切花菊耐寒性相关SNP位点挖掘与候选基因分析
范宏虹，徐婷婷，苏江硕，孙 炜，种昕冉，管志勇，房伟民，陈发棣，张 飞*南京农业大学园艺学院，作物遗传与种质创新国家重点实验室，南京 210095
出版日期:2019-11-25发布日期:2019-11-25基金资助:国家自然科学基金项目（31572152）；江苏省重点研发计划项目（BE2018426）；江苏省优势学科建设工程项目Identification of SNP Alleles and Candidate Genes for Cold Tolerance of Cut Chrysanthemum
FAN Honghong，XU Tingting，SU Jiangshuo，SUN Wei，CHONG Xinran，GUAN Zhiyong，FANG Weimin，CHEN Fadi，and ZHANG Fei*College of Horticulture，Nanjing Agricultural University，State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement，Nanjing 210095，China
Online:2019-11-25Published:2019-11-25摘要/Abstract
摘要： 以58份切花菊为试验材料，调查了脚芽期、现蕾期和盛花期叶片以及盛花期舌状花低温半致死温度（LT50），利用全基因组关联分析挖掘耐寒性相关优异等位变异和候选基因。结果表明，切花菊品种不同时期叶片或盛花期舌状花耐寒性变异较大，变异系数均大于25%；通过主效可加互作可乘（AMMI）模型的双标图分析筛选出抗寒性强且稳定性较好的品种‘天使’。基于36 737个高质量SNP位点和混合线性模型的关联分析，共挖掘出24个与耐寒性显著关联的SNP位点（P < 0.001），其中有5个、11个和5个SNP位点分别与脚芽期、现蕾期、盛花期叶片耐寒性相关，3个SNP位点与盛花期舌状花耐寒性相关；5个SNP位点的表型效应值小于–4 ℃，为优异等位变异位点。通过显著性SNP位点所在的SLAF标签序列与菊花转录组数据库进行比对分析，筛选得到5个候选基因，其中CL2042.Contig4_All 和Unigene40993_All可能与冷胁迫有一定关联。
中图分类号:
S 682.1+1
引用本文
范宏虹，徐婷婷，苏江硕，孙 炜，种昕冉，管志勇，房伟民，陈发棣，张 飞*. 切花菊耐寒性相关SNP位点挖掘与候选基因分析[J]. 园艺学报, 2019, 46(11): 2201-2212.
FAN Honghong，XU Tingting，SU Jiangshuo，SUN Wei，CHONG Xinran，GUAN Zhiyong，FANG Weimin，CHEN Fadi，and ZHANG Fei*. Identification of SNP Alleles and Candidate Genes for Cold Tolerance of Cut Chrysanthemum[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2019, 46(11): 2201-2212.
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