榛子胚珠不同发育阶段circRNA的分析与鉴定

刘剑锋, 孙莹, 魏珩, 贺红利, 张兴政, 程云清()

吉林师范大学植物资源科学与绿色生产重点实验室,吉林四平 136000

收稿日期:2021-02-07修回日期:2021-05-11出版日期:2021-06-25发布日期:2021-07-07
通讯作者:程云清E-mail:Chengyunqing1977@163.com

基金资助:国家自然科学(31770723);国家自然科学(31670681);吉林省教育厅“十三五”科学技术研究项目(JJKH20190996KJ)

Analysis and Identification of circRNAs of Hazel Ovule at Different Developmental Stages

LIU Jianfeng, SUN Ying, WEI Heng, HE Hongli, ZHANG Xingzheng, CHENG Yunqing()

Jilin Provincial Key Laboratory of Plant Resource Science and Green Production,Jilin Normal University,Siping,Jilin 136000,China

Received:2021-02-07Revised:2021-05-11Online:2021-06-25Published:2021-07-07
Contact:CHENG Yunqing E-mail:Chengyunqing1977@163.com

摘要/Abstract

摘要： 在榛子胚珠不同发育时期筛选差异表达的circRNA,进一步鉴定其差异表达的靶mRNA,以期明确circRNA在胚珠中的表达特征及其对胚珠发育的调控作用。在榛子胚珠形成期（Ov1）、早期生长期（Ov2）、快速生长期（Ov3）和成熟期（Ov4）进行胚珠样品采集和Illumina高通量测序,结合已有的mRNA测序分析结果,鉴定参与胚珠发育的差异表达circRNA（DEcircRNA）及其靶差异表达mRNA（DEmRNA）。共鉴定到7 122条circRNA,59.54%的circRNA来自外显子区域。在成对比较Ov1-vs-Ov2、Ov1-vs-Ov3、Ov1-vs-Ov4、Ov2-vs-Ov3、Ov2-vs-Ov4和Ov3-vs-Ov4中,分别鉴定到123、162、187、85、105和21条DEcircRNA;DEcircRNA的表达有明显的发育时期特异性;有199条DEcircRNA的靶mRNA也发生差异表达,两者表达变化高度同步。GO（Gene Ontology）分类结果表明DEcircRNA参与胚珠发育过程中代谢的调控。随机选择了4个差异表达circRNA及靶mRNA,用qRT-PCR分析其在4个胚珠发育阶段表达量的变化,证实qRT-PCR与Illumina高通量测序结果相一致。
中图分类号:
S664.4

引用本文

刘剑锋, 孙莹, 魏珩, 贺红利, 张兴政, 程云清. 榛子胚珠不同发育阶段circRNA的分析与鉴定[J]. 园艺学报, 2021, 48(6): 1053-1066.
LIU Jianfeng, SUN Ying, WEI Heng, HE Hongli, ZHANG Xingzheng, CHENG Yunqing. Analysis and Identification of circRNAs of Hazel Ovule at Different Developmental Stages[J]. Acta Horticulturae Sinica, 2021, 48(6): 1053-1066.





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