五十年代，由于学科的发展及化学和物理学与生命科学的渗透和交叉，生物化学作为一门独立的学科得到了飞跃发展，并强有力地促进了医学、工业和农业等的研究。1958年，在中科院生化所、复旦大学生物系和化学系的共同努力下正式成立生物化学专业。1986年复旦生命科学学院成立后成立了生物化学系。目前该系有教授5人，副教授5人，其中博导3人，还有一些中外知名学者担任兼职教授。现任系主任黄伟达教授（博导），副系主任张培德副教授。

全系承担着生物化学及分子生物学方向的研究生及本科生的教学与培养，还负责生命科学学院本科生基础课程“生物化学A（上、下）”、“蛋白质化学”、“核酸化学”、“酶学”、“普通生物化学实验”（小实验）、“生物化学研究方法”（大实验）及本系研究生的大部分专业课。

生物化学是研究生命的化学问题，研究组成生物体物质的结构及其功能、生命物质的合成与分解代谢及其中的能量代谢、信号物质的信号传导、生命遗传物质的遗传及变异和表达调控、以及疾病发生和治疗相关的生物化学问题等。学科研究领域广泛，研究的最大特点是学科的前沿性及极强的交叉性，并能为相关学科的研究提供必需的生物化学技术，是现代医药生物技术及农业生物技术等不可或缺的支撑学科。

生物化学系设有以蛋白质多肽、核酸、植物分子生物学及糖生物化学为研究方向，着重于对国民经济和社会发展有重大意义的一些课题的研究，承担着多项国家、省市、地方、企业和国际合作研究的研究课题。

　　该系还发挥学科优势，参与交叉课题"蛋白质组结构与功能研究"的研究，已经并不断在争取同国际国内进行优势互补研究以及企业资助研究项目的研究。