石斛JmjC基因家族的鉴定及响应不同光周期的表达分析
赵 桦1，张舒婷1，刘蒲东1，付 帅1，叶 炜2，陈裕坤1，林玉玲1，徐 涵1，赖钟雄1,*1福建农林大学园艺学院，园艺植物生物工程研究所，福州 350002；2三明市农业科学研究院，福建三明 365000
出版日期:2020-08-25发布日期:2020-08-25基金资助:福建省重大科技专项（2015NZ0002-1）；福建农林大学科技创新基金项目（KF2015108，CXZX2017189，CXZX2018076）；福建省高原学科建设经费项目（102/71201801101）Genome-wide Identification and Expression Analysis of JmjC Gene Family in Response to Different Photoperiods in Dendrobium
ZHAO Hua1，ZHANG Shuting1，LIU Pudong1，FU Shuai1，YE Wei2，CHEN Yukun1，LIN Yuling1，XU Han1，and LAI Zhongxiong1,*1College of Horticulture，Fujian Agriculture and Forestry University，Institute of Horticultural Plant Bioengineering，Fuzhou 350002，China；2Sanming Institute of Agricultural Sciences，Sanming，Fujian 365000，China
Online:2020-08-25Published:2020-08-25摘要/Abstract
摘要： 利用生物信息学方法对石斛组蛋白去甲基化关键酶基因JmjC进行全基因组鉴定，通过qRT-PCR检测DoJMJ组织表达模式及对不同光周期的响应。结果表明，在铁皮石斛（Dendrobium officinale）基因组上共鉴定到17个JmjC，保守结构域分析结果显示，该家族蛋白划分为5个亚家族（JARID1、JHDM3、JHDM2、JMJD6和JmjC-only），各亚家族所含保守结构域数量不等；基因结构分析发现，各亚家族的外显子和内含子数量有所差异，同一亚家族具有相似的外显子/内含子结构；启动子顺式作用元件分析发现DoJMJ家族成员启动子区域有诸多Auxin、ABA、GA、MeJA、SA等激素响应元件及光、干旱、低温、防御和胁迫等环境信号响应元件；qRT-PCR数据表明，金钗石斛（Dendrobium nobile）中该家族10个成员在茎和叶片中表达量较高，少数成员在根中的表达较高，所有成员在果实中表达均较低，推测DoJMJ主要在茎和叶片发育过程发挥作用；此外，该家族成员在不同光周期下呈现不同的表达模式，11个成员在12 h（光照）/12 h（黑暗）下表达量较高，少数成员在4 h/20 h、8 h/16 h、24 h/0 h光周期下高表达。
中图分类号:
S 567
引用本文
赵 桦1，张舒婷1，刘蒲东1，付 帅1，叶 炜2，陈裕坤1，林玉玲1，徐 涵1，赖钟雄1,*. 石斛JmjC基因家族的鉴定及响应不同光周期的表达分析[J]. 园艺学报, 2020, 47(8): 1505-1520.
ZHAO Hua1，ZHANG Shuting1，LIU Pudong1，FU Shuai1，YE Wei2，CHEN Yukun1，LIN Yuling1，XU Han1，and LAI Zhongxiong1,*. Genome-wide Identification and Expression Analysis of JmjC Gene Family in Response to Different Photoperiods in Dendrobium[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2020, 47(8): 1505-1520.
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