxian, Hunan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 51 | 大香柑 Da xianggan | Citrus reticulata Blanco | 重庆江津 Jiangjin, Chongqing | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 52 | 年橘 Nianju | Citrus haniana Hort.ex Tseng | 广东龙门 Longmen, Guangdong | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 53 | 草橘 Caoju | Citrus reticulata Blanco | 湖北郑县 Zhengxian, Hubei | 地方品种 Landrace | 类群Ⅵ Group Ⅵ |
| 54 | 圆红香柑 Yuanhong xianggan | Citrus reticulata Blanco | 重庆江津 Jiangjin, Chongqing | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 55 | 朱砂柑-1 Zhusha gan-1 | Citrus reticulata Blanco | 广西贺州 Hezhou, Guangxi | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 56 | 1-1 Hybrid of 1-1 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅷ Group Ⅷ |
| 57 | 专有橘 Parson special mandarin | Citrus reticulata Blanco | 美国 America | 地方品种 Landrace | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 58 | 1-2 Hybrid of 1-2 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅷ Group Ⅷ |
| 59 | 1-3 Hybrid of 1-3 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅷ Group Ⅷ |
| 60 | 白橘 Baiju | Citrus reticulata Blanco | 云南建水 Jianshui, Yunnan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 61 | 本地早 Bendizao | Citrus succosa Hort.ex Tanaka（ | 浙江黄岩 Huangyan, Zhejiang | 地方品种 Landrace | 类群Ⅳ Group Ⅳ |
| 62 | 1-4 Hybrid of 1-4 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅷ Group Ⅷ |
| 63 | 1-5 Hybrid of 1-5 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅷ Group Ⅷ |
| 64 | 槾橘 Manju | Citrus reticulata Blanco | 浙江黄岩 Huangyan, Zhejiang | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 65 | 槾橘×先锋橙S20 Manju × Xianfeng cheng S20 | Citrus tangor | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 遗传材料 Genetic material | 类群Ⅵ Group Ⅵ |
| 66 | 鸳鸯橘 Yuanyang ju | Citrus kinokuni hort.ex Tanaka | 江西南丰 Nanfeng, Jiangxi | 地方品种 Landrace | 类群Ⅲ Group Ⅲ |
| 67 | 皇帝柑 Emperor | Citrus paratangerina Hort. ex Tan. | 澳大利亚 Australia | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 68 | 帝王橘 Imperial | Citrus reticulata Blanco | 澳大利亚 Australia | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 69 | 克里曼丁（波娜 S.R.A 65） Clementina(Bernard S.R.A 65) | Citrus clementina hort.ex. Tanaka | 法国 France | 地方品种 Landrace | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 70 | 爱伦达尔 Ellendale | Citrus reticulata Blanco / Citrus sinensis (L.) Osb. | 澳大利亚 Australia | 地方品种 Landrace | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 71 | 1-6 Hybrid of 1-6 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅷ Group Ⅷ |
| 72 | 地中海橘 Mediterranean mandarin | Citrus deliciosa Ten. | 意大利 Italy | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 73 | 阿凡娜(N.L.) Avana comune(N.L.) | Citrus deliciosa Ten. | 意大利 Italy | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 74 | 扁柑 Biangan | Citrus reticulata Blanco | 广西柳州 Liuzhou, Guangxi | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 75 | 金橘 Jinju | Citrus reticulata Blanco | 浙江黄岩 Huangyan, Zhejiang | 野生资源 Wild germplasm | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 76 | 安江红橘 Anjiang hongju | Citrus reticulata Blanco | 湖南黔阳 Qianyang, Hunan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅲ Group Ⅲ |
| 77 | 土橘 Tuju | Citrus reticulata Blanco | 重庆合川 Hechuang, Chongqing | 野生资源 Wild germplasm | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 78 | 道县野橘 Daoxian yeju | Citrus daoxianensis S.W.He | 湖南道县 Daoxian, Hunan | 野生资源 Wild germplasm | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 79 | 扁橘 Shikuwasha | Citrus depressa Hayata | 日本冲绳 Okinawa, Japan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 80 | 沅江建柑 Yuanjiang jiangan | Citrus reticulata Blanco | 湖南沅江 Yuanjiang, Hunan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 81 | 肉蒂把红橘 Roudiba hongju | Citrus tangerina hort.ex Tanaka | 重庆江津 Jiangjin, Chongqing | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 82 | 大建柑 Da jiangan | Citrus reticulata Blanco | 湖北武汉 Wuhan, Hubei | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 83 | 红皮山橘 Hongpi shanju | Citrus reticulata Blanco | 广东博罗 Boluo, Guangdong | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 84 | 摩克sidi Moke sidi | Citrus clementina hort.ex. Tanaka | 阿尔及利亚 Algeria | 地方品种 Landrace | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 85 | 冰糖橘 Bingtang ju | Citrus reticulata Blanco | 陕西城固 Chenggu, Shanxi | 地方品种 Landrace | 类群Ⅳ Group Ⅳ |
| 86 | 埃及橘 Egypt mandarin | Citrus reticulata Blanco | 埃及 Egypt | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 87 | 满头红 Mantouhong | Citrus reticulata Blanco | 浙江黄岩 Huangyan, Zhejiang | 地方品种 Landrace | 类群Ⅲ Group Ⅲ |
| 88 | 1-7 Hybrid of 1-7 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅷ Group Ⅷ |
| 89 | 新克里曼丁 Clementina(Algeria) | Citrus clementina hort.ex. Tanaka | 阿尔及利亚 Algeria | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 90 | 马屎橘 Mashi ju | Citrus reticulata Blanco | 广东四会 Sihui, Guangdong | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 91 | 永顺蜜橘 Yongshun miju | Citrus reticulata Blanco | 湖南湘西 Xiangxi, Hunan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 92 | 兴津62号 Okitsu No.62 | Citrus reticulata Blanco | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 93 | 马水橘-2 Mashui ju No.2 | Citrus reticulata Blanco | 广东阳春马水镇 Yangchun, Guangdong | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 94 | 晚蜜1号 Wanmi No.1 | Citrus sinensis (L.) Osb. / Citrus unshiu Macf. | 重庆北碚歇马 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 95 | 橘橙1-1232 Tangor 1-1232 | Citrus tangor | 重庆北碚歇马 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 96 | 寿太郎温州蜜柑 Judaro unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 97 | 1-8 Hybrid of 1-8 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅷ Group Ⅷ |
| 98 | 湘慈43号 Xiangci No.43 | Citrus aurantium L. / Citrus unshiu Macf. | 湖南长沙 Changsha, Hunan | 遗传材料 Genetic material | 类群Ⅵ Group Ⅵ |
| 99 | 酸柑子 Suanganzi | Citrus sunki(Hayata) hort.ex Tanaka | 云南景谷 Jinggu, Yunnan | 野生资源 Wild germplasm | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 100 | 鹅蛋香柑 Edan xianggan | Citrus reticulata Blanco | 重庆江津 Jiangjin, Chongqing | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 101 | 八卦芦 Bagualu | Citrus reticulata Blanco | 福建永春 Yongchun, Fujian | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 102 | 岑溪酸橘 Cenxi suanju | Citrus sunki(Hayata) hort.ex Tanaka | 广西岑溪 Cenxi, Guangxi | 野生资源 Wild germplasm | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 103 | 广西红皮酸橘 Guangxi hongpi suanju | Citrus sunki(Hayata) hort.ex Tanaka | 广西凭祥 Pingxiang, Guangxi | 野生资源 Wild germplasm | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 104 | 春香 Haruka | Citrus tamurana hort.ex Tanaka/ Spp. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅻ Group Ⅻ |
| 105 | 兴春椪柑 Kousyun ponkan | Citrus reticulata Blanco | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 106 | 北口温州 Kitaguchi wase | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 107 | 爱媛21号 Ehime No.21 | Citrus reticulata Blanco | 日本爱媛 Ehime, Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 108 | 2003-05温州 2003-05 satsuma | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 109 | 繁田温州 Shigeta unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 110 | 古田中熟温州 Huruta wase unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 111 | 爱媛30号 Ehime No.30 | Citrus tangor | 日本爱媛 Ehime, Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅷ Group Ⅷ |
| 112 | 1-9 Hybrid of 1-9 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅷ Group Ⅷ |
| 113 | 阳香 Youkou | Citrus reticulata Blanco | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 114 | 口4号温州 Kou No.4 unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 115 | 朱见 Akemi | Citrus reticulata Blanco / Citrus sinensis (L.) Osb. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅺ Group Ⅺ |
| 116 | 青岛温州 Aoshima unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 117 | 盛田温州 Monita unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 118 | 半野生橘子No.2 Banyesheng juzi No.2 | Citrus reticulata Blanco | 湖南郴州 Chenzhou, Hunan | 野生资源 Wild germplasm | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 119 | 清江早生温州 Aoe wase unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 120 | 白1号蕉柑 Bai No.1 tankan | Citrus tankan Hay. | 广东普宁 Puning, Guangdong | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 121 | 久能温州 Kunou unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 122 | 胁山早生温州蜜柑 Wakiyama wase unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 123 | 桥本温州蜜柑 Hashimoto wase | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 124 | 王柑 King mandarin | Citrus nobilis Loureiro | 越南前江 Tien Giang, Vietnam | 地方品种 Landrace | 类群Ⅴ Group Ⅴ |
| 125 | 清见杂种1 Hybrid of kiyomi No.1 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅺ Group Ⅺ |
| 126 | 无核椪柑 Seedless ponkan | Citrus reticulata Blanco | 四川仁寿 Renshou, Sichuan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 127 | 清见×椪柑-1 Hybrid of kiyomi and ponkan No.1 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅶ Group Ⅶ |
| 128 | 26-1 26-1 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 129 | 聂都野橘No.1 Niedu yeju No.1 | Citrus reticulata Blanco | 江西崇义聂都 Chongyi, Jiangxi | 野生资源 Wild germplasm | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 130 | 大坑野橘 Dakeng yeju | Citrus daoxianensis S.W.He | 湖南郴州宜章莽山 Chenzhou, Hunan | 野生资源 Wild germplasm | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 131 | 市文温州蜜柑 Yichihumi wase | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 132 | 大浦温州蜜柑 Ooura wase | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅵ Group Ⅵ |
| 133 | 谷本温州 Tanimoto wase | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 134 | 国庆一号温州 Guoqing No.1 unshiu | Citrus unshiu Macf. | 湖北宜昌 Yichang, Hubei | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 135 | 甘平 Kanpei | Citrus reticulata Blanco | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅶ Group Ⅶ |
| 136 | 宫川温州 Miyagawa wase unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 137 | 松山 Matsuyama wase unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 138 | 立间 Tachima wase unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 139 | 向山 Mukaiyama unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 140 | 早熟蜜橘 Zaoshu miju | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 141 | 南柑20号 Nankan No.20 | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 142 | 米泽温州 Yonezawa unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 143 | 杉山温州 Sugiyama unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 144 | 宁红73-19温州蜜柑 Ninghong 73-19 | Citrus unshiu Macf. | 浙江宁海 Ninghai, Zhejiang | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 145 | 山田温州 Yamada unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 146 | 林温州 Hayashi unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 147 | 石川温州蜜橘 Ishikawa unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 148 | 松木温州蜜橘 Matsuk wase | Citrus unshiu Macf. | 日本静冈 Shizuoka, Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 149 | 龟井温州 Kamei wase | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 150 | 伊木力 Ikiriki unshiu | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 151 | 实生温州蜜柑 1-2-1 Shisheng unshiu 1-2-1 | Citrus unshiu Macf. | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 遗传材料 Genetic material | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 152 | 隆圆早温州 Longyuanzao unshiu | Citrus unshiu Macf. | 湖南 Hunan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 153 | 诺瓦橘 Nova | Citrus tangelo | 美国 America | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 154 | 枳柑 Zhigan | Citrus unshiu Macf. | 湖南 Hunan | 遗传材料 Genetic material | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 155 | 早红 Zaohong | Citrus reticulata Blanco | 江苏苏州 Suzhou, Jiangsu | 地方品种 Landrace | 类群Ⅲ Group Ⅲ |
| 156 | 苏红 Suhong | Citrus reticulata Blanco | 四川蓬安 Pengan, Sichuan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 157 | 迟红 Chihong | Citrus reticulata Blanco | 浙江温州 Wenzhou, Zhejiang | 地方品种 Landrace | 类群Ⅲ Group Ⅲ |
| 158 | 长沙橘 Changsha ju | Citrus reticulata Blanco | 美国加州 California, America | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 159 | 克里曼丁 Clementina | Citrus clementina hort.ex. Tanaka | 法国 France | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 160 | 尼8009（塔塔彭尼橘） Ni 8009 (Tatapani) | Citrus reticulata Blanco | 尼泊尔 Nepal | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 161 | 尼8013（马塔里橘） Ni 8013 (Matathari) | Citrus reticulata Blanco | 尼泊尔 Nepal | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 162 | 尼8005（提切橘） Ni 8005 (Tiche) | Citrus reticulata Blanco | 尼泊尔 Nepal | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 163 | 尼8010 Ni 8010 | Citrus reticulata Blanco | 尼泊尔 Nepal | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 164 | 1-10 Hybrid of 1-10 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chognqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅷ Group Ⅷ |
| 165 | 橘子 Juzi | Citrus reticulata Blanco | 湖南张家界西溪坪 Zhangjiajie, Hunan | 遗传材料 Genetic material | 类群Ⅲ Group Ⅲ |
| 166 | 新会甜橘 Xinhui tianju | Citrus reticulata Blanco | 广东新会 Xinhui, Guangdong | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 167 | 无核沃柑 Seedless or | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅴ Group Ⅴ |
| 168 | 清见杂种 Hybrid of kiyomi | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅶ Group Ⅶ |
| 169 | 费尔柴尔德 Fairchild | Citrus tangelo | 美国加州 California, America | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 170 | 津之香 Tsunokaori | Citrus tangor | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅺ Group Ⅺ |
| 171 | 1-11 Hybrid of 1-11 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 172 | 明尼奥拉橘柚 Minneola tangelo | Citrus tangelo | 美国 America | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅵ Group Ⅵ |
| 173 | 清见杂种2 Hybrid of kiyomi No.2 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅺ Group Ⅺ |
| 174 | 秋辉 Fallglo | Citrus tangelo | 美国加州 California, America | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 175 | 清见×费尔柴尔德 Kiyomi×Fairchild | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅺ Group Ⅺ |
| 176 | 无核W.默科特 Seedless W.murcott | Citrus tangor | 美国 America | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅴ Group Ⅴ |
| 177 | 天草 Amakusa | Citrus tangor | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅷ Group Ⅷ |
| 178 | 樵柑 Qiaogan | Citrus tangor | 四川彭山 Pengshan, Sichuan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 179 | 1-12 Hybrid of 1-12 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 180 | 1-13 Hybrid of 1-13 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅷ Group Ⅷ |
| 181 | 1-14 Hybrid of 1-14 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅷ Group Ⅷ |
| 182 | 福琼橘 Fortune | Citrus reticulata Blanco | 美国加州 California, America | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 183 | 1-15 Hybrid of 1-15 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 184 | 清见 Kiyomi tangor | Citrus unshiu Macf. /Citrus sinensis Osbeck. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅺ Group Ⅺ |
| 185 | 恩科尔 Encore | Citrus reticulata Blanco | 美国 America | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅴ Group Ⅴ |
| 186 | 象引15 No.15 of xiangyin | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 187 | 无核早橘 Seedless zaoju | Citrus reticulata Blanco | 浙江黄岩 Huangyan, Zhejiang | 地方品种 Landrace | 类群Ⅲ Group Ⅲ |
| 188 | 不知火 Shiranui | Citrus reticulata Blanco | 日本长崎 Nagasaki, Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅶ Group Ⅶ |
| 189 | 清峰 Seihou | Citrus tangelo | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅵ Group Ⅵ |
| 190 | 红玉柑 Hongyu gan | Citrus tangor | 浙江黄岩 Huangyan, Zhejiang | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅵ Group Ⅵ |
| 191 | 1-16 Hybrid of 1-16 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 192 | 濑户见 Setomi | Citrus reticulata Blanco | 日本山口县 Yamaguchi, Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅶ Group Ⅶ |
| 193 | 金诺 Kinnow | Citrus tangor | 加利福利亚 California | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅴ Group Ⅴ |
| 194 | 1-17 Hybrid of 1-17 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 195 | 1-18 Hybrid of 1-18 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 196 | 1-19 Hybrid of 1-19 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 197 | 爱媛28号 benimadona | Citrus reticulata Blanco | 日本爱媛 Ehime, Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅷ Group Ⅷ |
| 198 | 四季橘 Calamondin | Fortunella obovata Tanaka | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 地方品种 Landrace | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 199 | 油皮橘 Yuhikitsu | Citrus oleocarpa Hort.ex Tan | 中国 China | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 200 | 蜜红 Mihong | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 201 | 清见×椪柑育种4-1 Hybrid of kiyomi and ponkan 4-1 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅶ Group Ⅶ |
| 202 | 千井15号温州 Qianjing No.15 satsuma | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 203 | 少核默科特 W.murcott | Citrus tangor | 摩洛哥 Morocco | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅴ Group Ⅴ |
| 204 | 默 Mor tangor | Citrus reticulata Blanco | 以色列 Israel | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 205 | 青皮蜜橘 Green peel miju | Citrus reticulata Blanco | 广东四会 Sihui, Guangdong | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 206 | 凯旋柑 Kaixuan gan | Citrus reticulata Blanco | 浙江黄岩 Huangyan, Zhejiang | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 207 | 苔丝 Daisy | Citrus reticulata Blanco | 澳大利亚 Australia | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 208 | 清见×明尼奥拉 Kiyomi×Minneola | Citrus sinensis (L.) Osbeck | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅺ Group Ⅺ |
| 209 | 南丰蜜橘 Nanfeng miju | Citrus reticulata Blanco | 江西南丰 Nanfeng, Jiangxi | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅲ Group Ⅲ |
| 210 | 清见杂交晚熟 Hybrid of kiyomi (late-maturing) | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅶ Group Ⅶ |
| 211 | 丽红 Reikou | Citrus reticulata Blanco | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅴ Group Ⅴ |
| 212 | 津优 Jinyou | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅴ Group Ⅴ |
| 213 | 爱媛34号杂种 Hybrid of ehime No.34 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅷ Group Ⅷ |
| 214 | 陈波实生2号 Hybrid of kiyomi and ponkan No.2 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅶ Group Ⅶ |
| 215 | 爱媛22号 Ehime No.22 | Citrus reticulata Blanco | 日本爱媛 Ehime, Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅴ Group Ⅴ |
| 216 | 匹克斯 Pixie | Citrus reticulata Blanco | 美国加州 California, America | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅴ Group Ⅴ |
| 217 | 98-1 Kiyomi hybrid 98-1 | Citrus reticulata Blanco | 四川丹棱 Danling, Sichuan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅶ Group Ⅶ |
| 218 | 平阳橘 Duong mandarin | Citrus reticulata Blanco | 越南前江 Tien Giang, Vietnam | 地方品种 Landrace | 类群Ⅰ Group Ⅰ |
| 219 | 少核本地早 Shaohe bendizao | Citrus succosa Hort.ex Tanaka | 浙江黄岩 Huangyan, Zhejiang | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅳ Group Ⅳ |
| 220 | 大津4号 Ootsu No.4 | Citrus reticulata Blanco | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 221 | 蜂洞橘 Fengdong ponkan | Citrus reticulata Blanco | 云南石屏 Shiping, Yunnan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 222 | 橘红 Juhong | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅵ Group Ⅵ |
| 223 | 溪南少核芦柑 Xinan seedless ponkan | Citrus reticulata Blanco | 福建漳平县溪南镇吾老村 Zhangping, Fujian | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 224 | 元江本地橘 Yuanjiang bendi ju | Citrus reticulata Blanco | 云南元江县洼垤乡洼垤村 白介宗 Yuanjiang, Yunnan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅳ Group Ⅳ |
| 225 | 奥坦尼柯 Ortanique | Citrus tangor | 牙买加 Jamaica | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 226 | 濑户香 Setoka | Citrus tangor | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅴ Group Ⅴ |
| 227 | 春见 Harumi | Citrus reticulata Blanco | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅶ Group Ⅶ |
| 228 | 津之望 Tsunonozomi | Citrus reticulata Blanco | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅶ Group Ⅶ |
| 229 | 南香 Nankou | Citrus reticulata Blanco（宽皮橘） | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 230 | 爱媛30杂种1 Hybrid No.1 of ehime 30 | Citrus tangor | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅷ Group Ⅷ |
| 231 | 爱媛30杂种2 Hybrid No.2 of ehime 30 | Citrus tangor | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅷ Group Ⅷ |
| 232 | 清见×椪柑-2 Hybrid of kiyomi and ponkan No.2 | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅶ Group Ⅶ |
| 233 | 佐贺橘 Saga mandarin | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 地方品种 Landrace | 类群Ⅹ Group Ⅹ |
| 234 | 高接丽红 Reikou 3-1 | Citrus tangor | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅴ Group Ⅴ |
| 235 | 大津早生 Ootsu wase | Citrus unshiu Macf. | 日本 Japan | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
| 236 | 秋辉红 Fagllo red | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 237 | 悬崖野橘 Xuanya yeju | Citrus reticulata Blanco | 湖南郴州宜章莽山 Chenzhou, Hunan | 野生资源 Wild germplasm | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 238 | 秋辉杂种 Fagllo hybrid | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 239 | 秋辉新杂 Hybrid fallglo (4-3) | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅸ Group Ⅸ |
| 240 | 新生系3号椪柑 Xinshengxi No.3 ponkan | Citrus reticulata Blanco | 重庆北碚歇马 Beibei, Chongqing | 选育品种 Bred variety | 类群Ⅱ Group Ⅱ |
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1.2 试验方法
1.2.1 DNA提取和GBS文库构建 2016年春季采集所有宽皮柑橘资源的嫩叶,利用植物基因组DNA提取试剂盒（Magen HiPure Plant DNA Mini Kit,Guangzhou,China）提取DNA。提取的样品DNA送诺禾致源进行DNA质检、建库和测序,利用Qubit® 2.0荧光测定计（Invitrogen,Carlsbad,USA）检测核酸浓度,同时在1%的琼脂糖凝胶上100 V电泳40 min检测DNA纯度,高质量的DNA用于GBS文库构建和测序。每个样本取1.5 μg DNA用于文库构建,首先应用限制性内切酶EcoR I对基因组进行酶切,酶切后的片段两端利用T4 DNA连接酶（NEB）加上适配体接头,对每个样品进行扩增,然后对样品进行混合,电泳回收350—400 bp区间的DNA条带,割取的片段进行纯化,纯化后产物用于测序,测序反应在Illumina HiSeq测序平台上进行双末端150 bp的测序。GBS分析的重复性、可靠性检测使用电子版附表1中56号（1-1）、57号（专有橘）和58号（1-2）3份种质材料作为生物学重复。1.2.2 单核苷酸多态性（SNP）鉴定 每条测序数据按照条码划分到对应的样本中,对每条序列进行严格的质控筛选,去除原始测序序列中的接头序列和低质量的短读序列,包括单端测序中含有的N数量超过该条序列长度的10%,或者单端测序中低质量（Q≤5）碱基数超过该条序列长度50%的序列。剩下的高质量序列采用BWA（Burrows-Wheeler Aligner）程序将其匹配到克里曼丁参考基因组上（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih. gov/genomes/all/GCF_000493195.1_Citrus_clementina_v1.0）。SNP检测采用Samtools软件进行,对齐的匹配文件用Samtools软件转换为BAM文件后进行变异调用,Samtools收集BAM文件中的汇总信息,计算可能基因型的似然值,再利用Bcftools应用先验值进行变异调用,采用贝叶斯模型检测群体中的多态性位点获得VCFs文件。
1.2.3 群体进化树分析 采用SNP基因分型数据估测240份宽皮柑橘的系统演化,根据群体遗传学特征的共同点或差异推断出它们的亲缘关系远近。利用个体SNPs的检测值计算群体间的遗传距离。两个个体i和j之间的p-距离通过如下公式计算：
式中,L表示高质量SNPs区域长度,dij表示两个个体为不同基因型值的赋值表。运用TreeBest（http:// treesoft.sourceforge.net/treebest.shtml）软件计算距离矩阵,以此为基础,通过邻接法（neighbor-joining method）构建系统进化树。引导值（bootstrap values）经过达1 000次计算获得。
1.2.4 主成分分析 通过GCTA（http://cnsgenomics. com/software/gcta/pca.html）软件计算特征向量以及特征值,并利用R软件绘制PCA分布图。
2 结果
2.1 测序质量
GBS测序得到的原始图像数据文件经碱基识别分析转化为原始测序序列,240个宽皮柑橘样本的总测序数据量为96.31 Gb,去除低质量的序列后,产生的高质量序列数据量为96.3 Gb,平均每个样本数据量为401.26 Mb。测序质量较高（Q20≥93.78%、Q30≥85.19%）,GC分布正常,群体样本与克里曼丁参考基因组的平均比对率为93.79%,表明本试验的样本与参考基因组克里曼丁有较高的相似性。序列平均覆盖度为17.82%（至少有一个碱基的覆盖）,至少有4个碱基的平均覆盖度为8.60%。利用Samtools软件检测后共获得765 252个SNP位点,经过条件为测序深度4×、Miss0.2、次要等位基因频率（MAF）>0.01的过滤后,最后共获得114 200个高质量的SNP位点用于群体进化树分析。2.2 主成分分析
本研究选择的240份宽皮柑橘涵盖了宽皮柑橘中的大部分类型,利用PCA分析方法对240份宽皮柑橘材料的亲缘关系进行了分析,根据第一主成分和第二主成分可将240份宽皮柑橘分为4个亚群,分别为类群Ⅰ（温州蜜柑亚群,包括温州蜜柑、早熟蜜橘和诺瓦橘）,类群Ⅱ（野生宽皮柑橘亚群,包括细皮狗屎柑、大坑野橘、聂都野橘、莽山橘、粗皮狗屎柑、道县野橘）,类群Ⅲ（包括大浦、早香和橘橙22-53）,类群Ⅳ（其余宽皮柑橘及其杂种品种,包括酸橘、年橘、椪柑、红橘、朱红橘、地中海橘、早橘、橘橙或橘柚杂种、清见杂种、克里曼丁橘等）。具体结果见图1。
显示原图|下载原图ZIP|生成PPT图1240份宽皮柑橘的主成分分析图
类群Ⅰ：温州蜜柑亚群;类群Ⅱ：野生宽皮柑橘亚群;类群Ⅲ：大浦、早香、橘橙22-53;类群Ⅳ：其余宽皮柑橘及其杂种品种
-->Fig. 1The principal component analysis of 240 mandarins
Group I: Satsuma sub-group; Group Ⅱ: Wild mandarin sub-group; Group Ⅲ: Including Ooura wase, Hayaka, Tangor 22-53; Group Ⅳ: Remaining mandarin
-->
2.3 群体进化树分析
群体进化树的结果表明,240份宽皮柑橘种质聚为一个大类,支持宽皮柑橘是柑橘属下一个基本种的说法。来源于不同地理区域的宽皮柑橘在遗传上存在明显的差异,比如来源于日本的温州蜜柑、来源于欧美的克里曼丁橘及其杂种与中国的绝大部分宽皮柑橘品种间存在明显的遗传差异,表明地理来源的不同可能是引起宽皮柑橘遗传差异的重要原因之一。根据进化树对240份宽皮柑橘进一步细分后,可将这些材料划分到11个宽皮柑橘亚群中（具体分类亚群见电子版附表1）,这11个亚群分别是野生宽皮柑橘及其衍化种（类群Ⅰ,包括小果类型的酸橘、粗皮狗屎柑、大坑野橘、道县野橘、莽山橘、聂都野橘、年橘、砂糖橘、八月橘、马水橘、青皮蜜橘等）,古老栽培品种（类群Ⅱ,包括土橘、建柑、椪柑、红橘、地中海橘、槾橘等）,朱红橘（类群Ⅲ,包括朱红橘、南橘、料红、南丰蜜橘等）,早橘（类群Ⅳ,包括本地早、城固冰糖橘、旺苍皱皮柑、克里曼丁×本地早杂种等）,欧美橘橙杂种（类群Ⅴ,包括王柑、默科特、恩科尔、丽红、金诺、无核沃柑等）,橘柚杂种（类群Ⅵ,包括明尼奥拉、清峰、汉源黄果柑、湘慈43号等）,清见×椪柑杂种群（类群Ⅶ）,爱媛系列杂种（类群Ⅷ,包括爱媛28号杂种、爱媛30号杂种）,克里曼丁橘类（类群Ⅸ,主要为克里曼丁橘及其杂种后代,如费尔柴尔德、弗来蒙特橘、秋辉、帕森橘等以及其他类型杂种）,温州蜜柑（类群Ⅹ）,清见杂种（类群Ⅺ,清见,清见与天草的杂交种,清见与明尼奥拉的杂交种）。进化树的分类结果与利用植物形态学分类的结果是高度吻合的。2.3.1 系统演化 从群体进化树的结果来看,中国南、北不同地域的宽皮柑橘可能存在不同的演化路径。来源于南岭山脉及南方地区的野生宽皮柑橘、宽皮柑橘中小果类型的酸橘、华南地区广泛种植的砂糖橘、八月橘、马水橘、青皮蜜橘等存在较近的亲缘关系,这些材料在地理分布上也主要位于华南地区,而分布于长江下游流域的小果宽皮柑橘中的乳橘类型,如南丰蜜橘、东华蜜橘却与朱红橘有较近的亲缘关系,而小果类中的本地早却与古老宽皮柑橘中的旺苍皱皮柑有较近的亲缘关系。结合这些品种的地理分布,推测南方地区栽植的砂糖橘等类型可能是从小果类的野生宽皮柑橘演化为酸橘后,再由其演化为现代栽培宽皮柑橘品种。同时还发现南方地区的红橘和北方橘区的朱红橘之间也存在明显的差异,这表明即便都是红皮橘类型,南北地理气候差异也造成了两个不同的类群。另外从进化树上看,中国古老栽培品种旺苍皱皮柑与城固冰糖橘遗传距离较近,两者有明显的亲缘关系,并且可能是本地早的早期亲本来源之一,说明中国北方宽皮柑橘的演化有原始古老柑类品种的参与。来源于欧洲地中海地区的柳叶橘（阿凡娜橘）也形成了古老栽培品种中较为明显的一个分支,与来源于东亚地区的土橘、椪柑、红橘、朱红橘等彼此分开,进一步证实了不同地理来源的品种间存在较明显的遗传差距。
2.3.2 遗传多样性 从群体进化树的结果可发现,宽皮柑橘与柑橘属其他种的种间杂交,会造成遗传多样性的增加,进而形成独特的亚群。比如来源于欧美的王柑、默科特等品种形成一个独特的亚群,这些品种多数来源于橘橙品种间的天然杂种,由于具有橙类的遗传基因,因此这个亚群的品种多数具有果皮硬、成熟晚等特点。而一些遗传背景更为复杂的橘橙或橘柚杂种则形成了新的亚群,如清峰、湘慈43、汉源黄果柑等。通过人工杂交获得的杂种后代也会导致遗传多样性的增加,而人工选择的偏好性使具有相似特征的品种形成新的品种亚群,比如清见与不同椪柑品种的杂交后代形成了一个新的亚群（图2中的类群Ⅶ）,这些材料在遗传距离上与椪柑相距较远;而爱媛30号、爱媛28号人工杂交后代也形成了新的分支,但这些杂种后代与母本爱媛30号、爱媛28号的遗传距离相对较近。来源于欧美的克里曼丁橘及其杂种后代在进化树上也形成了一个明显的分支,表明克里曼丁橘应是一个遗传背景较为复杂的宽皮柑橘类型,其参与了许多现代宽皮柑橘品种的形成,如费尔柴尔德、弗来蒙特橘、福琼橘、凯旋柑、秋辉、苔丝、南香等品种中都具有该品种的基因渗入。
显示原图|下载原图ZIP|生成PPT图2240份宽皮柑橘群体进化树
-->Fig. 2The phylogenetic tree of 240 mandarins
-->
2.3.3 未知亲本材料的鉴定 GBS技术不仅对研究宽皮柑橘的亲缘关系具有重要价值,同时也为未知材料亲本的鉴定提供了重要线索。在本研究中加入的56号（1-1）和58号（1-2）两个生物学重复,其聚类结果显示两份重复材料均能聚在一起,表明通过GBS得到的SNP数据和最后的分类结果均是稳定可靠的。并且56号和58号两份材料与爱媛28号和天草的遗传距离都很近,这两份材料本身来源于爱媛28号的杂交后代,而爱媛28号又是天草和南香的杂交后代,由此可见,利用GBS数据可以准确推导出这些材料的直接亲本。另外,本研究也对沃柑的亲本进行了探索,以往沃柑被认为是坦普尔和丹西红橘的杂种后代[29],但根据叶片、果实等形态的鉴定结果表明沃柑不像是从丹西红橘衍生而来。本研究利用GBS技术发现沃柑与金诺的亲缘关系十分密切,遗传距离远低于金诺与韦尔金的遗传距离,而金诺和韦尔金属于姊妹系,都是王柑和柳叶橘的杂交后代,因此,沃柑极有可能是王柑和柳叶橘的杂种后代,或者就是金诺的杂交后代。这与国外的报道是一致的,根据第12届国际柑橘学会会议报道,利用SSR技术也证明了沃柑是金诺的杂交后代[30]。
同时GBS技术对了解种质材料的遗传背景具有重要意义。盛田温州蜜柑具有果皮极光滑、不易浮皮等特点,以往被认为是宫川温州蜜柑的早生芽变材料,但从本研究结果来看盛田温州蜜柑与宫川温州蜜柑的遗传距离较远,不像是宫川温州蜜柑的芽变材料,极有可能是种子的实生繁殖后代。而大浦温州蜜柑以往被认为是山崎早生温州蜜柑芽变而来,但研究结果表明本试验的大浦温州蜜柑材料应为杂种来源,其芽变来源的可能性较小。
3 讨论
中国是世界宽皮柑橘的起源演化中心,野生宽皮柑橘类型多样,道县野橘的发现表明南岭山脉是南方宽皮柑橘的起源中心[4,31],本研究结果进一步表明野生宽皮柑橘与南方地区的酸橘存在紧密联系,可能从其中演化出了酸橘,进而再演化出了砂糖橘、马水橘等现代栽培的宽皮柑橘品种。宽皮柑橘由于栽培历史久远、地理分布广泛、种间易发生杂交,因而遗传类型极其多样,对其划分存在诸多争议。美国的斯文格认为宽皮柑橘仅仅是柑橘属下的一个基本种[32],日本的田中长三郎将宽皮柑橘对应的蜜柑区进行了较为细致的划分,包括5个亚区共36个种[33],而中国的曾勉教授根据植物学特性结合地理分布将宽皮柑橘分为柑和橘两个亚区[34],认为柑亚区为杂种起源。现代分子生物学证据已经表明,宽皮柑橘是柑橘属下的一个基本种[35],本研究支持该结论。从240份宽皮柑橘的群体进化树分析来看,将宽皮柑橘划分为一个种是合理的,但如何对诸多的宽皮柑橘资源进行有效管理,开展更细致的划分也是必要的。本研究中的系统演化和主成分分析都表明,温州蜜柑、野生宽皮柑橘、椪柑、克里曼丁橘彼此间存在明显的遗传差异,温州蜜柑、克里曼丁橘是具有明显杂种来源的宽皮柑橘类型,而椪柑是一个栽培宽皮柑橘类型,斯文格将其作为宽皮柑橘的代表种是不恰当的,原产中国南方地区的原始野生宽皮柑橘才真正具有宽皮柑橘代表种的地位,其可能衍生出了酸橘,进而衍生出了现代栽培宽皮柑橘砂糖橘等类型。
利用GBS技术对宽皮柑橘进行更细致的分类研究,与用植物形态学分类的结果是吻合的,因而传统的宽皮柑橘按照植物学特征进行分类划分具有一定的合理性[36],比如本研究中的酸橘、椪柑、红橘、朱红橘、地中海橘、克里曼丁橘等亚群都能准确地得以划分。但由于宽皮柑橘与橙类、柚类的种间杂交易于发生,新的种间杂交还将不断促进新类型的产生,因此,利用GBS技术对柑橘资源进行基因分型有助于材料的准确划分和科学管理。
GBS研究结果还表明,地理隔离、杂交育种、人工选择是造成资源特异性和多样性的内在动力,来源于不同地理区域的资源材料往往会带有明显的遗传印记,这与育种习惯、人工选择的偏好性有一定关系。人工的长期栽培和选择使得一些品种群形成明显类群,如椪柑、红橘、朱红橘、地中海橘、克里曼丁橘等栽培品种都形成了明显的亚群。同时骨干亲本在育种中的应用也促进了品种群的形成,比如欧美地区常利用王柑、默科特等为骨干亲本开展杂交,其后代品种往往具有晚熟、皮较硬的特征;而东亚地区的日本、韩国等常采用清见和椪柑进行杂交,获得一些肉质细嫩化渣、高糖的品种,进而形成了有明显遗传特征的亚群。这些都在本研究中得到充分的证实。
4 结论
本研究利用GBS技术对240份宽皮柑橘资源进行了简化基因组的基因分型,建立的系统演化树可以准确地对240份宽皮柑橘进行划分,其结果与用植物形态学的划分结果存在高度吻合,表明GBS技术可高效用于资源材料的准确鉴定和亲缘关系的研究,可作为资源材料分子鉴定的重要手段。基于GBS技术具有高通量、低成本等特点,今后可用GBS技术建立涵盖所有在圃柑橘种质资源的简化基因组的基因分型数据,为今后品种的鉴别和品种权保护提供依据。The authors have declared that no competing interests exist.
