苹果Trihelix转录因子家族生物信息学鉴定与基因表达分析
王 萍，卢世雄，梁国平，马宗桓，李文芳，毛 娟，陈佰鸿*甘肃农业大学园艺学院，兰州 730070
出版日期:2019-11-25发布日期:2019-11-25基金资助:甘肃省科技重大专项（18ZD2NA006）；国家自然科学基金项目（31860530）Bioinformatics Identification and Expression Analysis of Trihelix Transcription Factor Family in Apple
WANG Ping，LU Shixiong，LIANG Guoping，MA Zonghuan，LI Wenfang，MAO Juan，and CHEN Baihong*College of Horticulture，Gansu Agricultural University，Lanzhou 730070，China
Online:2019-11-25Published:2019-11-25摘要/Abstract
摘要： 利用生物信息学方法在苹果全基因组中鉴定了Trihelix转录因子基因，对基因结构、染色体的定位，以及其对应蛋白的理化性质、保守基序和进化关系等进行了分析；同时基于基因芯片表达数据和qRT-PCR分析，明确了苹果Trihelix在不同组织和逆境胁迫下的差异表达情况。通过分析，共鉴定得到了39个苹果Trihelix转录因子，其蛋白质的大小介于227 ~ 917 aa，分子量介于25.751 ~ 101.294 kD，等电点介于4.78 ~ 9.80。根据进化关系将其分为5个亚族，分别为GT-1、GT-2、GTγ、SIP1和SH4，亚族内部分成员的基因结构相似。基于MEME程序分析苹果Trihelix 转录因子家族的保守基序与聚类分析结果具有较高的一致性。启动子上游1 kb区域顺式作用元件分析表明MdTrihelix1、MdTrihelix19在CGTCA-motif上，MdTrihelix6、MdTrihelix13在ABRE上，MdTrihelix2、MdTrihelix7、MdTrihelix14和MdTrihelix16在GT1-motif上的响应均较高。基因芯片表达发现，Trihelix38、Trihelix14、Trihelix9和Trihelix11在花、果实、叶、茎、根、种子和幼苗中几乎不表达，其余35个基因在多种组织中均存在一定水平的表达，对花和果实表达上调的基因中除Trihelix36属于GT-1亚家族外，其余都属于GT-2亚家族和SIP1亚家族成员。通过qRT-PCR分析，检测到33个MdTrihelix在响应逆境胁迫应答方面表现出多样性。
中图分类号:
S 661.1
引用本文
王 萍，卢世雄，梁国平，马宗桓，李文芳，毛 娟，陈佰鸿*. 苹果Trihelix转录因子家族生物信息学鉴定与基因表达分析[J]. 园艺学报, 2019, 46(11): 2082-2098.
WANG Ping，LU Shixiong，LIANG Guoping，MA Zonghuan，LI Wenfang，MAO Juan，and CHEN Baihong*. Bioinformatics Identification and Expression Analysis of Trihelix Transcription Factor Family in Apple[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2019, 46(11): 2082-2098.
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