微生物学和微生物工程系是生命科学学院五个系科之一，它于1986年生命科学学院成立时，由原来的微生物教研室和病毒学研究室合并而成。微生物学专业是国内建立最早、课程设备最完整的专业之一，微生物学集中在微生物生理及微生物分子遗传两个方向；病毒学专业集中在分子病毒学、昆虫病毒学、植物病毒学、病毒生物工程等方面。经修订后，主要包括以下研究方向：分子病毒学、分子免疫学、微生物遗传学及遗传工程，其主要的课程有分子病毒学、分子免疫学、遗传工程进展、现代微生物学专题。全系承担着微生物学方向的本科生、研究生的教学和培养工作，还负责生命科学学院本科生及研究生的有关课程的教学工作。

本系的教学和研究工作在复旦有悠久的传统，取得了较好的成绩。老一辈学术带头人王鸣岐、盛祖嘉、李君璎等教授对学科的创建和发展作出了极大的贡献。本系拥有从事微生物学研究所需的设备，近年来，承担多项国家、省市部委的重大科研课题，从1978年以来，已发表350余篇论文，22项国家、省部委奖励。出版教材40余本，其中微生物学教程获国家优秀教材二等奖。本系现有教授5名，兼职教授2名，副教授6名。现任系主任为赵国屏教授，副系主任为徐德强副教授。