甘蓝NLR家族全基因组鉴定、进化分析及在不同病害胁迫下的表达分析
邢苗苗，刘 星，孔枞枞，杨丽梅，庄 木，张扬勇，王 勇，方智远*，吕红豪*中国农业科学院蔬菜花卉研究所，农业部园艺作物生物学与种质创制重点实验室，北京100081
出版日期:2019-04-25发布日期:2019-04-25基金资助:国家重点研发计划项目（2017YFD0101804）；国家自然科学基金项目（31701927）；中央级公益性科研院所基本科研业务费项目（Y2018YJ04）；中国农业科学院科技创新工程项目（CAAS-ASTIP-IVFCAAS）；国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目（nycytx-35-gw01）Whole-genome Identification and Evolutionary Analysis of Cabbage NLR Family Genes and Their Expression Profiles in Response to Various Disease Stress
XING Miaomiao，LIU Xing，KONG Congcong，YANG Limei，ZHUANG Mu，ZHANG Yangyong，WANG Yong，FANG Zhiyuan*，and Lü Honghao*Institute of Vegetables and Flowers，Chinese Academy of Agricultural Sciences；Key Laboratory of Biology and Genetic Improvement of Horticultural Crops，Ministry of Agriculture，Beijing 100081，China
Online:2019-04-25Published:2019-04-25摘要/Abstract
摘要： 从全基因组水平鉴定了87个甘蓝NLR基因家族成员，并对其进行了进化分析和表达分析。基因结构和motif 组成分析表明，87个基因可分为5个亚类：NB-LRR（34个）、CC-NB-LRR（6个）、TIR-NB-LRR（45个）、RPW8-NB-LRR（1个）和CC-TIR-NB-LRR（1个）；染色体定位分析表明，该家族基因在9条染色体上呈不均匀地单一或成簇分布；进化分析表明，甘蓝35个NLR基因与白菜NLR基因存在同源关系，其余52个基因为甘蓝特有；利用转录组数据分析了参与甘蓝枯萎病、黑腐病、根肿病、霜霉病、白粉病等抗性应答相关的差异表达基因，发现参与不同病害胁迫抗性应答反应的NLR基因差异较大，这可能与不同NLR基因对不同病原特异性识别有关。
中图分类号:
S 635
引用本文
邢苗苗，刘 星，孔枞枞，杨丽梅，庄 木，张扬勇，王 勇，方智远*，吕红豪*. 甘蓝NLR家族全基因组鉴定、进化分析及在不同病害胁迫下的表达分析[J]. 园艺学报, 2019, 46(4): 723-737.
XING Miaomiao，LIU Xing，KONG Congcong，YANG Limei，ZHUANG Mu，ZHANG Yangyong，WANG Yong，FANG Zhiyuan*，and Lü Honghao*. Whole-genome Identification and Evolutionary Analysis of Cabbage NLR Family Genes and Their Expression Profiles in Response to Various Disease Stress[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2019, 46(4): 723-737.
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