苹果miR396家族鉴定及在不定根发育过程中的表达分析
韦燕红，刘 桢，李 珂，孟 媛，汪 蕙，毛江萍，马豆豆，李少欢，马娟娟，卢 显，张 东*西北农林科技大学园艺学院，国家苹果改良中心杨凌分中心，陕西杨凌 712100
出版日期:2020-07-25发布日期:2020-07-25基金资助:国家重点研发计划重点项目（2019YFD1001803）；陕西省重点研发计划项目（2017ZDXM-NY-019，2019TSLNY02-04）；国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目（CARS-27）；“仲英青年****”项目Genome-wide Identification and Expression Analysis of miR396 Family During Adventitious Root Development in Apple
WEI Yanhong，LIU Zhen，LI Ke，MENG Yuan，WANG Hui，MAO Jiangping，MA Doudou，LI Shaohuan，MA Juanjuan，LU Xian，and ZHANG Dong*College of Horticulture，Northwest A & F University，National Apple Improvement Center Yangling Sub-center，Yangling，Shaanxi 712100，China
Online:2020-07-25Published:2020-07-25摘要/Abstract
摘要： 分析了苹果miR396家族进化特性及其在苹果不定根发育过程中的表达模式。结果表明：苹果miR396家族有4条成熟体和7条前体序列（pre-miRNA）。Mfold预测显示Pre-miR396家族7个成员序列均可形成典型稳定的茎环二级结构，最小折叠自由能介于–62.9 kal ? mol-1（pre-miR396b）~–51.9 kal ? mol-1（pre-miR396g）之间。系统发育进化树分析显示，pre-miR396家族亲缘关系可分为3个亚组（G1、G2、G3），每个亚组内基因数量不同，分别含有11、9、19个。靶基因预测显示，苹果miR396靶基因包括MdGRF1、MdGRF2和MdGRF5等，降解组测序进一步验证了miR396对其候选靶基因MdGRF1、MdGRF2和MdGRF5的剪切关系。苹果miR396家族成员在侧根和果实中的表达量显著高于其他组织，其候选靶基因表达量则在花芽和腋芽中显著高于其他组织；不定根发育过程中，miR396家族不同成员表达模式存在显著差异，整体上呈上调表达趋势，其候选靶基因呈下调表达趋势；外源IBA处理显著诱导miR396家族成员的表达，尤其是在不定根诱导期和根系生长期更为显著。
中图分类号:
S 661.1
引用本文
韦燕红，刘 桢，李 珂，孟 媛，汪 蕙，毛江萍，马豆豆，李少欢，马娟娟，卢 显，张 东*. 苹果miR396家族鉴定及在不定根发育过程中的表达分析[J]. 园艺学报, 2020, 47(7): 1237-1252.
WEI Yanhong，LIU Zhen，LI Ke，MENG Yuan，WANG Hui，MAO Jiangping，MA Doudou，LI Shaohuan，MA Juanjuan，LU Xian，and ZHANG Dong*. Genome-wide Identification and Expression Analysis of miR396 Family During Adventitious Root Development in Apple[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2020, 47(7): 1237-1252.
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