中医临床基础学科是北京市重点学科，它是研究中医辨证论治基本规律、为临床提供理法方药综合运用的方法和思路，以提高临床疗效为最终研究目标的一门学科，是联系中医基础学科与临床学科的桥梁本学科带头人为北京中医药大学副校长王庆国教授，现有成员26人，其中教授12人，副教授8人；具有博士学位者8人，硕士学位者10人；博士生导师4人，硕士生导师12人；有3人享受国务院政府特殊津贴。
　　
　　本学科有3个稳定的研究方向：1.经方防治常见病、疑难病的研究；2.经方配伍规律及作用机制的研究；3.中医临床辨证论治体系的研究。
　　
　　本学科设《伤寒论》、《金匮要略》、《温病学》三门课程，是中医四大经典课程的主体，历来就是传统中医教育的核心。
　　
　　本学科科研实力雄厚，曾主持国家级科研项目4项，部局级28项；发表学术论文700余篇；主编、副主编专业著作近百部，统编全国教材4部；获国家专利2项；国家级成果奖1项、部局级成果奖6项。
　　
　　本学科是国家最早的中医硕士、博士点和博士后流动站授予单位，已为国家培养博士研究生21人，硕士研究生45人。