北京中医药大学基础医学院前身为北京中医学院中医系（基础医学部），创建于1956年；1980年经卫生部批准建立了中医基础理论研究所，实行系所合一的管理体制；1984年底更名为中医基础医学部；1999年12月经教育部批准正式改名为基础医学院。2000年6月，原北京针灸骨伤学院、北京中医药大学合并。建立了新的北京中医药大学基础医学院。目前，基础医学院设有9个系，两个实验中心（科研、教学）、八个研究中心，并设有中医基础理论研究所和中西医结合研究所等院所合一的管理体制。共有教职工220人，其中教授63人，副教授61人；师资力量雄厚教研人员中研究生以上学历者占36.4%，其中博士20%；基础医学院承担着大学中医基础课、中西医结合基础课、普通基础课等30余门课程。教学手段基本实现了从口授、板书、挂图向投影、幻灯教学的转变，大部分课程正向多媒体教学过渡。目前，以提高综合利用水平、改善教学环境为目标的实验教学中心调整工作正在全面展开，形成以技术手段的功能属性为核心的机能实验教学区、形态实验教学区、病原实验教学区，并实现室内环境相对湿温、满足现代医学基础课程的实验教学需求，较大地提高实验课的生均面积，减少每台（套）教学仪器的学生数量，从而增加学生的动手机会，提高实验课教学的质量，所有教学实验室均为北京市高等学校基础课教学合格实验室。同时，扩建中医特色的实验教学区，建立中医临床技能训练、中医四时模拟系统、中药饮片辨证等教学区。形成了多学科、多层次的中医学和中西医结合医学学士、硕士、博士、博士后，以及国内外进修生和各国留学生的培养体系，设有中医专业七年制五个培养方向和中医医疗专业五年制。

　　学院重视学科建设工作。目前，本院有国家级重点学科，四个分别是中医基础理论、中西医结合基础、中医诊断学、方剂学；国家中医药管理局重点学科3个分别是临床中药学、中医基础理论、中医诊断学，扶持学科两个，养生康复学科、中医临床基础。在各学科中既有闻名中外的中西医老专家，仍孜孜不倦地发挥传、帮、带的作风，又有闻名学术界的中青年学者，勤奋工作在教学科研第一代，形成了良好的学科人才梯队，顺利实现了学科学术带头人的新老交替，为学科的建设发展奠定了人才基础。

　　科学研究能力与水平提高迅速。以稳定的研究方向和明确的发展目标为主线，以理论创新和构建临床发展的支持体系为目标，在重视中医药基础理论研究的同时，时刻注意应用基础理论和理论应用性发展的研究，实现了学术与技术的共同发展。以中青年为主的老、中、青结合的科研群体活跃在科研工作第一线。目前，承担有国家973、863、十五攻关、国家自然科学基金重点项目与向上项目，以及其它国家、部委级科研基金项目，共计20项，近年来获部级以上科研奖励4项。科研成果开发及向企业转化工作初见成效，两年来成功转化并上产上市的产品有3项，达成转化协议正处于共同开发之中的项目3项，同时与中药开发及生产企业建立了具有较高信任度的合作关系为企业生产过程、产品开发临床前研究解决了许多疑难问题，实现了高等学校教学、科研、服务于社会的办学职能。目前，本院设有特聘教授岗位并在8个领域吸纳博士后研究人员来此从事中医药研究工作。拥有一批先进、性能优良的仪器设备，能够实现形态观察、机能测试及代谢分析的技术整合，211工程建设的分子生物学实验室并已投入使用。可以从整体、组织和细胞分子水平对疾病的病因、病机、治法以及方药作用机理等进行综合研究。当前，以功能集约、资源共享、优势互补，提高仪器设备使用率和综合效益为目标的科研支撑体系，也是我院重点学科实验室建设的基础。

　　该中心将以优良的实验环境和宽松的研究工作气氛，形成良好的开放格局，促进科研工作和人才技术的广泛交流，推动中医药科研工作向更深入、更广泛的方向发展。