化学系始建于1926年，1952年院系调整中，原来的复旦大学、浙江大学、交通大学、同济大学、沪江大学、大同大学及震旦大学等校的化学系合并成现在的复旦大学化学系。化学系是化学一级学科博士学位授权点之一，还设有化学博士后流动站。无机化学、分析化学、有机化学和物理化学四个学科均能招收博士和硕士研究生。其中物理化学是国家重点学科和“985”计划的“重中之重”学科，物理化学实验室是国家专业实验室，无机化学是学校重点学科。

　　化学系师资力量雄厚，有教授22名，其中有吴浩青和19名博士生导师、教育部“长江计划”特聘教授3名、复旦大学特聘教授1名和国家杰出青年基金获得者4人。教师中60%以上具有高级职称，40%以上的教师具有博士学位。

　　在"加强基础、增加磨合、淡化专业、分类培养"的原则上，近年来化学系突破原有框架，对教学内容和课程设置进行了大幅度的改革和更新，建立了以"数学和自然科学为基础，化学原理为先导，有机物和无机物为对象，定量分析和结构分析并重"特色鲜明的课程体系。涌现了物理化学等获国家奖的优秀教材，开设了物理化学等3门教育部理科基地创建名牌课程、谱学导论等一系列内容新颖的专业主干课程和化学与人类、诺贝尔化学奖史话等有广泛影响的公共类课程。

　　化学系对实验课程给予了高度重视。组建了基础教学实验中心和综合教学实验中心，投入了1000余万元对基础实验室进行大规模改造和扩建，增添了先进的仪器设备，新建了多媒体报告厅、多媒体教室和计算机实验室。实验教学的基本设施已经和国际先进水平接轨。

　　化学系始终把培养高质量的专门人才作为教学的根本目标。50年来，复旦大学化学系已培养了本科生5000千余名，硕士研究生500余名，博士研究生100余名。。

　　化学系从1994年开始招收基地班。选派优秀教师担任授课，配备了在科学研究上有所建树的教授任导师，指导基地班学生进实验室参加科研。设立了本科-硕士-博士连续培养制度，普通班和基地班之间实行定期滚动，基地班学生可优先直接攻读研究生。近年来基地班学生直升研究生的比例在80%左右。

　　“九五”期间，化学系承担国家和有关部门科研项目350余项，科研经费2600余万元，发表科研论文上千篇，获得国家级和省部级奖励几十项。化学系科研以化学材料和化学生物为重点，并积极发展高新技术和应用开发研究。近年来，通过“211”项目和“985”项目的重点资助，投资了2500余成，添置了先进的大型仪器设备，建立了高水平的最新知识在基础教学中得到反映，同时，高水平的导师和设备先进的实验室为缩短人才培养周期和优秀学生脱颖而得出创造了条件。

　　该系藏书3万多册，各种期刊合订本5万余册。特别珍贵的是藏有从1907年创刊至今完整的美国化学文摘。

　　化学系分设化学专业和应用化学专业。两个专业开设相同的专业基础课：普通化学、无机化学、分析化学、有机化学、物理化学和谱学导论。在高年级化学专业开设现代化学专题、生物化学、综合化学实验等，应用化学专业开设的专业课程有应用化学专题、应用化学实验、化工原理、化学反应工程等。此外还有化学信息学等共同的专业课程。鼓励学生利用选修和辅修等方式向生命科学、材料科学等领域发展。

　　优良的育人环境和浓郁的学术氛围造就了一大批素质高、造诣深的优秀毕业生。近年来，化学系的毕业生在就业市场上表现出很强的竞争能力，每年都有学生进入著名的国有和外（合）资企业。