刘斯奇(SiqiLiu)
博士生导师，研究员
E-Mail：siqiliu@big.ac.cn
研究领域：生物化学与分子生物学
导师简介：学习经历：
1978年4月-1982年7月，衡阳大学化学学院，理学学士学位。1982年9月-1985年7月，湖南医学院，理学硕士学位。1989年9月-1994年5月，德克萨斯大学医学部（UniversityofTexasMedicalBranch）生物及人类遗传系，生物及分子生物学博士学位。
工作经历：
1995-1998年贝勒医学院（BaylorCollegeofMedicine）博士后
1998年路易维尔大学（UniversityofLouisville）医学院医学系助理教授
1999年参与创建北京华大基因研究中心中心主任
2003年-至今中国科学院北京基因组研究所研究员博士生导师
2005年全职回国中国科学院研究生院教授、博士生导师北京基因组研究所蛋白质组学研究室负责人
2011年-2012年中国科学院北京基因组研究所工业生物基因组科学实验室主任
学术兼职：
学术期刊Physiology编委CNHUPO学术委员会委员INPPO委员会委员
获奖及荣誉：
2002年杰出科技成就集体奖
2013年政府特殊津贴
基因组及蛋白质组学研究
近期主要学术成果：
1.SongyueYin,JinXue,HaidanSun,BoWen,QuanhuiWang,GuyPerkins,HuiwenW.Zhao,MarkH.Ellisman,Yu-hsinHsiao,LiangYin,YingyingXie,JinZi,LiangLin,GabrielG.Haddad,DanZhou,SiqiLiu.QuantitativeevaluationofthemitochondrialproteomesofDrosophilamelanogasteradaptedtoextremeoxygenconditions.PLoSOne,2013,12;8(9):e74011.
2.ZhaohuiWang,JunZhang,YuanWang,RuiXing,ChongqinYi,HuishanZhu,XianweiChen,JiaoGuo,WeixinGuo,WenmeiLi,LinWu,YouyongLu,SiqiLiu.Matrine,anovelautophagyinhibitor,blockstraffickingandtheproteolyticactivationoflysosomalproteases.Carcinogenesis,2013,34(1):128-38.
3.WeiTong,ZhenChen,ZheCao,QuanhuiWang,JiyuanZhang,XueBai,RongWang,SiqiLiu.Robustnessanalysisofaconstraint-basedmetabolicmodellinkscellgrowthandproteomicsofThermoanaerobactertengcongensisundertemperatureperturbation.MolBiosyst.2013,9(4):713-22.
4.QiangShan,XiaominLou,TingXiao,JuZhang,HuiyingSun;YanningGao,ShujunCheng;LinWu;NingzhiXu,SiqiLiu.Acancer/testisantigenmicroarraytoscreenautoantibodybiomarkersofnon-smallcelllungcancer.CancerLett.,2013,328(1):160-7
5.QuanhuiWang,BoWen,GuangrongYan,GuoquanYan,JunYao,HaojieLu,WantaoYing,FanZhong,QingyuHe,SiqiLiu.Qualitativeandquantitativeexpressionstatusofthehumanchromosome20genesincancertissuesandtherepresentativecelllines.JProteomeRes.2013,2(1):151-61.
6.ShenyanZhang,BoWen,BaojinZhou,LeiYang,ChaoCha,ShaoxingXu,XuemeiQiu,QuanhuiWang,HaidanSun,XiaominLou,JinZi,YongZhang,LiangLin,SiqiLiu.QuantitativeAnalysisoftheHumanAKRFamilyMembersinCancerCellLinesUsingthemTRAQ/MRMApproach.JProteomeRes.2013,12(5):2022-33.
7.ZhenChen,BoWen,QuanhuiWang,WeiTong,JiaoGuo,XueBai,JingjingZhao,YaoSun,QiTang,ZhilongLin,LiangLin,SiqiLiu.Quantitativeproteomicsrevealsthetemperature-dependentproteinsencodedbyaseriesofclustergenesinThermoanaerobactertengcongensis.MolCellProteomics.2013,12(8):2266-77
8.HuiyingSun,XiaominLou,QiangShan,JuZhang,XuZhu,JiaZhang,YangWang,YingyingXie,NingzhiXu,SiqiLiu.ProteolyticCharacteristicsofCathepsinDRelatedtotheRecognitionandCleavageofItsTargetProteins.PlosOne,2013,8(6):e65733.
9.ZhongQian,JingjingZhao,XueBai,WeiTong,ZhenChen,HanfuWei,QuanhuiWang,SiqiLiu.ThermalstabilityofglucokinasesinThermoanaerobactertengcongensis.BiomedResInt.2013,2013:646539
10.SongyueYin,JinXue,HaidanSun,BoWen,QuanhuiWang,GuyPerkins,HuiwenZhao,MarkH.Ellisman,Yu-hsinHsiao,LiangYin,YingyingXie,JinZi,LiangLin,GabrielG.Haddad,DanZhou,SiqiLiu.QuantitativeevaluationofthemitochondrialproteomesofDrosophilamelanogasteradaptedtoextremeoxygenconditions.PLoSOne,2013,12;8(9):e74011.
11.RuiXing,WenmeiLi,JiantaoCui,JunZhang,BinKang,YuanWang,ZhaohuiWang,SiqiLiu,.YouyongLu.Gastrokine1InducesSenescencethroughp16/RbPathwayActivationinGastricCancerCells.Gut.2012,61:43-52.
12.JuZhang,XiaominLou,ShangbinYang,ShunHe,LeiYang,MeiLiu,HongxiaZhu,QiangShan,SiyuanSu,QiminZhan,NingzhiXu,SiqiLiu.BAG2isatargetofthec-Mycgeneandisinvolvedincellularsenescenceviathep21CIP1pathway.CancerLetters.2012,318:34-41.
13.YaweiRu,LiangYin,HaidanSun,QinPan,SongyueYin,HanfuWei,LinWu,SiqiLiu.Amicro-preparationofmitochondriafromcellsusingmagneticbeadswithimmuno-affinity.AnalyticalBiochemistry.2012,421:219-226.
14.QianWang,QuanhuiWang,WeiTong,XueBai,ZhenChen,JingjingZhao,JiyuanZhang,SiqiLiu.Regulationofenzymeactivityofalcoholdehydrogenasethroughitsinteractionswithpyruvate-ferredoxinoxidoreductaseinThermoanaerobactertengcongensis.BiochemBiophysResCommun.2012,417:1018-1023.
15.JinZi,JiyuanZhang,QuanhuiWang,LiangLin,WeiTong,XueBai,JingjingZhao,ZhenChen,XiqinFu,SiqiLiu.Proteomicsstudyofriceembryogenesis:Discoveryoftheembryogenesis-dependentglobulins.Electrophoresis.2012,33:1129–1138.
16.ZhenChen,QuanhuiWang,LiangLin,QiTang,JamesL.Edwards,ShuweiLi,SiqiLiu.Comparativeevaluationoftwoisobariclabelingtags,DiARTandiTRAQ.AnalyticalChemistry.2012,84:2908?2915.
17.YuanWang,HanfuWei,QinPan,ZhaohuiWang,RuiXing,WenmeiLi,JunZhang,MengDing,JiaoGuo,LinWu,YouyongLu,SiqiLiu.Identificationandeliminationofheterophilicantibodyinterference.AnalyticalBiochemistry.2012,7:1-3.
18.WeiHuang,LinWu,GuozhenLiu,SiqiLiu.Proteinmicroarray:akeyapproachofproteomics.FrontiersinBiology.2010,5:331-338.
19.AihuaSun,YingJiang,XueWang,QijunLiu,FanZhong,QuanyuanHe,WeiGuan,HaoLi,YulinSun,LiangShi,HongYu,DongYang,YangXu,YanpingSong,WeiTong,DongLi,ChengzhaoLin,YunweiHao,ChaoGeng,DongYun,XuequnZhang,XiaoyanYuan,PingChen,YunpingZhu,YixueLi,SongpingLiang,XiaohangZhao,SiqiLiu,FuchuHe.Liverbase:Acomprehensiveviewofhumanliverbiology.JournalofProteomeResearch.2010,9:50-58.
20.YuanWang,FuliPeng,WeiTong,HaidanSun,NingzhiXu,SiqiLiu.TheNitratedProteomeinHeartMitochondriaofthedb/dbMouseModel:CharacterizationofNitratedTyrosineResiduesinSCOT.JournalofProteomeResearch.2010,9:4254-4263.
21.ZhongQian,QuanhuiWang,WeiTong,ChuanqiZhou,QianWang,SiqiLiu.RegulationofGalactoseMetabolismthroughtheHisK:GalRTwo-ComponentSysteminThermoanaerobactertengcongensis.JournalofBacteriology.2010,9:4311-4316.
1、国家重大科学研究计划，2010CB912703，蛋白质组海量质谱数据的解析及其在人类基因组注释中的应用，2010年1月-2014年8月，在研，项目首席科学家。
2、973计划课题，2009CB522204，炎症反应信号通路对肿瘤转移的影响，2009年1月-2013年8月，结题，课题骨干。
3、973计划课题，2004CB719605，项目极端微生物的嗜极生理和代谢调控研究，2004年9月-2009年8月，结题，课题负责人。
4、973计划子课题，2006CB910105，水稻种子发育的蛋白质组研究，2006年12月-2011年12月，结题，子课题负责人。
5、973计划子课题，2007CB707801，微生物糖代谢与转化的分子基础，2007年5月-2011年12月，结题，子课题负责人。
6、国家自然基金重大研究计划项目，91131009，小鼠AOM结直肠癌模型的微进化研究，2012年1月-2014年12月，在研，项目负责人。
7、国家自然基金面上项目，30772471，CathepsinD在肿瘤发生中的机理研究，2008年1月-2010年12月，结题，项目负责人。
8、863计划课题，2006AA02Z492，肺癌血清生物标记物的筛选及其应用，2006年12月-2008年12月，结题，课题负责人。
9、863计划子课题，2006AA02A308，人类肝脏蛋白质组表达谱和修饰谱研究，2007年12月-2010年12月，结题，子课题负责人。
定量蛋白质组学技术研究及其肿瘤蛋白质组学、植物及微生物蛋白质组学研究中的应用。综合多种技术手段进行了疾病蛋白组学定量研究及修饰组学的研究。整合基因组学、蛋白质组学等多种研究手段，开展以测序及蛋白质组学分析为核心技术的合成生物学研究、以第二代或第三代测序仪为核心技术展开大规模的肿瘤基因组及靶标微生物的基因组测序；以高精度质谱仪为核心技术开展肿瘤及模式生物的蛋白质组的功能网络和核心通路的系统研究；以抗体制备及质谱为核心技术的硝基化、磷酸化等修饰蛋白质组学技术的建立及优化；同时从细胞水平、亚细胞器水平、细胞分泌蛋白质等不同角度对各种生理及疾病条件下的定量及修饰蛋白质组学进行分析。
生物化学、分子生物学、基因组与蛋白质组学、生物信息学等专业
工作经历：
1995-1998年贝勒医学院（BaylorCollegeofMedicine）博士后
1998年路易维尔大学（UniversityofLouisville）医学院医学系助理教授
1999年参与创建北京华大基因研究中心中心主任
2003年-至今中国科学院北京基因组研究所研究员博士生导师
2005年全职回国中国科学院研究生院教授、博士生导师北京基因组研究所蛋白质组学研究室负责人
2011年-2012年中国科学院北京基因组研究所工业生物基因组科学实验室主任
主要研究领域：
基因组及蛋白质组学研究
承担科研项目情况：
1、国家重大科学研究计划，2010CB912703，蛋白质组海量质谱数据的解析及其在人类基因组注释中的应用，2010年1月-2014年8月，在研，项目首席科学家。
2、973计划课题，2009CB522204，炎症反应信号通路对肿瘤转移的影响，2009年1月-2013年8月，结题，课题骨干。
3、973计划课题，2004CB719605，项目极端微生物的嗜极生理和代谢调控研究，2004年9月-2009年8月，结题，课题负责人。
4、973计划子课题，2006CB910105，水稻种子发育的蛋白质组研究，2006年12月-2011年12月，结题，子课题负责人。
5、973计划子课题，2007CB707801，微生物糖代谢与转化的分子基础，2007年5月-2011年12月，结题，子课题负责人。
6、国家自然基金重大研究计划项目，91131009，小鼠AOM结直肠癌模型的微进化研究，2012年1月-2014年12月，在研，项目负责人。
7、国家自然基金面上项目，30772471，CathepsinD在肿瘤发生中的机理研究，2008年1月-2010年12月，结题，项目负责人。
8、863计划课题，2006AA02Z492，肺癌血清生物标记物的筛选及其应用，2006年12月-2008年12月，结题，课题负责人。
9、863计划子课题，2006AA02A308，人类肝脏蛋白质组表达谱和修饰谱研究，2007年12月-2010年12月，结题，子课题负责人。
代表论著：
1.SongyueYin,JinXue,HaidanSun,BoWen,QuanhuiWang,GuyPerkins,HuiwenW.Zhao,MarkH.Ellisman,Yu-hsinHsiao,LiangYin,YingyingXie,JinZi,LiangLin,GabrielG.Haddad,DanZhou,SiqiLiu.QuantitativeevaluationofthemitochondrialproteomesofDrosophilamelanogasteradaptedtoextremeoxygenconditions.PLoSOne,2013,12;8(9):e74011.
2.ZhaohuiWang,JunZhang,YuanWang,RuiXing,ChongqinYi,HuishanZhu,XianweiChen,JiaoGuo,WeixinGuo,WenmeiLi,LinWu,YouyongLu,SiqiLiu.Matrine,anovelautophagyinhibitor,blockstraffickingandtheproteolyticactivationoflysosomalproteases.Carcinogenesis,2013,34(1):128-38.
3.WeiTong,ZhenChen,ZheCao,QuanhuiWang,JiyuanZhang,XueBai,RongWang,SiqiLiu.Robustnessanalysisofaconstraint-basedmetabolicmodellinkscellgrowthandproteomicsofThermoanaerobactertengcongensisundertemperatureperturbation.MolBiosyst.2013,9(4):713-22.
4.QiangShan,XiaominLou,TingXiao,JuZhang,HuiyingSun;YanningGao,ShujunCheng;LinWu;NingzhiXu,SiqiLiu.Acancer/testisantigenmicroarraytoscreenautoantibodybiomarkersofnon-smallcelllungcancer.CancerLett.,2013,328(1):160-7
5.QuanhuiWang,BoWen,GuangrongYan,GuoquanYan,JunYao,HaojieLu,WantaoYing,FanZhong,QingyuHe,SiqiLiu.Qualitativeandquantitativeexpressionstatusofthehumanchromosome20genesincancertissuesandtherepresentativecelllines.JProteomeRes.2013,2(1):151-61.
6.ShenyanZhang,BoWen,BaojinZhou,LeiYang,ChaoCha,ShaoxingXu,XuemeiQiu,QuanhuiWang,HaidanSun,XiaominLou,JinZi,YongZhang,LiangLin,SiqiLiu.QuantitativeAnalysisoftheHumanAKRFamilyMembersinCancerCellLinesUsingthemTRAQ/MRMApproach.JProteomeRes.2013,12(5):2022-33.
7.ZhenChen,BoWen,QuanhuiWang,WeiTong,JiaoGuo,XueBai,JingjingZhao,YaoSun,QiTang,ZhilongLin,LiangLin,SiqiLiu.Quantitativeproteomicsrevealsthetemperature-dependentproteinsencodedbyaseriesofclustergenesinThermoanaerobactertengcongensis.MolCellProteomics.2013,12(8):2266-77
8.HuiyingSun,XiaominLou,QiangShan,JuZhang,XuZhu,JiaZhang,YangWang,YingyingXie,NingzhiXu,SiqiLiu.ProteolyticCharacteristicsofCathepsinDRelatedtotheRecognitionandCleavageofItsTargetProteins.PlosOne,2013,8(6):e65733.
9.ZhongQian,JingjingZhao,XueBai,WeiTong,ZhenChen,HanfuWei,QuanhuiWang,SiqiLiu.ThermalstabilityofglucokinasesinThermoanaerobactertengcongensis.BiomedResInt.2013,2013:646539
10.SongyueYin,JinXue,HaidanSun,BoWen,QuanhuiWang,GuyPerkins,HuiwenZhao,MarkH.Ellisman,Yu-hsinHsiao,LiangYin,YingyingXie,JinZi,LiangLin,GabrielG.Haddad,DanZhou,SiqiLiu.QuantitativeevaluationofthemitochondrialproteomesofDrosophilamelanogasteradaptedtoextremeoxygenconditions.PLoSOne,2013,12;8(9):e74011.
11.RuiXing,WenmeiLi,JiantaoCui,JunZhang,BinKang,YuanWang,ZhaohuiWang,SiqiLiu,.YouyongLu.Gastrokine1InducesSenescencethroughp16/RbPathwayActivationinGastricCancerCells.Gut.2012,61:43-52.
12.JuZhang,XiaominLou,ShangbinYang,ShunHe,LeiYang,MeiLiu,HongxiaZhu,QiangShan,SiyuanSu,QiminZhan,NingzhiXu,SiqiLiu.BAG2isatargetofthec-Mycgeneandisinvolvedincellularsenescenceviathep21CIP1pathway.CancerLetters.2012,318:34-41.
13.YaweiRu,LiangYin,HaidanSun,QinPan,SongyueYin,HanfuWei,LinWu,SiqiLiu.Amicro-preparationofmitochondriafromcellsusingmagneticbeadswithimmuno-affinity.AnalyticalBiochemistry.2012,421:219-226.
14.QianWang,QuanhuiWang,WeiTong,XueBai,ZhenChen,JingjingZhao,JiyuanZhang,SiqiLiu.Regulationofenzymeactivityofalcoholdehydrogenasethroughitsinteractionswithpyruvate-ferredoxinoxidoreductaseinThermoanaerobactertengcongensis.BiochemBiophysResCommun.2012,417:1018-1023.
15.JinZi,JiyuanZhang,QuanhuiWang,LiangLin,WeiTong,XueBai,JingjingZhao,ZhenChen,XiqinFu,SiqiLiu.Proteomicsstudyofriceembryogenesis:Discoveryoftheembryogenesis-dependentglobulins.Electrophoresis.2012,33:1129–1138.
16.ZhenChen,QuanhuiWang,LiangLin,QiTang,JamesL.Edwards,ShuweiLi,SiqiLiu.Comparativeevaluationoftwoisobariclabelingtags,DiARTandiTRAQ.AnalyticalChemistry.2012,84:2908?2915.
17.YuanWang,HanfuWei,QinPan,ZhaohuiWang,RuiXing,WenmeiLi,JunZhang,MengDing,JiaoGuo,LinWu,YouyongLu,SiqiLiu.Identificationandeliminationofheterophilicantibodyinterference.AnalyticalBiochemistry.2012,7:1-3.
18.WeiHuang,LinWu,GuozhenLiu,SiqiLiu.Proteinmicroarray:akeyapproachofproteomics.FrontiersinBiology.2010,5:331-338.
19.AihuaSun,YingJiang,XueWang,QijunLiu,FanZhong,QuanyuanHe,WeiGuan,HaoLi,YulinSun,LiangShi,HongYu,DongYang,YangXu,YanpingSong,WeiTong,DongLi,ChengzhaoLin,YunweiHao,ChaoGeng,DongYun,XuequnZhang,XiaoyanYuan,PingChen,YunpingZhu,YixueLi,SongpingLiang,XiaohangZhao,SiqiLiu,FuchuHe.Liverbase:Acomprehensiveviewofhumanliverbiology.JournalofProteomeResearch.2010,9:50-58.
20.YuanWang,FuliPeng,WeiTong,HaidanSun,NingzhiXu,SiqiLiu.TheNitratedProteomeinHeartMitochondriaofthedb/dbMouseModel:CharacterizationofNitratedTyrosineResiduesinSCOT.JournalofProteomeResearch.2010,9:4254-4263.
21.ZhongQian,QuanhuiWang,WeiTong,ChuanqiZhou,QianWang,SiqiLiu.RegulationofGalactoseMetabolismthroughtheHisK:GalRTwo-ComponentSysteminThermoanaerobactertengcongensis.JournalofBacteriology.2010,9:4311-4316.
社会任职：
学术期刊Physiology编委CNHUPO学术委员会委员INPPO委员会委员
获奖及荣誉：
2002年杰出科技成就集体奖
2013年政府特殊津贴
