茶树TCP家族的全基因组鉴定及其表达分析
周棋赢1，韩月华2，祝 悦1，陈 赛1，李先文1，彭 波1，袁红雨1,*1信阳师范学院生命科学学院，河南省茶树生物学重点实验室，大别山农业生物资源保护与利用研究院，河南信阳 464000；2信阳师范学院商学院，河南信阳 464000
出版日期:2019-10-25发布日期:2019-10-25基金资助:国家自然科学基金项目（U1404319，31270727，U1604110）；河南省科技计划项目（182102110449，152102110100）；安徽省研究人员科研基金项目（2017B190）；南湖青年****奖励计划项目（2016060）河南省教育厅高等教育教学改革研究与实践项目（2017SJGLX092）Genome-Wide Identification，Classification and Expression Analysis of TCP Gene Family in Tea Plant
ZHOU Qiying1，HAN Yuehua2，ZHU Yue1，CHEN Sai1，LI Xianwen1，PENG Bo1，and YUAN Hongyu1,*1 Henan Key Laboratory of Tea Plant Biology，Institute for Conservation and Utilization of Agro-Bioresources in Dabie Mountains，College of Life Sciences，Xinyang Normal University，Xinyang，Henan 464000，China；2 Business College，Xinyang Normal University，Xinyang，Henan 464000，China
Online:2019-10-25Published:2019-10-25摘要/Abstract
摘要： 以拟南芥TCP蛋白序列和TCP蛋白保守结构域种子文件（Pfam：03634）检索‘舒茶早’茶树（Camellia sinensis L.）基因组数据库，对茶树TCP基因（CsTCP）进行鉴定，共得到37个基因，分别编码150 ~ 607个氨基酸。蛋白质分子量介于16.8 ~ 67.6 kD，等电点介于5.10 ~ 10.52，内含子数为0 ~ 5，其中35个CsTCP定位于细胞核，1个定位于叶绿体，1个在细胞核和叶绿体都有定位。系统发育分析显示，37个CsTCP中，21个属于PCF亚家族，11个属于CIN亚家族，5个属于CYC/TB1亚家族，表明CsTCP家族成员间出现了功能分化。保守基序分析发现，CsTCP蛋白序列中至少存在20个保守基序，同源关系较近的CsTCP成员常具有相似的保守基序构成。亚细胞定位结果显示，CsTCP32定位于细胞核，CsTCP24在细胞核和细胞质都有定位，表明CsTCP蛋白具有转录因子的核定位特征。启动子元件分析发现，CsTCP基因启动子区富含干旱、盐、低温和病原菌侵染胁迫响应元件。基于转录组数据以及半定量和定量PCR分析结果显示，CsTCP基因家族成员在茶树不同组织和胁迫处理后存在差异表达。其中，CsTCP14主要在茎和花中表达，CsTCP32主要在芽和叶中表达；CsTCP19、CsTCP20、CsTCP12和CsTCP32分别在高盐、低温和MeJA处理后上调表达，CsTCP18和CsTCP30在低温和MeJA处理后下调表达。
中图分类号:
S 571.1
引用本文
周棋赢1，韩月华2，祝 悦1，陈 赛1，李先文1，彭 波1，袁红雨1,*. 茶树TCP家族的全基因组鉴定及其表达分析[J]. 园艺学报, 2019, 46(10): 2021-2036.
ZHOU Qiying1，HAN Yuehua2，ZHU Yue1，CHEN Sai1，LI Xianwen1，PENG Bo1，and YUAN Hongyu1,*. Genome-Wide Identification，Classification and Expression Analysis of TCP Gene Family in Tea Plant[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2019, 46(10): 2021-2036.
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