葡萄Trihelix转录因子家族生物信息及其基因表达分析

卢世雄，王 萍，何红红，梁国平，马宗桓，乔亚丽，吴玉霞，陈佰鸿*，毛 娟*

甘肃农业大学园艺学院，兰州 730070

出版日期:2019-07-25发布日期:2019-07-25


基金资助:甘肃省委组织部陇原青年创新团队项目（LQ2018091801）；甘肃省现代水果产业体系项目（GARS-SG-3）；甘肃省科技重大专项（18ZD2NA006）

Bioinformatics Identification and Expression Analysis of Grape Trihelix Transcription Factor Family

LU Shixiong，WANG Ping，HE Honghong，LIANG Guoping，MA Zonghuan，QIAO Yali，WU Yuxia，CHEN Baihong*，and MAO Juan*

College of Horticulture，Gansu Agricultural University，Lanzhou 730070，China

Online:2019-07-25Published:2019-07-25

摘要/Abstract

摘要： 利用生物信息学分析、预测葡萄Trihelix转录因子家族基因的特性与功能，为葡萄抗逆基因的挖掘和利用提供理论依据。以‘红地球’葡萄（Vitis vinifera）试管苗为试验材料，对葡萄Trihelix转录因子家族进行理化性质、染色体定位、二级结构预测、亚细胞定位、基因结构分析、motif以及基因芯片表达分析，并利用qRT-PCR技术分析该家族基因在400 mmol ? L-1 NaCl、100 mmol ? L-1 ABA和10% PEG逆境下的表达情况。结果表明，该转录因子家族在葡萄基因组中总共有27个成员，分布于11条染色体上，其中有10个成员集中分布在第14号和17号染色体上；氨基酸残基为175 ~ 880个，大多数具有疏水性。亚细胞定位分析表明，该基因家族主要存在于细胞核中。结构域分析显示，同一亚家族蛋白保守域结构高度相似。基因芯片表达结果显示，非生物胁迫下，叶片中VvTrihelix6在PEG处理24 h后与对照相比呈显著上调趋势，当用NaCl处理4 h和24 h后，与叶片对照相比有下调表达趋势；用ABA处理果实3 d后，该基因在果实中呈下调表达，处理10 d后变化不明显。叶片中VvTrihelix19转录因子经PEG、NaCl和冷胁迫处理24 h后明显下调；果实用ABA处理3 d和10 d后均有明显下调趋势。qRT-PCR分析表明该转录因子家族所有基因对逆境胁迫具有响应作用，但是，不同成员在不同逆境胁迫下的响应程度存在一定的差异。转录因子VvTrihelix6在400 mmol ? L-1 NaCl和100 mmol ? L-1 ABA处理下表达量极显著高于对照，分别是对照的15倍和8倍；VvTrihelix19只在10% PEG胁迫处理后呈显著上调表达。
中图分类号:
S 663.1

引用本文

卢世雄，王 萍，何红红，梁国平，马宗桓，乔亚丽，吴玉霞，陈佰鸿*，毛 娟*. 葡萄Trihelix转录因子家族生物信息及其基因表达分析[J]. 园艺学报, 2019, 46(7): 1257-1269.
LU Shixiong，WANG Ping，HE Honghong，LIANG Guoping，MA Zonghuan，QIAO Yali，WU Yuxia，CHEN Baihong*，and MAO Juan*. Bioinformatics Identification and Expression Analysis of Grape Trihelix Transcription Factor Family[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2019, 46(7): 1257-1269.





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