1952年前复旦大学设有数理系,院系调整后正式建立数学系。在苏步青,陈建功等老一辈数学家带领下，经全体教职员工共同努力,发展成目前的数学系和数学研究所。现有教授39人,副教授35,以及长江特聘教授4名,他们中有谷超豪，胡和生，李大潜，洪家兴四名院士。数学系和数学研究所下设4个教研室、6个研究室、博士后流动站、教育部所属的非线性数学模型和方法开放实验室、数学学科实验室、数学学科图书资料室和数学系教学实验室。1998年成立了中法应用数学研究所和数学金融研究所。
在人才培养方面,本科生和研究生并重，本科生设数学、应用数学、计算数学及其应用软件和控制科学四个专业，1993年被原国家教委批准为基础学科人才培养基地。研究生设基础数学、应用数学、计算数学、运筹学与控制论、概率论与数理统计五个专业，并均被批准为博士点，这在全国是唯一的。其中基础数学、应用数学、运筹学与控制论是国家重点学科，计算数学是上海市重点学科。
本科教学既重视基础理论，又注意应用能力的训练；研究生培养着重加强和拓宽基础，并注重科研能力的训练，努力使研究生的研究工作进入国际前沿或联系国民经济建设中的重要课题。现有在读本科生318名、硕士生75名、博士生38名、博士后工作人员10名。1952年以来，已培养出本科生4349名,大专生244名,硕士学位获得者292名,博士学位获得者106名,博士后出站12名。在中国自己培养的第一批18名博士中，复旦数学研究所就有4名。在我们的毕业生和博士后出站人员中，国内有石钟慈院士等一大批学科带头人，国外有李骏等一批杰出的华人科学家。
在科学研究方面,在基础数学的若干重要前沿领域获得过国际领先和国际先进的成果，在应用基础和应用开发方面也有重要突破。曾获得国家自然科学奖二等奖二项、三等奖三项、四等奖三项；国家科技进步一等奖一项、二等奖二项；省部级奖励卅多项；高水平的专项奖若干项：如华罗庚数学奖一项、何梁何利科技进步奖一项、陈省身数学奖二项、上海市自然科学牡丹奖一项等。每年在国际核心刊物上发表论文约30篇，发表数量在全国高等院校数学系（所）中名列前茅。1980年受国家教委委托主办数学刊物数学年刊。目前我们承担了国家科技攀登计划的6项子课题。在全国３０个天元基金项目和自然科学基金重点项目中，复旦有11人参加其中的7项，此外，还有自然科学基金会的青年基金，面上基金及其他基金项目数十项。编写出版教材100多本.获得国家优秀教学成果奖四项,国家级优秀教材奖7项。
数学系、所十分重视国际交流。自90年以来，多次主办国际学术会议。