桑叶葡萄叶绿体基因组及其特征分析
杨亚蒙1，焦 健2，樊秀彩1，张 颖1，姜建福1，李 民1，刘崇怀1,*1中国农业科学院郑州果树研究所，郑州 450009；2河南农业大学园艺学院，郑州 450002
出版日期:2019-04-25发布日期:2019-04-25基金资助:国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目（CARS-29-yz-1）；中国农业科学院科技创新工程项目（CAAS-ASTIP-2018- ZFRI）；农业部物种保护项目（2130135-34）；中央级科研院所基本科研业务费专项（1610192018105）Complete Chloroplast Genome Sequence and Characteristics Analysis of Vitis ficifolia
YANG Yameng1，JIAO Jian2，FAN Xiucai1，ZHANG Ying1，JIANG Jianfu1，LI Min1，and LIU Chonghuai1,*1Zhengzhou Fruit Research Institute，Chinese Academy of Agricultural Sciences，Zhengzhou 450009，China；2College of Horticulture，Henan Agricultural University，Zhengzhou 450002，China
Online:2019-04-25Published:2019-04-25摘要/Abstract
摘要： 桑叶葡萄（Vitis ficifolia）是中国重要的葡萄属野生资源。以桑叶葡萄‘九里沟桑4号’为试验材料，利用Illumina HiSeq PE150测序平台完成了其全基因组重测序，并组装了其叶绿体基因组。注释结果表明，桑叶葡萄叶绿体基因组全长160 751 bp，呈典型的四分体结构，其大单拷贝区（large single copy，LSC）、反向重复序列（inverted repeat，IR）和小单拷贝区（small single copy，SSC）的长度分别为88 971、26 355和19 070 bp。注释共得到133个基因，包含88个蛋白编码基因，8个rRNA基因，37个tRNA基因。在桑叶葡萄中共搜索到84个SSR位点，其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸重复基序个数分别为55、8、9、9和3个。用MEGA软件，通过邻接法对包括5个葡萄种类的32个种的叶绿体基因组序列进行聚类分析，结果表明，桑叶葡萄与山葡萄（Vitis amurensis）、欧亚种‘黑比诺’（V. vinifera‘Pinot Noir’）、夏葡萄（V. aestivalis）以及圆叶葡萄（V. rotundifolia）具有较近的亲缘关系。
中图分类号:
S 633.1
引用本文
杨亚蒙1，焦 健2，樊秀彩1，张 颖1，姜建福1，李 民1，刘崇怀1,*. 桑叶葡萄叶绿体基因组及其特征分析[J]. 园艺学报, 2019, 46(4): 635-648.
YANG Yameng1，JIAO Jian2，FAN Xiucai1，ZHANG Ying1，JIANG Jianfu1，LI Min1，and LIU Chonghuai1,*. Complete Chloroplast Genome Sequence and Characteristics Analysis of Vitis ficifolia[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2019, 46(4): 635-648.
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