枇杷全基因组SSR标记开发及其多态性研究
蒋爽*(
), 张学英, 安海山, 徐芳杰, 章加应 上海农业科学院林木果树研究所,上海市园艺重点实验室,上海 201403
收稿日期:2020-12-15修回日期:2021-02-08出版日期:2021-05-25发布日期:2021-06-07作者简介:*E-mail: 基金资助:上海市农委重点攻关项目(沪农科创字2018第1-7号)Development and Analysis of Polymorphism of SSR Markers in the Whole Genome of Loquat
JIANG Shuang*(), ZHANG Xueying, AN Haishan, XU Fangjie, ZHANG Jiaying Shanghai Key Laboratory of Protected Horticultural Technology,Forestry and Fruit Tree Research Institute,Shanghai Academy of Agricultural Sciences,Shanghai 201403,China
Received:2020-12-15Revised:2021-02-08Online:2021-05-25Published:2021-06-07摘要/Abstract
摘要： 搜索枇杷全基因组范围内的SSR位点,分析其分布特点,同时使用10个枇杷品种的重测序数据对这些位点的基因型进行分析。结果显示共获得103 509个SSR位点,二核苷酸重复类型有73 604个,占71.1%,以AT/TA为主。三核苷酸重复类型占15.0%,以AAG/CTT为主。对10个枇杷样本进行重测序,分别获得32 ~ 206 Mb的reads,测序深度为12.9× ~ 81.3×。本研究中新开发2个脚本程序(Flank和SSRtype),对重测序数据Reads中包含的SSR位点长度进行了分析,确定基因型。‘早钟6号’的测序深度达到12.9×,能够覆盖80%的SSR位点,说明12×以上的测序深度能够满足SSR位点的分析。枇杷中大量SSR位点为多拷贝(占78.4%),为单个品种单个位点产生3条以上的条带,而在所有品种中呈现两拷贝的SSR位点有12 962个(占12.5%),这些位点产生的多态性条带分别为2 ~ 10条不等,多态性信息含量的中位数为0.269,大于0.5的位点有526个。从中挑选20对引物进行荧光PCR,结果显示这些引物的多态性与重测序分析结果一致。
中图分类号:
S667.3
引用本文
蒋爽, 张学英, 安海山, 徐芳杰, 章加应. 枇杷全基因组SSR标记开发及其多态性研究[J]. 园艺学报, 2021, 48(5): 1013-1022.
JIANG Shuang, ZHANG Xueying, AN Haishan, XU Fangjie, ZHANG Jiaying. Development and Analysis of Polymorphism of SSR Markers in the Whole Genome of Loquat[J]. Acta Horticulturae Sinica, 2021, 48(5): 1013-1022.
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