于军(JunYu)
博士生导师，“百人计划”研究员
E-Mail：junyu@big.ac.cn
研究领域：基因组学生物信息学
导师简介：学习经历：
1978–1983中国吉林大学生物化学专业学士学位1984–1986美国纽约大学医学院生物医学科学硕士学位1986–1990美国纽约大学医学院生物医学科学博士学位
工作经历：
1984–1990美国纽约大学医学院研究助理
1990–1993美国纽约大学医学院泌尿系研究助理教授
1993–1998美国华盛顿大学（西雅图）资深研究员（SeniorFellow,non-tenurefacultyposition）
1998–2003中国科学院遗传研究所人类基因组中心研究员、副主任
2003–2012中国科学院北京基因组研究所研究员副所长
2006–2012中国科学院基因组科学与信息重点实验室主任
学术兼职：
中国遗传学会常务理事、基因组学分会主任《Genomics，ProteomicsandBioinformatics》主编《InternationalJournalofPlantGenomics》副主编《Genomics》副主编《BiologyDirect》副主编《BMCEvolutionaryBiology》副主编《ScienceinChina(SeriesCLifeSciences)》副主编《JournalofCellandPlantSciences》副主编《FrontiersinPlantGeneticsandGenomics》副主编
获奖及荣誉：
2002：国家自然科学基金委“杰出青年奖”（B类）
2002：中国科学院“百人计划”（海外杰出人才）
2002：香港求是科技基金会“求是杰出科技成就奖”
2002：《科学美国人》杂志首届年度全球科研领袖
2003：中国科学院杰出科技成就奖
2012：发展中国家科学院农业科学奖
动植物家养化、杂种优势、性别决定等基因组学机制；比较基因组学和基因组组分动力学研究（如植物、脊椎动物和节肢动物等基因组结构变化与规律）;人类疾病的遗传学与基因组生物学；动植物和细菌等物种表型可塑性的分子机制;遗传密码、分子生物学机制及细胞过程起源；DNA测序技术与单细胞内生化分子动态测定方法等。
近期主要学术成果：
1.Asoneofthecorrespondingauthors:Al-Mssallemetal.(2013)ADraftGenomeSequenceofDatePalm(PhoenixdactyliferaL.).NatureCommunication.PublishingonlineAugust6.
2.DapengWang,YanXia,XinnaLi,LixiaHouandJunYu.(2012).TheRiceGenomeKnowledgebase(RGKbase):anannotationdatabaseforricecomparativegenomicsandevolutionarybiology.NucleicAcidsRes41(D1):D1199–D1205.
3.ZhangZhang,JunLi,PengCui,FengDing,AngLi,JeffreyP.Townsend,JunYu.(2012).CodonDeviationCoefficient:anovelmeasureforestimatingcodonusagebiasanditsstatisticalsignificance.BMCBioinformatics13:43.
4.JunYuasalistedauthoroftheSchistosomajaponicumGenomeSequencingandFunctionalAnalysisConsortium.(2009)TheSchistosomajaponicumgenomerevealsfeaturesofhost–parasiteinterplay.Nature460:345–351.
5.LiangYangandJunYu.(2009)AComparativeAnalysisofDivergently-PairedGenes(DPGs)ofDrosophilaandVertebrateGenomes.BMCEvolutionaryBiology9:55.
6.KaifuChen,QingshuMeng,LinaMa,QingyouLiu,PetrusTang,ChungshungChiu,SongnianHu,JunYu.(2008).AnovelDNAsequenceperiodicitydecodesnucleosomepositioning.NucleicAcidsRes.36:6228–36.
7.JunYuco-authoredinMuznyetal(2006).TheDNAsequence,annotationandanalysisofhumanchromosome3.Nature440(7088):1194-
8.8.JunYuasoneofthelistedauthorsoftheInternationalHapMapConsortium.(2005)Ahaplotypemapofthehumangenome.Nature437:1299-1320.
9.JunYu,WangJ,LinW,LiS,LiH,etal.(2005)TheGenomesofOryzasativa:AHistoryofDuplicationsRicegenomes.PLoSBiol3:e38.
10.JunYuco-firstauthoredinInternationalChickenPolymorphismMapConsortium.(2004)Ageneticvariationmapforchickenwith2.8millionsingle-nucleotidepolymorphisms.Nature431:717–722.
11.JunYuco-authoredinInternationalChickenGenomeSequencingConsortium.(2004)Sequenceandcomparativeanalysisofthechickengenomeprovideuniqueperspectivesonvertebrateevolution.Nature431:695–716.
12.JunYuco-firstauthoredinXiaetal.(2004)AdraftsequenceofthegenomeofthedomesticatedsilkwormBombyxmori).Science310:1938–1940.
13.JunYuasoneofthelistedauthorsandco-PIoftheChineseeffort,InternationalHumanGenomeSequencingConsortium.(2004)Finishingtheeuchromaticsequenceofthehumangenome.Nature431:931–945.
14.Wong,GaneKa-Shu,JunWang,DouglasA.Passey,andJunYu.(2002)Codon-UsageGradientsinGramineaeGenomes.GenomeRes12:851–856.
15.JunYuetal.(2002)Adraftsequenceassemblyoftherice(Oryzasativassp.indica)genome.Science296:79–93.
16.Wong,G.K.-S.,D.A.Passey,andJ.Yu.(2001)Mostofthehumangenomeistranscribed.GenomeRes11:1975–1977.
17.Yang,Z.,G.K-S.Wong,M.A.Eberle,M.Kibukawa,D.A.Passey,W.R.Hughes,L.Kruglyak,andJ.Yu.(2000)SamplingSNPs.NatureGenetics26:13–14.
18.JunYuco-firstauthoredWongetal.(1997)Multiple-complete-digestrestrictionfragmentmapping:Generatingsequence-readymapsforlarge-scaleDNAsequencing.ProcNatlAcadSciUSA94:5225–5230.
19.JunYuco-firstauthoredLinetal.(1994)UroplakinIaandIb,twomajordifferentiationproductsofbladderepithelium,belongtoafamilyoffourtransmembranedomain(4TM)proteins.JCellBiol125:171–182.
20.JunYu,M.Manabe,X.-R.Wu,C.Xu,B.SuryaandT.-T.Sun(1990)UroplakinI:a27-kDproteinassociatedwiththeasymmetricunitmembraneofmammalianurotheliumJCellBiol111:1207–1216.
1.973项目，2011CB944100，“小型猪和小鼠等医学实验哺乳动物模型建立与基础数据集成”，2011年1月~2015年8月，在研，项目主持人；
2.973项目，2006CB910400，“以细胞为单元的人类基因转录组与蛋白质组的关联性研究”，2006年12月-2011年8月，结题，子课题负责人
课题组主要研究领域：
大规模基因组测序、组装、注释及比较分析；重要植物和哺乳动物的转录组学及表观组学研究；新一代测序技术和测序仪器的研发；生物信息学算法、软件和数据库开发；基因组学应用研究，如基因组学在生物医学、生物能源等方面的应用。
招收生物学，数学和计算机背景的本科生
工作经历：
1984–1990美国纽约大学医学院研究助理
1990–1993美国纽约大学医学院泌尿系研究助理教授
1993–1998美国华盛顿大学（西雅图）资深研究员（SeniorFellow,non-tenurefacultyposition）
1998–2003中国科学院遗传研究所人类基因组中心研究员、副主任
2003–2012中国科学院北京基因组研究所研究员副所长
2006–2012中国科学院基因组科学与信息重点实验室主任
主要研究领域：
动植物家养化、杂种优势、性别决定等基因组学机制；比较基因组学和基因组组分动力学研究（如植物、脊椎动物和节肢动物等基因组结构变化与规律）;人类疾病的遗传学与基因组生物学；动植物和细菌等物种表型可塑性的分子机制;遗传密码、分子生物学机制及细胞过程起源；DNA测序技术与单细胞内生化分子动态测定方法等。
承担科研项目情况：
1.973项目，2011CB944100，“小型猪和小鼠等医学实验哺乳动物模型建立与基础数据集成”，2011年1月~2015年8月，在研，项目主持人；
2.973项目，2006CB910400，“以细胞为单元的人类基因转录组与蛋白质组的关联性研究”，2006年12月-2011年8月，结题，子课题负责人
代表论著：
1.Asoneofthecorrespondingauthors:Al-Mssallemetal.(2013)ADraftGenomeSequenceofDatePalm(PhoenixdactyliferaL.).NatureCommunication.PublishingonlineAugust6.
2.DapengWang,YanXia,XinnaLi,LixiaHouandJunYu.(2012).TheRiceGenomeKnowledgebase(RGKbase):anannotationdatabaseforricecomparativegenomicsandevolutionarybiology.NucleicAcidsRes41(D1):D1199–D1205.
3.ZhangZhang,JunLi,PengCui,FengDing,AngLi,JeffreyP.Townsend,JunYu.(2012).CodonDeviationCoefficient:anovelmeasureforestimatingcodonusagebiasanditsstatisticalsignificance.BMCBioinformatics13:43.
4.JunYuasalistedauthoroftheSchistosomajaponicumGenomeSequencingandFunctionalAnalysisConsortium.(2009)TheSchistosomajaponicumgenomerevealsfeaturesofhost–parasiteinterplay.Nature460:345–351.
5.LiangYangandJunYu.(2009)AComparativeAnalysisofDivergently-PairedGenes(DPGs)ofDrosophilaandVertebrateGenomes.BMCEvolutionaryBiology9:55.
6.KaifuChen,QingshuMeng,LinaMa,QingyouLiu,PetrusTang,ChungshungChiu,SongnianHu,JunYu.(2008).AnovelDNAsequenceperiodicitydecodesnucleosomepositioning.NucleicAcidsRes.36:6228–36.
7.JunYuco-authoredinMuznyetal(2006).TheDNAsequence,annotationandanalysisofhumanchromosome3.Nature440(7088):1194-
8.8.JunYuasoneofthelistedauthorsoftheInternationalHapMapConsortium.(2005)Ahaplotypemapofthehumangenome.Nature437:1299-1320.
9.JunYu,WangJ,LinW,LiS,LiH,etal.(2005)TheGenomesofOryzasativa:AHistoryofDuplicationsRicegenomes.PLoSBiol3:e38.
10.JunYuco-firstauthoredinInternationalChickenPolymorphismMapConsortium.(2004)Ageneticvariationmapforchickenwith2.8millionsingle-nucleotidepolymorphisms.Nature431:717–722.
11.JunYuco-authoredinInternationalChickenGenomeSequencingConsortium.(2004)Sequenceandcomparativeanalysisofthechickengenomeprovideuniqueperspectivesonvertebrateevolution.Nature431:695–716.
12.JunYuco-firstauthoredinXiaetal.(2004)AdraftsequenceofthegenomeofthedomesticatedsilkwormBombyxmori).Science310:1938–1940.
13.JunYuasoneofthelistedauthorsandco-PIoftheChineseeffort,InternationalHumanGenomeSequencingConsortium.(2004)Finishingtheeuchromaticsequenceofthehumangenome.Nature431:931–945.
14.Wong,GaneKa-Shu,JunWang,DouglasA.Passey,andJunYu.(2002)Codon-UsageGradientsinGramineaeGenomes.GenomeRes12:851–856.
15.JunYuetal.(2002)Adraftsequenceassemblyoftherice(Oryzasativassp.indica)genome.Science296:79–93.
16.Wong,G.K.-S.,D.A.Passey,andJ.Yu.(2001)Mostofthehumangenomeistranscribed.GenomeRes11:1975–1977.
17.Yang,Z.,G.K-S.Wong,M.A.Eberle,M.Kibukawa,D.A.Passey,W.R.Hughes,L.Kruglyak,andJ.Yu.(2000)SamplingSNPs.NatureGenetics26:13–14.
18.JunYuco-firstauthoredWongetal.(1997)Multiple-complete-digestrestrictionfragmentmapping:Generatingsequence-readymapsforlarge-scaleDNAsequencing.ProcNatlAcadSciUSA94:5225–5230.
19.JunYuco-firstauthoredLinetal.(1994)UroplakinIaandIb,twomajordifferentiationproductsofbladderepithelium,belongtoafamilyoffourtransmembranedomain(4TM)proteins.JCellBiol125:171–182.
20.JunYu,M.Manabe,X.-R.Wu,C.Xu,B.SuryaandT.-T.Sun(1990)UroplakinI:a27-kDproteinassociatedwiththeasymmetricunitmembraneofmammalianurotheliumJCellBiol111:1207–1216.
社会任职：
中国遗传学会常务理事、基因组学分会主任《Genomics，ProteomicsandBioinformatics》主编《InternationalJournalofPlantGenomics》副主编《Genomics》副主编《BiologyDirect》副主编《BMCEvolutionaryBiology》副主编《ScienceinChina(SeriesCLifeSciences)》副主编《JournalofCellandPlantSciences》副主编《FrontiersinPlantGeneticsandGenomics》副主编
获奖及荣誉：
2002：国家自然科学基金委“杰出青年奖”（B类）
2002：中国科学院“百人计划”（海外杰出人才）
2002：香港求是科技基金会“求是杰出科技成就奖”
2002：《科学美国人》杂志首届年度全球科研领袖
2003：中国科学院杰出科技成就奖
2012：发展中国家科学院农业科学奖
