中国樱桃InDel标记开发及其在蔷薇科果树中通用性评价

王 珏1,*，王 燕1,2,*，张 静2，陈 涛1,3，王 磊2，陈 清1，汤浩茹1,2，王小蓉1,2,**

1四川农业大学园艺学院，成都 611130；2四川农业大学果蔬研究所，成都 611130；3四川农业大学生命科学学院，雅安 625014

出版日期:2020-01-25发布日期:2020-01-25


基金资助:国家自然科学基金项目（31672114，31801826）；四川省青年科技创新研究团队项目（2019JDTD0010）

Development of Insertion-Deletion（InDel）Markers Based on Whole- genome Sequencing Data in Chinese Cherry and Their Transferability in Rosaceae Fruit Trees

WANG Jue1,*，WANG Yan1,2,*，ZHANG Jing2，CHEN Tao1,3，WANG Lei2，CHEN Qing1，TANG Haoru1,2，and WANG Xiaorong1,2,**

1College of Horticulture，Sichuan Agricultural University，Chengdu 611130，China；2Institute of Pomology and Olericulture，Sichuan Agricultural University，Chengdu 611130，China；3College of Life Science，Sichuan Agricultural University，Ya’an，Sichuan 625014，China

Online:2020-01-25Published:2020-01-25

摘要/Abstract

摘要： 对栽培和野生中国樱桃进行De novo基因组测序和比对，在全基因组范围内检测筛选出50 617个InDel位点，并挑选均匀分布的200个标记进行验证，其中，27个标记在中国樱桃种内表现出多态性。利用多态性标记，对不同来源的192份中国樱桃（168份栽培和24份野生）种质进行基因型分型，共检测到60个等位基因（N_a），平均每个标记2.2个；基因多样性指数（H_s）为0.010 ~ 0.500，平均0.239；多态性信息含量（PIC）为0.010 ~ 0.375，平均0.198，表明中国樱桃遗传基础相对狭窄。根据聚类结果和地理分布将192份中国樱桃种质大致划分为5个群体。筛选出在蔷薇科李亚科樱属、李属、桃属、杏属、苹果亚科梨属、苹果属和蔷薇亚科草莓属、悬钩子属等重要果树共8个属156个个体中表现出较好通用性标记34个。物种与中国樱桃亲缘关系越近，InDel标记的多态性越高。
中图分类号:
S 662.5

引用本文

王 珏1,*，王 燕1,2,*，张 静2，陈 涛1,3，王 磊2，陈 清1，汤浩茹1,2，王小蓉1,2,**. 中国樱桃InDel标记开发及其在蔷薇科果树中通用性评价[J]. 园艺学报, 2020, 47(1): 98-110.
WANG Jue1,*，WANG Yan1,2,*，ZHANG Jing2，CHEN Tao1,3，WANG Lei2，CHEN Qing1，TANG Haoru1,2，and WANG Xiaorong1,2,**. Development of Insertion-Deletion（InDel）Markers Based on Whole- genome Sequencing Data in Chinese Cherry and Their Transferability in Rosaceae Fruit Trees[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2020, 47(1): 98-110.





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