辣椒B-box转录因子家族的鉴定及表达分析
胡景涛*(
), 阮宇, 甘丽萍 重庆三峡学院生物与食品工程学院,重庆万州 404100
收稿日期:2021-02-23修回日期:2021-03-19出版日期:2021-05-25发布日期:2021-06-07作者简介:* E-mail: 基金资助:重庆市自然科学基金面上项目(cstc2020jcyj-msxmX0073);重庆三峡学院博士引进项目(2014/09925401);重庆市渝东北特色生物资源开发利用工程技术研究中心项目(1209/061800406)Identification and Expression Analysis of the B-box Transcription Factor Family in Pepper
HU Jingtao*(), RUAN Yu, GAN Liping College of Biology and Food Engineering,Chongqing Three Gorges University,Wanzhou,Chongqing 404100,China
Received:2021-02-23Revised:2021-03-19Online:2021-05-25Published:2021-06-07摘要/Abstract
摘要： 以辣椒基因组数据为基础,利用生物信息学方法,对辣椒B-box家族基因进行了染色体定位、基因结构、系统进化及组织表达模式等分析,并通过qRT-PCR方法对该家族基因在激素及非生物胁迫下的转录水平进行了检测。辣椒全基因组中共鉴定出26个BBX家族成员,分布于辣椒12条染色体上。系统进化分析分析发现,辣椒BBX蛋白成员可进一步分为5类:groupⅠ~Ⅴ。其中,groupⅠ包含两个B-box结构域;group Ⅱ和Ⅲ中的蛋白除CaBBX25外,都包含B-box1、B-box2和CCT结构域;group Ⅳ仅包含1个B-box结构域;groupⅤ含有1个B-box和1个CCT结构域。同一进化分类中的成员通常具有相同或者相似的外显子数,其蛋白中保守基序的构成也具有较高的相似性。组织特异性表达分析发现,除D类基因外,其他17个基因在不同器官或者果实的不同发育时期都有着较高的表达水平。qRT-PCR分析发现,10个CaBBX基因受到激素和非生物胁迫不同程度的诱导表达。
中图分类号:
S641.3
引用本文
胡景涛, 阮宇, 甘丽萍. 辣椒B-box转录因子家族的鉴定及表达分析[J]. 园艺学报, 2021, 48(5): 987-1001.
HU Jingtao, RUAN Yu, GAN Liping. Identification and Expression Analysis of the B-box Transcription Factor Family in Pepper[J]. Acta Horticulturae Sinica, 2021, 48(5): 987-1001.
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