杨运桂(YunguiYang)
博士生导师，“百人计划”研究员
E-Mail：ygyang@big.ac.cn
研究领域：基因组学生物化学与分子生物学
导师简介：学习经历：
1991年9月-1995年8月复旦大学生命科学学院获学士学位1995年9月-2000年8月中国科学院上海药物所/上海生物工程研究中心获博士学位
工作经历：
2000年9月-2003年8月世界卫生组织国际癌症研究署博士后
2003年9月-2005年11月世界卫生组织国际癌症研究署StaffScientist
2005年11月-2008年11月英国癌症研究署博士后
2008年11月-至今中国科学院北京基因组研究所“百人计划”研究员
2010年12月-至今中国科学院北京基因组研究所-奥斯陆大学基因组联合实验室中方主任
学术兼职：
《DNArepair》（Amsterdam）(2010-)编委《GenomicsDiscovery》(London)（2012-)编委《Genomics,Proteomics&Bioinformatics》（Beijing）(2010-)编委北京市DNA损伤应答重点实验室学术委员会委员(2011-)
获奖及荣誉：
2012年获中国科学院大学-BHPB导师科研奖
2012年获中国科学院青年科学家国际合作奖
2013年获中国科学院朱李月华优秀教师奖
基因组结构与稳定性机制
近期主要学术成果：
1ZhaoB*,YangY*,WangX*,ChongZ,YinR,SongS,ZhaoC,LiC,HuangH,SunB,WuD,JinKX,SongM,ZhuBZ,JiangG,DanielsenJM,XuGL,YangYG#，WangH#.Redox-activeQuinonesInducesGenome-WideDNAMethylationChangesbyanIron-MediatedandTet-Dependent.NucleicAcidsResearch,Accepted
2VillumsenBH*,RendtlewDanielsenJ*,PovlsenL,KathrineBeck,SylvestersenKB,MerdesA,BeliP,YangYG,ChoudharyC,NielsenML,MailandN#,Bekker-JensenS#.Regulationofcentriolarsatellitesbystress-induceddisassemblyandubiquitylation.EMBOJ,DOI:10.1038/emboj.2013.223,2013.
3YinR,MaoSQ,ZhaoB,ChongZ,YangY,ZhaoC,ZhangD,HuangH,GaoJ,LiZ,JiaoY,LiC,LiuS,WuD,GuW,YangYG,XuGL,WangH#.AscorbicAcidEnhancesTet-mediated5-MethylcytosineOxidationandPromotesDNADemethylationinMammals.JournaloftheAmericanChemicalSociety135(28):10396-403(2013).(HighlightedinNatureReviewGenetics2013)
4WangF*,YangY*,LinX*,WangJQ*,WuYS*,XieW,WangD,ZhuS,LiaoYQ,SunQ,YangYG,LuoHR,GuoC#,HanC#,TangTS#.Genome-widelossof5-hmCisanovelepigeneticfeatureofHuntington'sdisease.HumanMolecularGenetics22(18):3641-53(2013)
5LiMM*,NilsenA*,ShiY*,FusserM,DingYH,FuY,LiuB,NiuY,WuYS,HuangCM,OlofssonM,JinKX,LvY,XuX,HeC,DongMQ,RendtlewDanielsenJM,KlunglandA#,YangYG#.ALKBH4-dependentdemethylationofactinregulatesactomyosindynamics.NatureCommunications4(1832);DOI:10.1038/ncomms2863(2013)
6ZhengG,DahlJA,NiuY,FuY,KlunglandA,YangYG,HeC#.SproutsofRNAepigenetics:thediscoveryofmammalianRNAdemethylases.RNABiology10(6):1-4(2013)
7NiuY,ZhaoX,WuYS,LiMM,WangXJ,YangYG#.N6-methyl-adenosine(m6A)inRNA:AnOldModificationwithANovelEpigeneticFunction.Genomics,Proteomics&Bioinformatics11:8-17(2013)(ThemostdownloadedarticlesinGPB-2013)
8ZhengG*,DahlJA*,NiuY*,FedorcsakP,HuangCM,LiCJ,V?gb?CB,ShiY,WangWL,SongSH,LuZ,BosmansRP,DaiQ,HaoYJ,YangX,ZhaoWM,TongWM,WangXJ,BogdanF,FuruKFuY,JiaG,ZhaoX,LiuJ,KrokanHE,KlunglandA#,YangYG#,HeC#.ALKBH5isaMammalianRNADemethylasethatImpactsRNAMetabolismandMouseFertility.MolecularCell49:18-29(2013).(入选ScienceEditor’sChoice)
9GaoM*,RendtlewDanielsenJM*,WeiLZ*,ZhouDP,XuQ,LiMM,WangZQ,TongWM,YangYG#.ANovelRoleofHumanHollidayJunctionResolvaseGEN1intheMaintenanceofCentrosomeIntegrity.PLoSONE7(11):e49687.doi:10.1371/journal.pone.0049687(2012)
10WeiW*BaZ*,GaoM,WuY,MaY,AmiardS,WhiteCI,RendtlewDanielsenJM,YangYG,QiY#.ARoleforSmallRNAsinDNADouble-StrandBreakRepair.Cell149:101-112(2012).(入选Top10of2012Cellpaper)
11LiR,YangYG,GaoY,WangZQ,TongWM#.AdistinctresponsetoendogenousDNAdamageinthedevelopmentofNbs1-deficientcorticalneurons.CellResearch22:859-872(2012)
12JiaG*,FuY*,ZhaoX*,DaiQ,ZhengG,YangY,YiC,LindahlT,PanT,YangYG&HeC#.MethylatedNuclearRNAistheMainSubstrateoftheObesity-AssociatedFTOProtein.NatureChemicalBiology7(12):885-887(2011).
13YangYG,LindahlT,BarnesDE#.Trex1exonucleasedegradesssDNAtopreventchroniccheckpointactivationandautoimmunedisease.Cell131:873-886(2007).[HighlightedbyCoscoyL.andRauletD.H.DNAmismanagementleadstoimmunesystemoversight.Cell131:836-838(2007)].(入选Faculty1000)
14TongWM#,YangYG,CaoWH,GalendoD,FrappartL,ShenY,WangZQ.Poly(ADP-ribose)polymerase-1playsaroleinsuppressingmammarytumourigenesisinmice.Oncogene26:3857-3867(2007).[HighlightedbyAldertonG.in“Tumourigenesis:Jaggedlittlepill?”.NatureRev.Cancer7:76(2007)]
15YangYG,SaidiA,FrappartPO,MinW,BarrucandC,Dumon-JonesV,MichelonJ,HercegZ,WangZQ#.ConditionaldeletionofNbs1inmurinecellsrevealsitsroleinbranchingrepairpathwaysofDNAdouble-strandbreaks.EMBOJ.25:5527–5538(2006).
16YangYG,FrappartPO,FrappartL,WangZQ,TongWM#.AnovelfunctionofDNArepairmoleculeNbs1interminaldifferentiationofthelensfibrecellsandcataractogenesis.DNArepair5:885-893(2006).
17MurrR*,LoizouJI*,YangYG,CueninC,LiH,WangZQ,HercegZ#.HistoneacetylationbyTrrap/Tip60HATmodulatesloadingofrepairproteinstoDNAbreaksandrepairofDNAdoublestrandbreaks.NatureCellBiology8:91-99(2006).
18YangYG,HercegZ,NakanishiK,DemuthI,PiccoliC,MichelonJ,HildebrandG,JasinM,DigweedM,WangZQ#.TheFanconianemiagroupAproteinmodulateshomologousrepairofDNAdouble-strandbreaksinmammaliancells.Carcinogenesis26:1731-1740(2005).
19NakanishiK,YangYG,PierceAJ,TaniguchiT,DigweedM,D'AndreaAD,WangZQ,JasinM#.HumanFanconianemiamonoubiquitinationpathwaypromoteshomologousDNArepair.Proc.Natl.Acad.Sci.USA102:1110-1115(2005).
20YangYG,CortesU,PatnaikS,JasinM,WangZQ#.AblationofPARP-1doesnotinterferewiththerepairofDNAdouble-strandbreaks,butcompromisesthereactivationofstalledreplicationforks.Oncogene23:3872-3882(2004).
1、中科院,百人计划择优，2010-2013，在研，负责人。
2、科技部973，组蛋白甲基化对肺癌发生发展的作用及其机制/2011CB510103，2011-2015，在研，负责人。
3、科技部973，中国人前列腺癌的表观遗传特征及调控机制/2012CB518302，2012-2016，在研，学术骨干。
4、基金委，DNA损伤检验点和DNA双链断裂修复途径的相互协调维持基因组稳定性的分子机理的研究/30871235，2009-2011，已结题，负责人。
5、基金委，ALKBH4加双氧酶介导的细胞分裂重要功能因子去甲基化机制研究/31071185，2011-2013，在研，负责人。
6、基金委，RNA表观遗传新机制调控DNA双链断裂修复分子机理研究/31370796，2014-2017，在研，负责人。
7、基金委，DNA与RNA甲基化表观修饰对单倍体干细胞多能性与发育能力影响的机制研究/91319308，2014-2018，在研，学术骨干。
基因组结构和稳定性维持及其与正常（如干细胞干性维持和分化）或异常生命活动（如恶性肿瘤、代谢疾病等）关联的DNA损伤修复与表观遗传分子机制，重点阐明以RNA甲基化表观修饰为核心的表观转录组学（Epi-transcriptome）调控规律。
生化、分子、细胞、基因组学与生物信息学
工作经历：
2000年9月-2003年8月世界卫生组织国际癌症研究署博士后
2003年9月-2005年11月世界卫生组织国际癌症研究署StaffScientist
2005年11月-2008年11月英国癌症研究署博士后
2008年11月-至今中国科学院北京基因组研究所“百人计划”研究员
2010年12月-至今中国科学院北京基因组研究所-奥斯陆大学基因组联合实验室中方主任
主要研究领域：
基因组结构与稳定性机制
承担科研项目情况：
1、中科院,百人计划择优，2010-2013，在研，负责人。
2、科技部973，组蛋白甲基化对肺癌发生发展的作用及其机制/2011CB510103，2011-2015，在研，负责人。
3、科技部973，中国人前列腺癌的表观遗传特征及调控机制/2012CB518302，2012-2016，在研，学术骨干。
4、基金委，DNA损伤检验点和DNA双链断裂修复途径的相互协调维持基因组稳定性的分子机理的研究/30871235，2009-2011，已结题，负责人。
5、基金委，ALKBH4加双氧酶介导的细胞分裂重要功能因子去甲基化机制研究/31071185，2011-2013，在研，负责人。
6、基金委，RNA表观遗传新机制调控DNA双链断裂修复分子机理研究/31370796，2014-2017，在研，负责人。
7、基金委，DNA与RNA甲基化表观修饰对单倍体干细胞多能性与发育能力影响的机制研究/91319308，2014-2018，在研，学术骨干。
代表论著：
1ZhaoB*,YangY*,WangX*,ChongZ,YinR,SongS,ZhaoC,LiC,HuangH,SunB,WuD,JinKX,SongM,ZhuBZ,JiangG,DanielsenJM,XuGL,YangYG#，WangH#.Redox-activeQuinonesInducesGenome-WideDNAMethylationChangesbyanIron-MediatedandTet-Dependent.NucleicAcidsResearch,Accepted
2VillumsenBH*,RendtlewDanielsenJ*,PovlsenL,KathrineBeck,SylvestersenKB,MerdesA,BeliP,YangYG,ChoudharyC,NielsenML,MailandN#,Bekker-JensenS#.Regulationofcentriolarsatellitesbystress-induceddisassemblyandubiquitylation.EMBOJ,DOI:10.1038/emboj.2013.223,2013.
3YinR,MaoSQ,ZhaoB,ChongZ,YangY,ZhaoC,ZhangD,HuangH,GaoJ,LiZ,JiaoY,LiC,LiuS,WuD,GuW,YangYG,XuGL,WangH#.AscorbicAcidEnhancesTet-mediated5-MethylcytosineOxidationandPromotesDNADemethylationinMammals.JournaloftheAmericanChemicalSociety135(28):10396-403(2013).(HighlightedinNatureReviewGenetics2013)
4WangF*,YangY*,LinX*,WangJQ*,WuYS*,XieW,WangD,ZhuS,LiaoYQ,SunQ,YangYG,LuoHR,GuoC#,HanC#,TangTS#.Genome-widelossof5-hmCisanovelepigeneticfeatureofHuntington'sdisease.HumanMolecularGenetics22(18):3641-53(2013)
5LiMM*,NilsenA*,ShiY*,FusserM,DingYH,FuY,LiuB,NiuY,WuYS,HuangCM,OlofssonM,JinKX,LvY,XuX,HeC,DongMQ,RendtlewDanielsenJM,KlunglandA#,YangYG#.ALKBH4-dependentdemethylationofactinregulatesactomyosindynamics.NatureCommunications4(1832);DOI:10.1038/ncomms2863(2013)
6ZhengG,DahlJA,NiuY,FuY,KlunglandA,YangYG,HeC#.SproutsofRNAepigenetics:thediscoveryofmammalianRNAdemethylases.RNABiology10(6):1-4(2013)
7NiuY,ZhaoX,WuYS,LiMM,WangXJ,YangYG#.N6-methyl-adenosine(m6A)inRNA:AnOldModificationwithANovelEpigeneticFunction.Genomics,Proteomics&Bioinformatics11:8-17(2013)(ThemostdownloadedarticlesinGPB-2013)
8ZhengG*,DahlJA*,NiuY*,FedorcsakP,HuangCM,LiCJ,V?gb?CB,ShiY,WangWL,SongSH,LuZ,BosmansRP,DaiQ,HaoYJ,YangX,ZhaoWM,TongWM,WangXJ,BogdanF,FuruKFuY,JiaG,ZhaoX,LiuJ,KrokanHE,KlunglandA#,YangYG#,HeC#.ALKBH5isaMammalianRNADemethylasethatImpactsRNAMetabolismandMouseFertility.MolecularCell49:18-29(2013).(入选ScienceEditor’sChoice)
9GaoM*,RendtlewDanielsenJM*,WeiLZ*,ZhouDP,XuQ,LiMM,WangZQ,TongWM,YangYG#.ANovelRoleofHumanHollidayJunctionResolvaseGEN1intheMaintenanceofCentrosomeIntegrity.PLoSONE7(11):e49687.doi:10.1371/journal.pone.0049687(2012)
10WeiW*BaZ*,GaoM,WuY,MaY,AmiardS,WhiteCI,RendtlewDanielsenJM,YangYG,QiY#.ARoleforSmallRNAsinDNADouble-StrandBreakRepair.Cell149:101-112(2012).(入选Top10of2012Cellpaper)
11LiR,YangYG,GaoY,WangZQ,TongWM#.AdistinctresponsetoendogenousDNAdamageinthedevelopmentofNbs1-deficientcorticalneurons.CellResearch22:859-872(2012)
12JiaG*,FuY*,ZhaoX*,DaiQ,ZhengG,YangY,YiC,LindahlT,PanT,YangYG&HeC#.MethylatedNuclearRNAistheMainSubstrateoftheObesity-AssociatedFTOProtein.NatureChemicalBiology7(12):885-887(2011).
13YangYG,LindahlT,BarnesDE#.Trex1exonucleasedegradesssDNAtopreventchroniccheckpointactivationandautoimmunedisease.Cell131:873-886(2007).[HighlightedbyCoscoyL.andRauletD.H.DNAmismanagementleadstoimmunesystemoversight.Cell131:836-838(2007)].(入选Faculty1000)
14TongWM#,YangYG,CaoWH,GalendoD,FrappartL,ShenY,WangZQ.Poly(ADP-ribose)polymerase-1playsaroleinsuppressingmammarytumourigenesisinmice.Oncogene26:3857-3867(2007).[HighlightedbyAldertonG.in“Tumourigenesis:Jaggedlittlepill?”.NatureRev.Cancer7:76(2007)]
15YangYG,SaidiA,FrappartPO,MinW,BarrucandC,Dumon-JonesV,MichelonJ,HercegZ,WangZQ#.ConditionaldeletionofNbs1inmurinecellsrevealsitsroleinbranchingrepairpathwaysofDNAdouble-strandbreaks.EMBOJ.25:5527–5538(2006).
16YangYG,FrappartPO,FrappartL,WangZQ,TongWM#.AnovelfunctionofDNArepairmoleculeNbs1interminaldifferentiationofthelensfibrecellsandcataractogenesis.DNArepair5:885-893(2006).
17MurrR*,LoizouJI*,YangYG,CueninC,LiH,WangZQ,HercegZ#.HistoneacetylationbyTrrap/Tip60HATmodulatesloadingofrepairproteinstoDNAbreaksandrepairofDNAdoublestrandbreaks.NatureCellBiology8:91-99(2006).
18YangYG,HercegZ,NakanishiK,DemuthI,PiccoliC,MichelonJ,HildebrandG,JasinM,DigweedM,WangZQ#.TheFanconianemiagroupAproteinmodulateshomologousrepairofDNAdouble-strandbreaksinmammaliancells.Carcinogenesis26:1731-1740(2005).
19NakanishiK,YangYG,PierceAJ,TaniguchiT,DigweedM,D'AndreaAD,WangZQ,JasinM#.HumanFanconianemiamonoubiquitinationpathwaypromoteshomologousDNArepair.Proc.Natl.Acad.Sci.USA102:1110-1115(2005).
20YangYG,CortesU,PatnaikS,JasinM,WangZQ#.AblationofPARP-1doesnotinterferewiththerepairofDNAdouble-strandbreaks,butcompromisesthereactivationofstalledreplicationforks.Oncogene23:3872-3882(2004).
社会任职：
《DNArepair》（Amsterdam）(2010-)编委《GenomicsDiscovery》(London)（2012-)编委《Genomics,Proteomics&Bioinformatics》（Beijing）(2010-)编委北京市DNA损伤应答重点实验室学术委员会委员(2011-)
获奖及荣誉：
2012年获中国科学院大学-BHPB导师科研奖
2012年获中国科学院青年科学家国际合作奖
2013年获中国科学院朱李月华优秀教师奖
