北京中医药大学中药学院（原中药系）始建于1960年，是我国最早创建的中药高等教育院系之一。1985年成立了中药研究所，现实行院所合一的管理体制。
　　
　　经过多年的努力和建设，中药学院已形成专科、本科、硕士、博士多层次的教学体系，是中药学一级学科博士学位授权点和最早设立博士后流动站的单位。在全国中医药院校中，中药学学科也是国家“211”工程唯一重点建设项目。中药学院已形成了以名誉院长肖培根院士、名誉所长颜正华、李家实教授等知名学者为核心、中青年骨干教师为主体、结构合理的学术梯队。现有教授25名，博士生导师20名，药典委员会委员1名，国家新药审评专家5名。中青年专家中具有博士学位的15名，留学回国人员18名。已接受9名博士后进站，1996年以来，出版学术著作35部，主编统编教材5部。同国外10余所大学建立了广泛的学术交流与合作。在中药材真伪优劣和质量评价方法学研究、中药复方物质基础及药效评价研究、中药信息学研究和中药新药研发等方面中药学院均处于国内领先水平，中药生药学、中药药理学、临床中药学3个学科为国家中医药管理局重点学科。在国内高校中率先建成了符合gmp标准的中药制剂中试车间，1998年基础化学和中药药理学实验室通过了教育部基础课教学实验室验收，现拥有国家中医药管理局三级科研实验室2个，北京市“中药基础与新药研究重点实验室”1个，教育部“中药制药与新药开发工程研究中心”，教育部“高等学校中医药现代化网上合作研究中心”。
　　
　　1996年以来，中药学院主持和承担了包括“973”等国家级课题29项，省、部级课题21项，获国家和省部级科技进步奖11项，已受理的专利申请9项，获国家发明专利4项，科技成果转让14项。曹春林教授主持研制的中医临床急症用药“清开灵”，已产生了巨大的经济效益和社会效益，对中药剂型的改革和中药产业化起到了重要促进与辐射作用。
　　
　　近几年中药学院已投入近1200万元，进行硬件建设，形成了从中药药效物质基础分离、分析、结构鉴定、药效实验到制剂制备等完整的教学、科研体系。目前实验室面积已达到5500平方米，实验室中包括中药生药学、中药药理学、中药制药学、中药化学、临床中药学教学与科研的各种大型贵重精密仪器1239台（件）。各种图书资料、信息资源、仪器设备等均实现了共享。中药学院拥有迄今全国中医药院校中规模最大的中药标本馆，已设有8000余种动植物药（包括原植物蜡叶标本、药材饮片等）标本和中成药样品。
　　
　　中药学院将通过对中药品种和质量研究，实现中药品种和质量科学评价关键技术的整合，为中药质量标准化、规范化提供技术平台；以中药基因鉴定方法为龙头，构建中药生物鉴定新的评价体系，揭示中药材质量与生态环境的关系，为中药gap制定提供科学支撑。通过对药性数字化描述和中药复方配伍规律科学内涵的信息表达，为现代中药理论构建奠定基础；中药药效团数据库和受体数据库的建立，为中药作用机理和新药筛选提供指导。通过新技术、新材料的应用和复方药效物质基础及药效评价方法学研究，完成glp建设，形成中药高级人才培养、中药现代化关键技术创新的基地。使中药学院成为国内一流、国际有影响的知识创新和成果转化的研究中心，为中药产业化，健康产业的发展提供人才和技术支撑。