枇杷WRKY转录因子鉴定与表达分析
李晓颖，徐红霞，陈俊伟*浙江省农业科学院园艺研究所，杭州 310021
出版日期:2019-05-25发布日期:2019-05-25基金资助:国家青年科学基金项目（31601734）；浙江省农业新品种选育重大科技专项果品新品种选育项目（2016C02052-3）；浙江省农业科学院院地合作项目（CA20150009，TZ2018006）；浙江省重点研发计划项目（2018C02011）；浙江省农业科学院科技成果示范推广项目（tg2018007）Identification and Expression Analysis of WRKY Transcription Factors in Eriobotrya japonica
LI Xiaoying，XU Hongxia，and CHEN Junwei*Institute of Horticulture，Zhejiang Academy of Agricultural Sciences，Hangzhou 310021，China
Online:2019-05-25Published:2019-05-25摘要/Abstract
摘要： 以枇杷（Eriobotrya japonica）转录组数据为材料，利用生物信息学手段对枇杷WRKY 转录因子进行鉴定与特征分析。分离鉴定出33条具典型WRKY 结构域的序列，CDS长度分布在492 ~ 2 040 bp，命名为EjWRKY01 ~ EjWRKY33。分组鉴定和进化树分析结果显示，枇杷WRKY 转录因子可分为3 大类，其中Ⅰ类数量为6个，Ⅱ类和Ⅲ类的数量分别为22和5个，其中Ⅱ类又进一步分为a ~ e等5个亚类。WRKY 结构域分析显示，WRKY 结构域高度保守，绝大多数都含有WRKYGQK七肽和锌指结构。枇杷WRKY转录因子基因组DNA 全长895 ~ 3 873 bp，编码的蛋白在163 ~ 679 个氨基酸范围内，具有1 ~ 5个内含子。WRKY启动子顺式作用元件预测结果表明，大部分WRKY启动子序列具有典型的 TATA 和 CAAT 元件。将获得的所有WRKY基因与已报道的拟南芥WRKY进行进化比对分析发现，所有EjWRKY转录因子并没有位于独立的分支上，表明枇杷的基因序列虽与拟南芥物种有差别，但枇杷WRKY 蛋白在调控植物生物和非生物逆境反应、信号传导、生长发育等方面的功能相似。此外，荧光定量PCR结果显示，大部分EjWRKY均在枇杷的根、茎、叶、花和果实中表达，但相对表达水平不同，说明WRKY家族基因在枇杷的生长发育中可能具有不同的功能。
中图分类号:
S 667.3
引用本文
李晓颖，徐红霞，陈俊伟*. 枇杷WRKY转录因子鉴定与表达分析[J]. 园艺学报, 2019, 46(5): 939-954.
LI Xiaoying，XU Hongxia，and CHEN Junwei*. Identification and Expression Analysis of WRKY Transcription Factors in Eriobotrya japonica[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2019, 46(5): 939-954.
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