胡松年(SongnianHu)
博士生导师，研究员
E-Mail：husn@big.ac.cn
研究领域：基因组学生物信息学
导师简介：学习经历：
1987年9月-1991年7月天津商学院食品工程专业理学学士学位1991年9月-1996年7月中国农业大学生物化学专业理学博士学位
工作经历：
1996年9月-1998年7月中国医学科学院基础医学研究所助理研究员
1998年8月-1999年7月美国西雅图华盛顿大学基因组中心访问学者
1999年8月-2003年2月中国科学院遗传与发育研究所人类基因组中心总工程师
2002年2月-2008年9月浙江大学沃森基因组科学研究院教授硕士生导师
2003年2月-至今中国科学院北京基因组研究所研究员博士生导师
学术兼职：
2007年至今遗传编委2008年至今BMCResearchNotes编委2010年至今FrontiersinPlantGeneticsandGenomics编委2011年至今NatureReviewsGenetics(ChineseEdition)编委
获奖及荣誉：
2008年中国科学院朱李月华优秀教师奖
2007年利用EST信息资源大规模克隆家蚕功能基因浙江省科学技术一等奖
2006年中国科学院优秀教师奖
2003年中国杂交水稻基因组计划中国科学院杰出科技成就集体奖
2002年中国杂交水稻基因组计划香港求是科技基金求是杰出科技成就集体奖
第二代测序数据产出和数据管理平台构建、非编码RNA的注释
近期主要学术成果：
1、EvolView,anonlinetoolforvisualizing,annotatingandmanagingphylogenetictrees2012NucleicAcidsResearch
2、wapRNA:aweb-basedapplicationfortheprocessingofRNAsequences2011Bioinformatics
3、Comparativetranscriptomeanalysisoftransporters,phytohormoneandlipidmetabolismpathwaysinresponsetoarsenicstressinrice(OryzasativaL.)2012NewPhytologist
4、Thegenomesoffourtapewormspeciesrevealadaptationstoparasitism2013Nature
5、ComparativeanalysisofthegenomesoftwofieldisolatesofthericeblastfungusMagnaporthe2012PLoSGenetics
6、Anovelmechanismofepigeneticregulation:nucleosome-spaceoccupancy.2010.BiochemicalandBiophysicalResearchCommunications
7、Hydroxyurea-inducedglobaltranscriptionalsuppressioninmouseEScells.2010.Carcinogenesis
8、Acomparisonbetweenribo-minusRNA-sequencingandpolyA-selectedRNA-sequencing.2010.Genomics
9、TranscriptomeandexpressionprofilinganalysisrevealedchangesofmultiplesignalingpathwaysinvolvedinimmunityinthelargeyellowcroakerduringAeromonashydrophilainfection.2010.BMCGenomics
10、Geneticpolymorphism,linkagedisequilibrium,haplotypestructureandnovelalleleanalysisofCYP2C19andCYP2D6inHanChinese.2009.ThePharmacogenomicsJournal
11、Anovelroleforminimalintrons:routingmRNAstothecytosol.2010.PLoSOne
12、NucleotidepolymorphismoftheTNFgeneclusterinsixChinesepopulations.2010.JournalofHumanGenetics
13、CompletegenomesequenceofLactobacilluscaseiZhang,anewprobioticstrainisolatedfromtraditionalhome-madekoumissinInnerMongoliaofChina.2010.JournalofBacteriology
14、ThecomparativeanalysisofaprophageremnantLcazh1inrelationtootherLactobacillusprophages,particularlyLp3.2010.InternationalJournalofDairyTechnology
15、Geneticheterogeneityofoesophagealcancerinhigh-incidenceareasofsouthernandnorthernchina.2010.PLoSOne
16、Identificationandanalysisofmuscle-relatedproteinisoformsexpressedinthewhitemuscleofthemandarinfish(Sinipercachuatsi).2010.MarineBiotechnology(NewYork,N.Y.)
17、Achymotrypsin-likeserineproteasecDNAinvolvedinfoodproteindigestioninthecommoncutworm,Spodopteralitura:Cloning,characterization,developmentalandinducedexpressionpatterns,andlocalization.2010.Journalofinsectphysiology
18、ThemultidrugresistanceplasmidofSalmonellaentericaserotypeCholeraesuisSC-B67.2010.Plasmid
19、Thealterationsofenergymetabolism-relatedproteinpatternsinbrownadiposetissueofratsduringcold-inducedthermogenesis.2010.ProgressinBiochemistryandBiophysics
20、TranscriptprofilesofPanaxquinquefoliusfromflower,leafandrootbringnewinsightsintogenesrelatedtoginsenosidesbiosynthesisandtranscriptionalregulation.2010.PhysiologiaPlantarum
1、国家自然科学基金面上项目，31271385、基于小鼠多组织和细胞链特异性RNA-seq数据的AntisenseRNA分析及数据库构建、2013/01-2016/12、在研、主持；
2、国家自然科学基金-广东联合基金重点项目，U1132004、广东潮汕食管癌发病风险预测的分子基础研究、2012/01-2015/12、在研、参加(第2位)；
3、科技部973项目子课题，2012CB721101、基于第二代测序技术及比较转录组学的人参皂苷合成途径及调控网络研究、2012/01-2016/08、191万元、在研、主持；中科院重要方向项目，KSCX2-EW-R-01-04、第二代高通量转录组测序数据的非编码RNA鉴定与分析方法的研究、2011/01-2013/12、在研、主持；
4、国家自然科学基金青年项目，30600111、水稻中细胞器到细胞核以及细胞器间的DNA序列迁移及其在基因组进化，细胞器起源和进化中的研究、2007/02-2009/12、结题、参加(第2位)；
5、科技部973计划子课题，2006CB910403、转录组纵深信息挖掘、2006/11-2010/08、结题、主持；
6、国家自然科学基金面上项目，30470962、常染色体显性先天性静止性夜盲症致病基因的筛查与致病机理研究、2005/01-2007/12、结题、主持；
7、国家自然科学基金面上项目，90208029、动植物基因组中可变剪接形式的比较分析、2003/01-2006/12、结题、主持；
8、中科院重大项目，KSCX1-SW-25、家蚕基因组框架图和家鸡基因组多态性图谱的绘制、2003/07-2005/06、结题、参加(第9位)；
9、国家自然科学基金创新群体项目，30221004、人类基因组的研究策略和应用、2003/01-2005/12、结题、参加(第6位)；
10、科技部“863”计划国际合作项目，2002AA229061、家猪基因组计划、2002/01-2004/12、结题、参加(第2位)；
11、科技部863计划，2002AA229021、水稻基因组精细图的绘制、2002/01-2003/12、结题、参加(第9位)；
12、科技部863计划，2001AA225041、超级杂交水稻（籼稻）基因组测序、2001/01-2002/12、结题、参加(第2位)；
13、北京市科委，2000102001109550211800、大规模基因组测序技术平台的建立与优化、2000/10-2001/10、结题、主持；
14、中科院重大项目，KSCX1-01、1%人类基因组和中国重要战略资源生物基因组计划、2000/06-2001/12、结题、参加(第5位)；
15、国家自然基金重大项目，30199010、1%人类基因组计划“完成图”的绘制、2000/06-2001/06、结题、参加(第3位)。
DNA测序技术的出现，使得在DNA和RNA水平揭示生命的奥秘成为可能，并引领人们进入了研究遗传信息、结构、功能和表达调控的基因组与转录组时代，具有划时代的意义。顺应时代发展，建立以DNA测序技术为基础的基因组学和转录组学研究平台，进行人、小鼠、水稻等重要模式生物的生物学研究，探索人类疾病致病的分子机理，发现水稻等重要作物的优良性状基因等，成为摆在中国和世界科学家面前的重要科学命题。
胡松年研究员于1998年在美国西雅图华盛顿大学基因组中心作为访问学者，参与了人类和小鼠的基因组计划，系统学习了基因组学相关的实验和分析手段。同年回国后，负责建立了北京华大基因研究中心基因组平台，作为主要负责人之一先后参与了“人类基因组1%计划”、“家猪基因组计划”和“水稻基因组计划”等大型高等动植物的基因组测序和分析工作。其中水稻基因组框架图研究发表在《Science》杂志，荣获“2002年度求是杰出科技成就集体奖”和“2003年度中国科学院杰出科技成就集体奖”。该论文目前已被引用1400多次(统计源：WebofScience,2013.3)。
基因组学和转录组学研究是“干”、“湿”相结合的大规模系统工程，包含序列数据的高通量稳定产出、数据管理、数据分析和生物学问题关联等相互联系的多方面工作。胡松年研究员多年来在测序和分析平台构建与运行、高通量数据挖掘与生物学问题解决等方面积累了丰富的科研能力和管理经验。2002年任杭州华大基因研发中心主任，2003年受聘为中科院北京基因组研究所研究员，建立所中心实验室，2008年建立以第二代测序技术为主导的所“基因组学和生物信息学平台”。基于第二代测序平台，建立了成熟的基因组、转录组、小RNA、ChIP-Seq、甲基化等实验与分析流程，可以高效完成大型基因组测序组装、转录组测序分析、高通量表观遗传分析等研究项目；与中科院其他研究所、农科院、地方院校等国内研究单位和美国、法国、德国、墨西哥、沙特阿拉伯等国外研究单位建立了紧密的科研关系，合作发表二代测序相关联合署名文章20余篇。基因组学和转录组学是生命科学领域的基础学科和前沿学科，研究领域十分广泛。
胡松年研究员紧跟国际生命科学研究发展趋势，率先在国内建立了基因组学和转录组学研究平台，并进行了大量原创性的研究工作。作为第一作者或通讯作者，已先后在Science、Carcinogenesis、Bioinformatics、NewPhytologist、NucleicAcidsResearch等国际知名杂志上发表多篇高质量的论文。近五年(2008年-2012年)发表SCI收录通讯作者文章48篇。2008年至今，第一作者、通讯作者和其他作者单篇文章最高他引次数分别为436次、49次和171次(统计源：WebofScience,2013.3)。通过十多年的一线科研工作，在基因组、转录组、分子遗传、生物信息学等研究领域积累了丰富的教学和科研经验。2003年创办“基因组科学培训班”，至今已开办50多期，培养包括港澳台在内的学员5000余人。
根据科研工作中获得的第一手资料，整理出版专著2本(《基因组数据分析手册》和《基因表达序列标签(EST)数据分析手册》，首次发行12000余册)，为基因组学的普及和广泛应用做出了贡献。目前培养了19名硕士和36名博士研究生，绝大部分学生已投入到国内外一线科研工作中。此外，7名硕士和10名博士正在攻读研究生学位。依托中国科学院北京基因组研究所和中国遗传学会，参与创办了英文版核心期刊《基因组蛋白质组与生物信息学报》(Genomics,Proteomics&Bioinformatics)，目前已发行11卷43期300多篇论文，现为执行副主编。
为了促进国际基因组学和转录组学的交流与合作，作为主要负责人，启动和完成了中国科学院北京基因组研究所与沙特阿拉伯国王科技城联合发起的“椰枣基因组计划”项目，并成立了中国科学院——沙特国王科技城基因组学研究联合实验中心，协助沙特阿拉伯建立基因组和转录组实验与分析平台，目前已共同在国际杂志上发表多篇文章。椰枣基因组文章已经发表。
学生对基因组学、生物信息学有较高的兴趣并具有一定的专业背景
工作经历：
1996年9月-1998年7月中国医学科学院基础医学研究所助理研究员
1998年8月-1999年7月美国西雅图华盛顿大学基因组中心访问学者
1999年8月-2003年2月中国科学院遗传与发育研究所人类基因组中心总工程师
2002年2月-2008年9月浙江大学沃森基因组科学研究院教授硕士生导师
2003年2月-至今中国科学院北京基因组研究所研究员博士生导师
主要研究领域：
第二代测序数据产出和数据管理平台构建、非编码RNA的注释
承担科研项目情况：
1、国家自然科学基金面上项目，31271385、基于小鼠多组织和细胞链特异性RNA-seq数据的AntisenseRNA分析及数据库构建、2013/01-2016/12、在研、主持；
2、国家自然科学基金-广东联合基金重点项目，U1132004、广东潮汕食管癌发病风险预测的分子基础研究、2012/01-2015/12、在研、参加(第2位)；
3、科技部973项目子课题，2012CB721101、基于第二代测序技术及比较转录组学的人参皂苷合成途径及调控网络研究、2012/01-2016/08、191万元、在研、主持；中科院重要方向项目，KSCX2-EW-R-01-04、第二代高通量转录组测序数据的非编码RNA鉴定与分析方法的研究、2011/01-2013/12、在研、主持；
4、国家自然科学基金青年项目，30600111、水稻中细胞器到细胞核以及细胞器间的DNA序列迁移及其在基因组进化，细胞器起源和进化中的研究、2007/02-2009/12、结题、参加(第2位)；
5、科技部973计划子课题，2006CB910403、转录组纵深信息挖掘、2006/11-2010/08、结题、主持；
6、国家自然科学基金面上项目，30470962、常染色体显性先天性静止性夜盲症致病基因的筛查与致病机理研究、2005/01-2007/12、结题、主持；
7、国家自然科学基金面上项目，90208029、动植物基因组中可变剪接形式的比较分析、2003/01-2006/12、结题、主持；
8、中科院重大项目，KSCX1-SW-25、家蚕基因组框架图和家鸡基因组多态性图谱的绘制、2003/07-2005/06、结题、参加(第9位)；
9、国家自然科学基金创新群体项目，30221004、人类基因组的研究策略和应用、2003/01-2005/12、结题、参加(第6位)；
10、科技部“863”计划国际合作项目，2002AA229061、家猪基因组计划、2002/01-2004/12、结题、参加(第2位)；
11、科技部863计划，2002AA229021、水稻基因组精细图的绘制、2002/01-2003/12、结题、参加(第9位)；
12、科技部863计划，2001AA225041、超级杂交水稻（籼稻）基因组测序、2001/01-2002/12、结题、参加(第2位)；
13、北京市科委，2000102001109550211800、大规模基因组测序技术平台的建立与优化、2000/10-2001/10、结题、主持；
14、中科院重大项目，KSCX1-01、1%人类基因组和中国重要战略资源生物基因组计划、2000/06-2001/12、结题、参加(第5位)；
15、国家自然基金重大项目，30199010、1%人类基因组计划“完成图”的绘制、2000/06-2001/06、结题、参加(第3位)。
代表论著：
1、EvolView,anonlinetoolforvisualizing,annotatingandmanagingphylogenetictrees2012NucleicAcidsResearch
2、wapRNA:aweb-basedapplicationfortheprocessingofRNAsequences2011Bioinformatics
3、Comparativetranscriptomeanalysisoftransporters,phytohormoneandlipidmetabolismpathwaysinresponsetoarsenicstressinrice(OryzasativaL.)2012NewPhytologist
4、Thegenomesoffourtapewormspeciesrevealadaptationstoparasitism2013Nature
5、ComparativeanalysisofthegenomesoftwofieldisolatesofthericeblastfungusMagnaporthe2012PLoSGenetics
6、Anovelmechanismofepigeneticregulation:nucleosome-spaceoccupancy.2010.BiochemicalandBiophysicalResearchCommunications
7、Hydroxyurea-inducedglobaltranscriptionalsuppressioninmouseEScells.2010.Carcinogenesis
8、Acomparisonbetweenribo-minusRNA-sequencingandpolyA-selectedRNA-sequencing.2010.Genomics
9、TranscriptomeandexpressionprofilinganalysisrevealedchangesofmultiplesignalingpathwaysinvolvedinimmunityinthelargeyellowcroakerduringAeromonashydrophilainfection.2010.BMCGenomics
10、Geneticpolymorphism,linkagedisequilibrium,haplotypestructureandnovelalleleanalysisofCYP2C19andCYP2D6inHanChinese.2009.ThePharmacogenomicsJournal
11、Anovelroleforminimalintrons:routingmRNAstothecytosol.2010.PLoSOne
12、NucleotidepolymorphismoftheTNFgeneclusterinsixChinesepopulations.2010.JournalofHumanGenetics
13、CompletegenomesequenceofLactobacilluscaseiZhang,anewprobioticstrainisolatedfromtraditionalhome-madekoumissinInnerMongoliaofChina.2010.JournalofBacteriology
14、ThecomparativeanalysisofaprophageremnantLcazh1inrelationtootherLactobacillusprophages,particularlyLp3.2010.InternationalJournalofDairyTechnology
15、Geneticheterogeneityofoesophagealcancerinhigh-incidenceareasofsouthernandnorthernchina.2010.PLoSOne
16、Identificationandanalysisofmuscle-relatedproteinisoformsexpressedinthewhitemuscleofthemandarinfish(Sinipercachuatsi).2010.MarineBiotechnology(NewYork,N.Y.)
17、Achymotrypsin-likeserineproteasecDNAinvolvedinfoodproteindigestioninthecommoncutworm,Spodopteralitura:Cloning,characterization,developmentalandinducedexpressionpatterns,andlocalization.2010.Journalofinsectphysiology
18、ThemultidrugresistanceplasmidofSalmonellaentericaserotypeCholeraesuisSC-B67.2010.Plasmid
19、Thealterationsofenergymetabolism-relatedproteinpatternsinbrownadiposetissueofratsduringcold-inducedthermogenesis.2010.ProgressinBiochemistryandBiophysics
20、TranscriptprofilesofPanaxquinquefoliusfromflower,leafandrootbringnewinsightsintogenesrelatedtoginsenosidesbiosynthesisandtranscriptionalregulation.2010.PhysiologiaPlantarum
社会任职：
2007年至今遗传编委2008年至今BMCResearchNotes编委2010年至今FrontiersinPlantGeneticsandGenomics编委2011年至今NatureReviewsGenetics(ChineseEdition)编委
获奖及荣誉：
2008年中国科学院朱李月华优秀教师奖
2007年利用EST信息资源大规模克隆家蚕功能基因浙江省科学技术一等奖
2006年中国科学院优秀教师奖
2003年中国杂交水稻基因组计划中国科学院杰出科技成就集体奖
2002年中国杂交水稻基因组计划香港求是科技基金求是杰出科技成就集体奖
